W 2007 roku podczas Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni Jerzy Stuhr otrzymał Złote Lwy za scenariusz "Korowodu". Krytycy zarzucali jednak Stuhrowi moralizatorski ton i idealizowanie przeszłości, która na tle moralnie zdegradowanego współczesnego świata jawiła się jako utracony raj.
Po "Korowodzie" w związku z chorobą na kilka lat Jerzy Stuhr zrobił sobie przerwę od reżyserii. Występował za to w filmach innych twórców: "Mistyfikacji" Jacka Koprowicza i religijnym "Maryja, matka Jezusa" Guido Chiesy z 2010 roku. Rok później wystąpił w głośnym "Habemus Papam" Naniego Morettiego i wyreżyserował jedną z cząstek nowelowego filmu "Mundo Invisível", który prócz niego reżyserowali tak wybitni twórcy jak Theodoros Angelopoulos, Manoel de Oliveira, Atom Egoyan, Guy Maddin i Wim Wenders. W 2018 roku oglądać go można było w polsko-szwajcarsko-włosko-albańskiej koprodukcji "I odpuść nam nasze długi" (drugą polską gwiazdą obsady tego filmu była Agnieszka Żulewska).
W 2014 roku na ekrany polskich kin weszła kolejna produkcja w reżyserii Stuhra, w której pełnił także funkcje scenarzysty i odtwórcy głównej roli. W jednym z wywiadów reżyser przyznawał, że inspiracją do stworzenia scenariusza "Obywatela" było jego własne życie. Bohater, którego biografia przedstawiona została na ekranie, nazywa się Jan Bratek i jest reprezentantem pokolenia Jerzego Stuhra. Widz poznawał bohatera na różnych etapach jego życia, cofając się od wieku dojrzałego aż do lat dzieciństwa, a film jest opowieścią o sześćdziesięciu ostatnich latach polskiej historii. Mówiąc o biografii własnej oraz ludzi ze swojego pokolenia, Stuhr podkreślał:
Nie ma chyba w Europie ludzi, którzy mieli tak ciekawe życie, jak my: żeby zacząć pod popiersiem Stalina w środku reżimu jako dzieci, a kończyć w wolnym kraju, po drodze przeszedłszy między innymi Solidarność, stan wojenny, wybór papieża, wyzwolenie. To niezwykłe życie.
Od 1998 roku Jerzy Stuhr był członkiem Europejskiej Akademii Filmowej.
Jak przekazał mediom syn aktora, Maciej, Jerzy Stuhr zmarł 9 lipca 2024 roku w wieku 77 lat po wieloletnich zmaganiach z chorobą.