Ukończył polonistykę na Uniwersytecie Wrocławskim, gdzie równolegle studiował (choć nie skończył) historię sztuki. Był kierownikiem literackim i recytatorem w akademickim Teatrze Poezji "Sylaba", publikował recenzje naukowe i eseje, m.in. w "Poezji", "Odrze", "Zagadnieniach rodzajów literackich", "Litterariach", "Rocznikach naukowych Uniwersytetu Wrocławskiego", "Konfrontacjach". Jego literacki debiut to opowiadanie o śmierci Zbigniewa Cybulskiego, "Zaczerpnąć dłonią", wydrukowane w 1967 roku we wrocławskim almanachu młodych "Pomosty".
Zdobywszy doświadczenie jako asystent u reżyserskiej pary Krystyny Skuszanki i Jerzego Krasowskiego, Koterski założył własny eksperymentalny Teatr Otwartej Sceny. Po studiach – asystent w Katedrze Teorii Literatury u prof. Jacka Trzynadlowskiego, pod kierunkiem którego napisał pracę magisterską ("Dramat a teatr"). Zrezygnował jednak z kariery naukowej i ze stypendium doktoranckiego we Francji, by pod wpływem swojej pierwszej wielkiej miłości Eli pojechać w 1966 roku do Warszawy i razem z nią (bez rezultatu) zdawać na wydział malarski ASP. Przez rok był wolnym słuchaczem w pracowni malarskiej prof. Eugeniusza Eibischa, próbował też dostać się na reżyserię teatralną na PWST. Za namową kolegi, operatora Edwarda Kłosińskiego w 1967 zdał do szkoły filmowej w Łodzi (dyplom z wyróżnieniem w 1977 roku). Zrealizował kilkanaście filmów średnio- i krótkometrażowych w łódzkiej Wytwórni Filmów Oświatowych, ale jako fabularzysta debiutował dopiero po czterdziestce mając za sobą lata asystentur przy cudzych filmach. Może dlatego do dziś trzyma się żelaznej zasady, że reżyseruje (także w teatrze) tylko swoje teksty. Zazwyczaj pisze je w formie sztuki teatralnej, którą przerabia na scenariusz. Jego dramaty publikował "Dialog": "Społeczność" (nr 3, 1986), "Życie wewnętrzne" (nr 8, 1986), "Nienawidzę" (nr 5/6, 1991), "Kocham" (nr 11, 1997), "Nas troje" (nr 2, 1998), "Dzień świra" (nr 8, 2000). Cztery sztuki Koterskiego ("Dzień świra", "Dom wariatów", "Życie wewnętrzne", "Nienawidzę") ukazały się też w formie książkowej i były nominowane do Nagrody Literackiej Nike w 2003 roku. Marek Koterski opublikował też w miesięczniku "Kino" kilka felietonów pod tytułem "Zapiski psychopaty" (01-03 i 05, 1994).
Członek Rady Artystycznej Studia im. Karola Irzykowskiego (1988-1989), jeden z założycieli Towarzystwa Autorów Teatralnych, pierwszego stowarzyszenia, które skupia w Polsce dramatopisarzy. Jego sztuka "Życie wewnętrzne" została przetłumaczona przez Karolinę Bikont na język niemiecki ("Innenleben") i opublikowana w "Anthologie Polnischer Dramen der Gegenwart" (Wydawnictwo ADiT, 2000).
Najbardziej utytułowanym filmem w dorobku Koterskiego pozostaje "Dzień świra" – jego scenariusz powstał na podstawie sztuki autora pod tym samym tytułem. Koterski napisał sztukę trzynastozgłoskowcem na konkurs Teatru Telewizji i otrzymał jedną z głównych nagród. Wkrótce posypały się kolejne, m.in. Złote Lwy na 27. Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni (2002), a rok później doroczna Nagroda Ministra Kultury w dziedzinie filmu. W 2005 roku "Dzień świra" otrzymał nagrodę Polskiej Federacji Dyskusyjnych Klubów Filmowych "Don Kichot" dla najlepszego polskiego filmu ostatniego sezonu. Reżyser został uhonorowany "Wielkim FeFe" za całokształt twórczości podczas Felliniady (Warszawa, 2004).
