W 2005 roku aktorka założyła w Warszawie prywatny Teatr Polonia, w którym z powodzeniem gra i reżyseruje; jest też szefową artystyczną sceny. Polonia odniosła ogromny sukces wśród publiczności. Teatr Jandy prezentuje sporo inteligentnej rozrywki. Grają tutaj gwiazdy, ale Janda zaprasza też do współpracy młodych twórców. W Polonii reżyserowali m.in.: Piotr Cieplak, Andrzej Seweryn, Maciej Wojtyszko, Stanisław Tym, ale także Anna Smolar, Łukasz Kos, Przemysław Wojcieszek i Maciej Kowalewski.
Początkowo Janda na swojej scenie prezentowała sztuki o kobietach. Wyreżyserowała "Stefcię Ćwiek w szponach życia" Dubravki Ugresić (2005) i przejmujący monodram ze swoim udziałem – "Ucho, gardło, nóż" Vedrany Rudan (2005). Zagrała pół-Serbkę, pół-Chorwatkę, która mierzy się z powojenną rzeczywistością Bałkanów. Huber Michalak pisał o roli Jandy w "Nowej Sile Krytycznej:
Postać Tonki w jej interpretacji to żywa, czująca, osadzona w swej biologiczności baba. Jest agresywna, zaczepna, irytująca i fascynująca jednocześnie. Nie stara się podobać widzowi, atakuje go sugestywnymi obrazami rzezi, bierze go pod włos i nie stara się udawać, że jest inaczej.
Kolejny spektakl z własną główną rolą to sympatyczna opowieść dojrzałej kobiety o jej wyjątkowo pechowym życiu – "Skok z wysokości" Leslie Ayvazian (2006), w którym gra i pęka ze śmiechu również publiczność. Iza Natasza Czapska notowała w "Życiu Warszawy":
Olśniewający w swej prostocie pomysł pozwala na spędzenie wieczoru w przyjemnej, relaksującej atmosferze z aktorką na wyciągnięcie ręki, z poczuciem lekkiej adrenaliny, że nic do końca w tej zabawie nie jest przewidywalne.
Wokół codziennych spraw kobiecych obracał się również zrealizowany przez Jandę (opieka artystyczna i adaptacja) "Lament na Placu Konstytucji" wg tekstów Krzysztofa Bizio (2007) i przedstawienie "Kobiety w sytuacji krytycznej" Joanny Murray-Smith (2007). Janda zainscenizowała w Polonii także "Trzy siostry" Antoniego Czechowa (razem z Natashą Parry, 2006), pokazała zagrane stylowo i ze smakiem "Grube ryby" Michała Bałuckiego (2008), kabaretowego "Boga" Woody'ego Allena (2008) i musical "Bagdad Cafe" Percy'ego Adlona i Boba Telsona (2009).
Zagrała tutaj ponadto u boku Jerzego Treli w "Szczęśliwych dniach" Samuela Becketta w reżyserii Piotra Cieplaka (2007). Jacek Kopciński pisał w "Teatrze":
Winnie Jandy nie jest więc teatralnym symbolem absurdu ludzkiego istnienia, ale zwykłą, chorą kobietą o niesłychanej intuicji. Jej egzystencja – zapisana w mowie tak zdegradowanej – na naszych oczach wypełnia się bogactwem uczuć i doświadczeń, także tych najtrudniejszych, jak śmierć, by w pewnym momencie odsłonić swój transcendentny kształt.
Potem w przedstawieniu Andrzeja Domalika brawurowo odegrała rolę Florence Jenkins, najgorszej operowej śpiewaczki świata, w "Boskiej!" Petera Quiltera (2007). W spektaklu "Dancing" na podstawie poezji Marii Pawlikowskiej-Jasnorzewskiej w reżyserii Jarosława Stańka (2008) pokazała portret kobiety, która marzy o wielkim uczuciu.
2009 przyniósł Jandzie głośną rolę w filmie "Tatarak" Andrzeja Wajdy. Historia powstania tego dzieła jest w poruszający sposób spleciona z życiem prywatnym Jandy. Wajda, po raz kolejny sięgający po Iwaszkiewicza, szukał dopełnienia do scenariusza – "Tatarak" to dość krótkie opowiadanie, który trudno byłoby przekształcić w pełny metraż. Przy filmie pracować miał Edward Kłosiński, operator, prywatnie mąż Jandy. Kłosiński zmarł w 2008 roku i nie zdążył zrealizować projektu. Janda zaproponowała wówczas Wajdzie, żeby częścią filmu stała się jej opowieść o mężu.
Rok później aktorka z sukcesem powróciła też do kultowej "Białej bluzki", monodramu w reżyserii Magdy Umer na podstawie tekstu Agnieszki Osieckiej, granego kiedyś na scenach całej Polski. Bohaterka – dziś dojrzała kobieta po przejściach – i interpretuje, i myśli odmiennie. To samo, ale w innym zabarwieniu, inaczej akcentując problemy. Spektakl opowiada także nowym pokoleniom, w sposób specyficzny dla Osieckiej, klimat i koloryt PRL.
W 2011 w "Sponsoringu", filmie Małgorzaty Szumowskiej, Janda wcieliła się w filmową matkę Joanny Kulig, która odkrywa, że studiująca we Francji córka pracuje jako call girl.
Jako superwizorka głównego bohatera, granego przez Jerzego Radziwiłowicza psychoterapeuty, zagrała w serialu HBO "Bez tajemnic". Powrót legendarnego duetu na ekrany przyjęto z entuzjazmem, zwłaszcza że Janda i Radziwiłowicz spotkali się tym razem w serialu intymnym, skupionym na psychologicznych relacjach.
