Szczególne miejsce w twórczości Żuławskiego ma odyseja kosmiczna "Na srebrnym globie" (scenariusz powstał według książki stryjecznego dziadka reżysera, Jerzego Żuławskiego). Realizację filmu przerwano w roku 1978 i dopiero na początku 1986 roku reżyser podjął się montażu i udźwiękowienia 48 ocalałych aktów filmu, oraz dokręcił sceny z ulic Warszawy, na tle których opowiada z offu o brakujących sekwencjach. Sam reżyser tak określił swoją twórczość: "Dla mnie kino jest okiem, które patrzy, a nie myślą, którą wyraża".
Kolejnymi francuskimi filmami reżysera były muzyczne obrazy "Borys Godunow" (1989) i "Błękitna nuta" (1990). W Polsce zrealizował w 1996 roku owianą atmosferą kontrowersji, dotyczących między innymi pracy z główną aktorką, Iwoną Petry, "Szamankę" (1996). Oparty na scenariuszu Manueli Gretkowskiej film znalazł się na całkowitej kontrze do szukającej wzorców w kinie amerykańskim nieudolnej kinematografii polskiej lat 90. Damian Romaniak (Onet, 29.12.2016), pisał:
Gdyby stworzyć listę najbardziej niedocenionych polskich filmów, to bez wątpienia "Szamanka: zajęłaby jedno z najwyższych miejsc. Prawie dwadzieścia lat temu dzieło Żuławskiego wywołało prawdziwy skandal. Media oraz kościół odsądzały obraz od czci i wiary. Recenzenci stawiali druzgocące oceny. Najdelikatniejsze epitety, jakie można było przeczytać pod adresem filmu to "fekalia udające filozofię" albo "pseudointelektualny gniot". Dla mnie jednak "Szamanka" stanowi kawał dobrego, odważnego kina i jest to bodaj najlepszy polski thriller erotyczny. Żuławski stworzył niebanalny traktat o seksie, śmierci oraz potrzebie metafizyki.
Według Piotra Kletowskiego ("Kwartalnik filmowy" 2004, nr 46) kino Żuławskiego jest próbą stworzenia swoistej materialistycznej metafizyki. "Metody, jakimi ją wykłada, z pewnością są brutalne, a serwowany obraz świata tragiczny i wstrząsający". Sam reżyser tak wyrażał swoje stanowisko ("Kino" 2008, nr 10):
Ja nie usiłuję robić filmów po to, aby epatować jakąkolwiek formą. Nie chcę epatować tym, co uważałbym za brzydotę estetyczną, etyczną czy moralną. Jeśli są w tych filmach rzeczy trudne i brutalne, czy też filmy te pokazują świat nie zawsze urodziwy i od słonecznej strony, to wszystko po to, żeby przejść przez tunel i dostać się do jakiegoś światła. [...] Celem filmu jest rozruszanie publiki, która przychodzi. Ale rozruszanie uczuciowe, myślowe, nerwowe, zmysłowe pod każdym względem.
Piotr Wojciechowski ("Kino" 2008, nr 10) podkreślał: "Żuławski kręcił filmy we Francji, w Polsce, a także w Hollywood. [...] We wszystkich filmach Żuławskiego powraca wątek miłości szalonej, lecz niemożliwej. Zawsze też miłość ma związek ze sztuką czy muzyką".
W "Polityce" (2008, nr 34 ) Zdzisław Pietrasik zacytował słowa Żuławskiego o wykonywaniu zawodu reżysera:
Często mnie pytają młodzi ludzie, jak to się dzieje, że człowiek staje się reżyserem filmowym i co to jest? Ja odpowiadam: reżyser filmowy to jest ktoś, kto musi okłamać absolutnie wszystkich dookoła prócz samego siebie. Jak zacznie siebie okłamywać, to jest koniec.
Po tym, jak w 2000 roku zrealizował głośną "Wierność" z Sophie Marceau w roli głównej, Żuławski na 15 lat zniknął z kina. W tym czasie wydał natomiast aż 11 książek – powieści, zbiór felietonów i eseje, z których literacko najciekawszą była wydana w 2005 roku powieść "Zapach księżyca" opowiadająca o ślepnącym malarzu próbującym oswajać się z przemijaniem.
W 2015 roku Żuławski powrócił do kina w efektownym stylu. Przeniósł na ekran "Kosmos" Witolda Gombrowicza, powieść wydaną po raz pierwszy w 1965 roku, a opowiadającą o bezskutecznym poszukiwaniu sensu świata. Zachowując ducha literackiego oryginału, Żuławski swobodnie potraktował jego literę – akcję powieści przeniósł z dwudziestolecia międzywojennego do współczesności, a Zakopane zastąpiła u niego portugalska prowincja. Jego film był koprodukcją francusko-portugalską, a na ekranie wystąpili aktorzy z Francji, Portugalii oraz Szwajcarii, m.in. Jean Francois Balmer, Sabine Azema, Victoria Guerra, a także Ricardo Pereira i Antonio Simao.