U schyłku lat dziewięćdziesiątych aktor tryumfalnie powrócił do polskiego kina. Jego Jeremi Wiśniowiecki w "Ogniem i mieczem" Jerzego Hoffmana (1999) to, jak pisał Krzysztof Demidowicz w "Filmie" (nr 4/2001):
dynamiczny wizerunek magnata, w którego los wpisany jest konflikt moralny między obowiązkami wobec państwa a indywidualną wolą.
O postaci Sędziego z "Pana Tadeusza" Andrzeja Wajdy (1999) Tomasz Lada pisał w Życiu (29 września 2000), że
z nieciekawego, Mickiewiczowskiego bohatera drugoplanowego Seweryn stworzył doskonały, porywający wieloznacznością portret Polaka - człowieka z jednej strony nieporadnego, z drugiej zapobiegliwego gospodarza, z jednej Fredrowskiego złośnika, z drugiej zimnego, kalkulującego gracza.
Później aktor doskonale odnalazł się w roli Rejenta Milczka, w "Zemście" Andrzeja Wajdy (2002). W roku 2000 Seweryn zagrał księdza Stefana Wyszyńskiego w filmie Teresy Kotlarczyk "Prymas. Trzy lata z tysiąca". Tomasz Lada pisał we wcześniej już cytowanym artykule z "Życia":
Aktor zmierzył się z najtrudniejszą rolą w swoim dotychczasowym dorobku. Musiał zagrać człowieka żyjącego wciąż w polskich umysłach. Osobę duchowną, z całą jej tajemnicą wiary, ukazaną w sytuacji ekstremalnej, a jednocześnie wytrawnego polityka, zdającego sobie sprawę, że jeden nierozważny ruch skończy się tragedią - nie tylko osobistą, ale i całego Kościoła w Polsce. Kardynał Wyszyński w ujęciu Seweryna to przede wszystkim człowiek rozważny i dobry. Aktor, podobnie jak i jego postać, nie mówią wiele. Widz nie dostaje jednoznacznych odpowiedzi. Musi domyślać się, obserwując pozornie nieruchomą, nieprzeniknioną twarz Seweryna kardynała i jego spokojne, wyważone gesty. Aktor nie próbuje deptać sacrum, dotykać tajemnicy wiary. On pokazuje człowieka czczonego i niszczonego jednocześnie - świadomego swojej słabości i silnego wiarą oraz pewnością racji.
Aktor zagrał także w kręconym w Polsce filmie Petera Greenawaya o życiu Rembrandta "Nightwatching" (2007). Można go było zobaczyć na srebrnym ekranie w filmach "Sęp" (2011, reż. Eugeniusz Korin), "Uwikłanie" (2011, reż. Jacek Bromski), "Jeszcze nic nie widzieliście" (2012, reż. Alain Resnais), "Zbliżenia" (2014, reż. Magdalena Piekorz) oraz "Anatomia zła" (2015, reż. Jacek Bromski).
W 2006 roku debiutował jako reżyser filmowy. Zrealizował "Kto nigdy nie żył...", opowieść o charyzmatycznym księdzu Janie (w tej roli Michał Żebrowski), który dowiaduje się, że jest nosicielem wirusa HIV. Seweryn ma opinię aktora utalentowanego, odważnego i niezwykle pracowitego. Jak mówił w wywiadzie dla "Filmu" (nr 1/1995):
Praca jest wszechogarniającą, wszechpotężną dziedziną mojego życia.
Żmudne ćwiczenia fizyczne i dykcyjne są dla niego przyjemnością i obowiązkiem. Żyje w poczuciu ciągłej niedoskonałości. Z drugiej strony emocjonalne chłopięctwo, do którego otwarcie się przyznaje, daje mu wciąż świeże spojrzenie na otaczającą rzeczywistość. W wywiadzie dla "Dziennika Bałtyckiego" (24-26 grudnia 1993) mówił:
Moja naiwność i dziecięcość wyraża się przede wszystkim w tym, że przestałem udawać jakobym był mądrzejszy od autora tekstów. Przestaję go traktować jako pretekst do wyrażania moich poglądów. Dziś staram się przede wszystkim zrozumieć, po co autor tak czy inaczej konkretną kwestię napisał. Nie chcę głosić, chcę pytać. Dziś interesuje mnie dialog, spotkanie z człowiekiem, a nie ze świetnie wyuczonym manekinem.