Mimo że Marek Koterski należy do pokolenia reżyserów "kina moralnego niepokoju", jego bohater filmowy nigdy nie starał się ulepszać rzeczywistości, za bardzo był pogrążony w świecie własnych neuroz, lęków i frustracji. We wszystkich filmach jest to właściwie ta sama osoba, alter ego reżysera – Adam/Michał Miauczyński, starzejący się z filmu na film (w debiutanckim "Domu wariatów" ma 33 lata, we "Wszyscy jesteśmy Chrystusami" – 66) inteligent starający się przeżyć z marnej pensji. Mieszka w bloku samotnie lub z byłą żoną, wiecznie tęskni za idealną miłością jak z "Mistrza i Małgorzaty", rzuca od jutra palenie. To nerwus złorzeczący bliźnim, pechowiec, któremu mimo wygórowanych ambicji nie udaje się zrobić kariery, cierpiący na bezsenność numeroman.
Marek Kondrat, który zagrał Miauczyńskiego w trzech filmach, określił go mianem potwora, który naznaczył go na całe życie. Jak mówił w rozmowie z Katarzyną Janowską i Piotrem Mucharskim dla "Gazety Wyborczej":
Koterski powiedział mi, że jego bohatera nie można zagrać, że to jest po prostu przeżycie. Stawiał mnie na bardzo cienkim ostrzu, z którego można było spaść albo się przepołowić. U niego groteska z prawdziwym dramatem obcują przez bardzo cienką ścianę, bo tak wygląda nasze życie. Uświadomił mi to kiedyś taksówkarz, który oglądał "Dzień świra" i film skojarzył mu się z pewną sytuacją. Samochód jadący przed nim potrącił kota. Nieszczęsne zwierzę zwijało się w konwulsjach, a dookoła stała grupka ludzi i śmiała się, bo on takie dziwne ruchy wykonywał. Ów taksówkarz uchwycił istotę filmu Marka.
Sam Koterski tak charakteryzował Adasia (cytat za "Rzeczpospolitą", 01-02.04.1995):
Niezborny i przegrany, dosyć nawet sympatyczny polski mazgaj i nieudacznik będący bardziej produktem zdarzeń niż ich kreatorem, niemal po obłomowsku bierny, ale pełen pretensji do życia.
Zanim jednak narodził się Adaś, Koterski zrealizował w latach 1975-86 kilkanaście filmów dokumentalnych dla łódzkiej Wytwórni Filmów Oświatowych. One także były pozbawione publicystycznego zacięcia, często dotyczyły tematyki teatralnej. Reżyser mówił w rozmowie z Katarzyną Bielas dla "Gazety Wyborczej":
Nasze filmy różniły się od tych robionych w warszawskiej WFD, były bardziej impresjami filmowymi niż filmami społecznymi. Już przy pierwszym moim filmie dokumentalnym (...) narastało we mnie przekonanie, że dokument to kreacja, i to kreacja o tyle nieuczciwa w swej prawdzie, że widz ex definitione spodziewa się kliszy z życia. A przeciecz najwięksi klasycy polskiego dokumentu robili duble.
Ostatnie filmy krótkometrażowe dla WFO są już inscenizowane. Jednak dopiero w filmach fabularnych Marek Koterski dotknął tego, co było dla niego najistotniejsze – rodzinnej traumy, problemów osobistych. Początkowo podchodził do nich z całą powagą. Dopiero w "Porno" i "Nic śmiesznego" dorzucił ironię i swoiste poczucie humoru, osiągając najpełniej w "Dniu świra" efekt tragikomiczny.
Pytany o swój debiut, zawsze podkreślał, że nastąpił on po roku absolutnej zapaści, kiedy zamierzał już rozstać się z życiem artystycznym, bo miał dość bycia drugim reżyserem i nie widział się w roli dokumentalisty. Pewnego dnia, paląc wieczorem papierosa w uśpionym domu poczuł, że coś mu siada na ramieniu i dosłownie zaczyna dyktować "Dom wariatów". Nazwał to "kumulacją traumy". Scenariusz powstał w trzy tygodnie. W roli 33-letniego Miauczyńskiego (nazwisko wzięło się stąd, że gdy Koterski prosił o coś matkę, odpowiadała mu: "Nie miaucz") reżyser obsadził Marka Kondrata. Jego ojca zagrał Tadeusz Łomnicki, który podczas prób zaproponował Koterskiemu, by ten po kolei odegrał każdą z ról. Reżyser przyznaje, że miało to dla niego znaczenie autoterapeutyczne, a swoimi filmami odgania prześladujące go demony: nieszczęśliwe dzieciństwo, przegrane małżeństwo, przegapioną pierwszą miłość, chorobliwe ambicje, nałogi.
