Wielokrotnie nominowany do bardzo istotnej w tym środowisku nagrody im. Janusza Zajdla, otrzymywał ją w latach 2001 (za "Czarne oceany"), 2003 ("Inne pieśni"), 2004 ("Perfekcyjna niedoskonałość"), 2007 ("Lód") oraz 2010 ("Król Bólu i pasikonik"). Znaczenie twórczości Dukaja nie wyczerpuje się jednak w ramach jednego, wąsko zdefiniowanego nurtu - co poświadczają nominacja do "Nike" z 2008 roku, nominacje do Paszportu "Polityki" w 2004 i 2008 roku oraz Nagroda Kościelskich przyznana w roku 2008.
Dukaj debiutował w miesięczniku "Fantastyka" (2/1990) opowiadaniem "Złota galera", napisanym ponoć w wieku 14 lat. W każdym razie początkowo tworzył głównie krótkie formy, publikowane w "branżowych" czasopismach "Nowa Fantastyka" i "Feniks", a później zebrane w książce "W kraju niewiernych". Jego teksty często pojawiały się również w antologiach (np. "Wizje alternatywne 2", "Trzynaście kotów"), co świadczy o ich bardzo pozytywnym odbiorze w środowisku fantastów. Szersza publiczność usłyszała natomiast o Dukaju za sprawą opartego na motywach jego opowiadania filmu animowanego "Katedra", stworzonego przez Tomasza Bagińskiego w 2002 i
nominowanego do Oscara.
Po opowiadaniach pojawiły się teksty takie, jak "Irrehaare" – utwory o długości pośredniej między opowiadaniem a powieścią, które w nomenklaturze anglosaskiej byłyby określane terminem novella (nie novel i nie short story). Właściwy debiut powieściowy Dukaja stanowił natomiast "Xavras Wyżryn" (1997) – historia alternatywna, w której Polska przegrała wojnę z 1920 roku
. Wątek dyskusji na temat patriotyzmu, wyrażony tam w formie dość jeszcze topornej, i budzący wówczas chyba zbyt wiele skojarzeń z mierną fantastyką o zacięciu narodowym, powrócił dziesięć lat później w wybitnej powieści "Lód".
Gatunkowo twórczość Dukaja wykorzystuje elementy cyberpunku (mroczne wizje skomputeryzowanej przyszłości, w której ludzkie ciała i mózgi podlegają technicznym modyfikacjom, często ułatwiającym działania niezgodne z prawem), historii alternatywnej, wreszcie horroru. Cechą wyróżniającą pisarstwo Dukaja jest natomiast częste sięganie po motywy religijne, zapowiedziane już przez "Złotą Galerę". Pisarz chętnie podejmuje również eksperymenty gatunkowe – przykładem może być opowiadanie "Ruch generała", pokazujące świat typowy dla fantasy, w którym jednakże nastąpił postęp technologiczny porównywalny z naszym.

Jacek Dukaj, fot. Tomasz Wiech / AG
Dukaj wykazuje niezwykłą wprost zdolność do kreacji języka. O ile umiejętność stworzenia spójnej wizji świata różnego od naszego sam autor uważa za podstawę uprawiania fantastyki, o tyle w jego wykonaniu dochodzi do tego zwykle również przedstawienie nauki opisującej ten świat, wraz z rozbudowaną terminologią oraz rejestrem spraw przez tę fikcyjną naukę niewyjaśnionych. Ów swoisty realizm w przedstawianiu granic ludzkiego poznania może mieć coś wspólnego z realizmem Lema, wprowadzającego temat zużycia i zniszczenia dotykającego wynalazki przyszłości. Informacje o defektach i brakach dotyczą tu oczywiście zupełnie innych sfer. Wynika to zapewne stąd, że Dukaj, w przeciwieństwie do
swojego wielkiego poprzednika, jest bardziej oswojony ze społeczeństwem, w którym głównym towarem stała się informacja. Inną płaszczyznę do dokonywania popularnych porównań między Dukajem a Lemem stanowi inwencja językowa oraz wyczulenie na żywioł parodystyczny. Od siebie dodałbym jeszcze wątek niejasnych, tajnych związków między nauką a władzą, łączący "Czarne Oceany" z Lemowym "Głosem Pana".