Warsztat i perfekcja czyni z jego ról kreacje najwyższej rangi. Nie wstydzi się nazywać aktorstwa misją. W tej samej rozmowie dodawał:
Tego zawodu nie da się zdefiniować. Nie intelekt jest gwarancją powodzenia w aktorstwie. Często, przeciwnie, on przeszkadza. To zawód pełen sprzeczności. Czyż nie jest to rzecz tajemnicza, że publiczność na widok jednego aktora milknie, a nie zauważa wejścia innego. Moim ABC aktorstwa jest tekst Hamleta: "Zastosuj akcję słów, a słowa do akcji, mając przede wszystkim to na względzie, abyś nie przekroczył granic natury, wszystko bowiem, co przesadzone, przeciwne jest zamiarowi teatru, którego przeznaczeniem jest - jak było dawniej - służyć niejako za zwierciadło naturze". Praca wykonywana z myślą o innych jest warunkiem dobrego wykonywania zawodu. Toteż ona jest moją, swego rodzaju, religią.
W 2001 roku ukazała się książka Teresy Wilniewczyc o Andrzeju Sewerynie, pierwsza monografia aktora. Dekadę później, w 2011 roku Seweryn objął dyrekcję warszawskiego Teatru Polskiego im. Arnolda Szyfmana przy ul. Karasia 2. W 2010 roku w rozmowie z Łukaszem Maciejewskim dla "Tygodnika Powszechnego" mówił:
W dobrym teatrze aktorzy są przygotowani do zawodu, mają doskonale opanowany warsztat. Taki teatr potrafi zbudować dekoracje, uszyć odpowiednie kostiumy, oświetlić scenę, zapanować nad dźwiękiem, wreszcie jest w stanie równie dobrze i profesjonalnie wystawić sztukę współczesną, jak i dramat napisany trzysta lat temu.
Swoją upływającą pod znakiem łączenia klasyki z nowoczesnością aktywność zainaugurował występem w monodramie złożonym z tekstów Szekspira inspirowanym krakowskim spektaklem – "Wyobraźcie sobie..." w reżyserii Jerzego Klesyka. "Szekspir forever", wyreżyserowany przez Seweryna, skomponowany jest z najpiękniejszych fragmentów arcydzieł Szekspira – "Hamleta", "Makbeta", "Romea i Julii", "Henryka V", "Burzy", "Ryszarda III", "Sonetów".
Na scenie Polskiego wystąpił m.in. w "Końcówce" Samuela Becketta w reżyserii Antoniego Libery i Molierowskiej "Szkole żon" w reżyserii Jacquesa Lassalle'a.
Joanna Derkaczew pisała w "Gazecie Wyborczej":
W sekwencjach, gdzie Andrzej Seweryn nie koncentruje się na konwencjonalnych piruetach z kuferkiem, gra dramat mężczyzny, któremu rzeczywistość zaczęła mówić "nie". Chryzald (Mariusz Wojciechowski) rozmawia z nim jak cierpliwy terapeuta, próbując wybić mu z głowy nierealistyczne aspiracje. Arnolf patrzy na niego z uśmiechem wyższości: "Co ty wiesz o głębi mego geniuszu i mego cierpienia". Dopiero gdy wychowanica Agnieszka odmawia mu miłości, rozpada się. Samokontrola puszcza. Arnolf wczepia się w przerażoną, zaciętą w bólu i rozczarowaniu dziewczynę, której twarz w jednej chwili starzeje się o kilkadziesiąt lat.