Współpraca z Agnieszką Holland stała się symbolicznym zwieńczeniem pewnego etapu jego filmowej drogi, a też dowodem na to, że Naumiuk dołączył do niekwestionowanej elity polskich operatorów filmowych. Niedługo po premierze 1983 stanął na planie kolejnego filmu Holland – Obywatela Jonesa, opowieści o ukraińskim Wielkim Głodzie i brytyjskim dziennikarzu, który postanowił ujawnić światu prawdę o ludobójstwie zorganizowanym przez Stalina. W rozmowie z Darkiem Kuźmą wspominał:
Spędziliśmy miesiąc w temperaturach od minus 17 do minus 27 stopni Celsjusza. Nawiedzały nas zamiecie śnieżne, wichury, deszcze, mrozy. Pogoda nas nie oszczędzała. Napędzała nas za to opowiadana historia, która, mimo że dzieje się w latach 30. XX wieku, jest na wiele sposobów aktualna. To nas motywowało do wstawania wczesnymi rankami, ubierania na siebie miliona warstw odzieży i wychodzenia na ten mróz na 14-godzinne dni zdjęciowe.
Owocem stał się film nie tylko efektowny, ale też znakomicie przemyślany. Naumiuk zderzał w nim bogactwo i różnorodność Londynu i Moskwy z naturalistyczną biedą Ukrainy dotkniętej Wielkim Głodem. We współpracy ze scenografami i kostiumografami tworzył kontrastowy świat, który miał poruszyć współczesnego widza.
W 2023 roku znów stanął na planie filmu Agnieszki Holland, by nakręcić jeden z najgłośniejszych polskich filmów dekady – Zieloną granicę, opowieść o humanitarnym kryzysie rozgrywającym się w polsko-białoruskim lesie przygranicznym. Zamiast efektownych wnętrz sięgnął tym razem po realizm, a kolorystyczne bogactwo zamienił na czerń i biel. W rozmowie z Darkiem Kuźmą mówił:
Jedną z najważniejszych rzeczy, które dała mi Agnieszka, to przekonanie, żeby nigdy nie rozsiadać się w komforcie. Plan filmowy to żywioł – pierwszy rejs przez ocean, za którym nie wiadomo, co nas czeka. Trzeba mieć plan, ale jednocześnie być gotowym na wszystko, co się wydarzy. A wątpliwości są częścią tego procesu.
Jego kolejne filmy pokazywały, że Naumiuk ma zdolności do ciągłej zmiany siebie i swojego stylu. Najlepszym dowodem jest zrealizowany z Agnieszką Holland Franz Kafka, biograficzna opowieść, w której próżno szukać jednego stylu i dominującej estetyki, a ujęcia na wskroś współczesne sąsiadują z „portretami rodziny we wnętrzu” rodem z XIX-wiecznego malarstwa.
Bez kompromisów