2012 rok to kolejne sukcesy w teatrze. Janda zmierzyła się na scenie z poruszającą, bestsellerowa biografią Danuty Wałęsy. Tuż przed premierą aktorka mówiła:
Ten spektakl i ta rola, z legendarnym przywódcą Solidarności i Prezydentem Polski w tle, to jedno w największych moich wyzwań życiowych, nie tylko zawodowych, ale także ludzkich i obywatelskich. Każdego dnia wyznania pani Danuty Wałęsowej budzą mój podziw i wzruszenie. Prostota i szczerość tych wypowiedzi zdumiewa i wywołuje szacunek. Wszystko to budzi ochotę, aby w ogóle historię Polski opowiedzieć od strony kobiet.
Krytycy "Danutę W." w reżyserii Janusza Zaorskiego jednogłośnie okrzyknęli jednym z najważniejszych spektakli ostatnich lat. Roman Pawłowski pisał w "Gazecie Wyborczej":
Spektakl Jandy jest polityczny, bo oddaje głos kobietom, które zostały wykluczone z udziału w historii. Zastąpienie w tytule nazwiska bohaterki inicjałem jest symboliczne. To nie jest biografia żony związkowego przywódcy, ale wszystkich kobiet, które tak jak ona zostały odsunięte od udziału w przebudowie społecznej Polski i sprowadzone do roli kur domowych. "W tym domu była »Solidarność«, ale zapomniano, że jest też rodzina" – mówi w pewnym momencie Janda i to zdanie wiele mówi o charakterze polskiej rewolucji. Może gdyby kobiety wzięły w niej większy udział, żylibyśmy dzisiaj w innym świecie?
W tym samy roku, z okazji swoich 60. urodzin Janda wyreżyserowała "Zmierzch długiego dnia" według Eugene'a O'Neilla, gdzie zagrała u boku Piotra Machalicy. W 2013 roku wyreżyserowała dwa spektakle według Raya Cooneya – "Mayday 2" i "Przedstawienie świąteczne", zaś w 2014 – "Miłość blondynki" według Miloša Formana i "Upadłe anioły" według Noëla Cowarda. Dużą popularnością cieszyły się koprodukcje Teatru Polonia i gdańskiego Teatru Wybrzeże "Seks dla opornych" (2012) i "Raj dla opornych" Michele Rimla (2015).
W 2014 roku Janda zagrała w nostalgicznej komedii Marcina Krzyształowicza "Pani z przedszkola", rok później – we współczesnej wariacji na temat dramatu Gabrieli Zapolskiej "Panie Dulskie".
W 2015 roku Janda wróciła do postaci Marii Callas spektalem "Callas. Master Class" w reżyserii Andrzeja Domalika. W 2016 roku wyreżyserowała dwa spektakle. Pierwszym z nich były "Matki i synowie" według Terrence'a McNally, historia matki zmarłego na AIDS chłopaka, która odwiedza jego byłego partnera. Jakub Panek pisał:
Kobieta, nie akceptując jego homoseksualizmu, odwiedza nową rodzinę byłego partnera syna i wylewa swoje żale. Tekst McNally'ego, choć napisany "na amerykańskie warunki", dopasowuje się do polskiej rzeczywistości nadzwyczaj dobrze. Postać matki wykreowana na scenie przez Krystynę Jandę obnaża polską nietolerancję, niewiedzę, nienawiść do odmiennych orientacji seksualnych. Z wielu trudnych słów, które padają ze sceny, bije przede wszystkim smutek. To smutek poza słowami, który Terrence McNally zaszył w swoim tekście, a który doskonale eksponuje Janda.
W grudniu 2016 roku premierę miały "Lekcje stepowania" według Richarda Harrisa, komedię, której bohaterowie ćwiczą tytułowy taniec, każdy i każda z innego powodu, a przy okazji nawiązują ze sobą relacje.
Wspólnie z Magdą Umer Janda przygotowała adaptację "Zapisków z wygnania", opartą na wspomnieniach Sabiny Bral, która wraz z rodzicami w 1968 roku była zmuszona w wieku 20 lat opuścić Polskę. Spektakl w reżyserii Umer, z Jandą i Januszem Bogackim w rolach głównych, miał premierę w marcu 2018 roku. Dobrze przyjęte przedstawienie przyniosło aktorce trzy nagrody, w tym Medal im. Mordechaja Anielewicza przyznawany przez Stowarzyszenie Żydów Kombatantów i Poszkodowanych w II wojnie światowej dla uczczenia 75. rocznicy powstania w getcie warszawskim.
Krystyna Janda została laureatką plebiscytu "Ludzie Wolności". W kategorii kultura pokonała Rafała Blechacza, Agnieszkę Holland, Leszka Możdżera i Janusza Głowackiego. Plebiscyt zorganizowała "Gazeta Wyborcza" i telewizja TVN z okazji 25-lecia transformacji ustrojowej w Polsce. O swojej nagrodzie Janda pisała:
Ten wybór to potwierdzenie, że życie i starania nasze, praca, to, co robiliśmy przez ostatnich 25 lat, miało sens i znaczenie dla innych. Tytuł "Człowieka wolności" uważam za najwyższe uznanie i nadzwyczajną nagrodę, o jakiej nie śmiałabym nawet marzyć. Dziękuję wszystkim, którzy uznali, że na ten tytuł zasługuje i tym, którzy na co dzień są przy mnie.