Ile w Miauczyńskim jest Koterskiego? Autobiograficzne wątki można mnożyć w nieskończoność – niektóre podsuwa sam Koterski obsadzając np. syna w roli latorośli Adasia. Stosuje konsekwentnie zasadę: "Żeby mówić o sobie trzeba zostawić cały wstyd w domu". W "Domu wariatów" odzwierciedlającym chorą atmosferę w jego rodzinie (przyrównuje ją do "Upadku domu Usherów" Edgara Allana Poe) nawet scenografia została żywcem przeniesiona z willi Koterskich na wrocławskim Biskupinie.
W "Nic śmiesznego" Miauczyński jest drugim reżyserem, a jego film nosi ten sam tytuł, co debiutanckie opowiadanie Marka Koterskiego ("Zaczerpnąć dłonią"). Bohater "Ajlawju" jeździ pociągiem relacji Łódź - Wrocław, czyli porusza się po dobrze znanej Koterskiemu trasie (Ela, pierwsza i największa miłość, którą wspomina we wszystkich filmach, była z Wrocławia, on studiował w Łodzi). Reżyser przyznaje się do chorobliwej, nieobcej Miauczyńskiemu ambicji zaszczepionej przez matkę. Podczas Lubuskiego Lata Filmowego w 2006 roku mówił:
Zawsze chciałem być kimś, o sukcesie marzyłem przez całe życie. Jako nastolatek założyłem nawet zeszyt opatrzony moim nazwiskiem i tytułem "Utwory wybrane". Nic w nim nie napisałem.
Jak pisał w "Wyborczej" Tadeusz Sobolewski:
Jego życiopisanie jest ekshibicjonizmem pozornym. Twórca "Dnia świra" sprowadza siebie do poziomu absolutnej przeciętności, po to by każdy mógł się w jego bohaterze odnaleźć. (...) Nie mieliśmy w naszym kinie po Kieślowskim autora tak konsekwentnego
Co na to reżyser? W wypowiedzi na czacie Onetu przyznawał:
Od początku żywię się sobą przy budowaniu tej postaci. Nie wszystko jednak przeżyłem z tego co przeżył Adaś. I myślę, że coraz bardziej różnimy się z Adasiem. Ale Adaś jest wygodnym medium dla wyrażenia mego bólu, strachu, wstydu.
Najtrafniejsze wydaje się określenie, które reżyser przytoczył za Markiem Hłaską przy okazji premiery "Dnia świra" - zmyślenie prawdziwe.
Rozliczywszy się w "Domu wariatów" ze swoją toksyczną rodziną, Koterski poddał w "Życiu wewnętrznym" analizie nieudane małżeństwo dwojga obojętnych sobie ludzi. Sportretował Miauczyńskiego jako agresywnego "wampira blokowego" raniącego swoją żonę i pogrążonego w świecie niespełnionych fantazji erotycznych. A potem wykonał woltę. Jak mówił w rozmowie z Krzysztofem Demidowiczem dla "Filmu":
Na konferencji prasowej w Gdyni, po pokazie "Życia wewnętrznego" zapytano mnie, czy to jest mój sposób na kino. Odpowiedziałem, że to sposób na jeden film, a następny będzie przebojem kasowym. (...) Miałem dość mówienia: zobaczcie, mój film jest taki mądry, taki ambitny, a dlaczego tylko jedna kopia. (...) Gdybym kiedyś nie zaryzykował, to ciągle tkwiłbym w "Życiu wewnętrznym". Głaskany przez krytykę, byłbym więźniem jednego filmu.
Tak powstało "Porno" z siedemnastoma historiami erotycznymi zakompleksionego Adasia. Krytycy kręcili nosami, widzowie walili do kin drzwiami i oknami. Jak mówił w "Super Expressie" reżyser:
We mnie jest sporo z inteligenta, ale też kucharki. Lubię słuchać Beethovena, ale często wzruszam się przy disco-polo.
