Główny bohater filmu, uczeń ostatniej klasy szkoły średniej Witek (Piotr Wawrzyńczak), chciałby po maturze pójść na studia i zostać lekarzem. Pracowity i zdyscyplinowany chłopak przestaje jednak myśleć o nauce, kiedy poznaje Alinę (Paulina Młynarska), dziewczynę z żeńskiego gimnazjum. Choć bogobojna i zabobonna matka nastolatka (Krystyna Zachwatowicz) niczym Cerber broni syna przed zejściem na złą drogę, a ojciec Aliny (Leonard Pietraszak), surowy pułkownik, strzela do adoratora córki nabojami z solą, wydaje się, że żadne przeszkody nie są w stanie rozdzielić zakochanych. Nastolatkowie nie są jednak świadomi, że Europa pogrąży się wkrótce w wojnie, a ich błogi, romantyczny świat przestanie istnieć...
Bohaterowie przeżywają miłosne fascynacje i snują osobiste plany, żyją jakby poza historią i nie przeczuwają tego, co za chwilę się zdarzy. Akcja "Kroniki" rozgrywa się na Wileńszczyźnie, w magicznym, wielokulturowym miejscu, w którym koegzystują ludzie różnych narodowości i wyznań. Witek beztrosko przyjaźni się z synem niemieckiego pastora Engelem (Dariusz Dobkowski), który z pogardą nazywa niemówiącego po polsku ojca (Tadeusz Łomnicki) "hakatystą", oraz z prawosławnym Lową (Jarosław Gruda), hiperaktywnym i nadpobudliwym z powodu niezaspokojonego popędu. Bohaterowie zdobywają pierwsze erotyczne doświadczenia u dwóch trzydziestokilkuletnich sióstr, Cecylii (Joanna Szczepkowska) i Olimpii (Gabriela Kownacka), które cierpią na wieczny spleen i spędzają czas głównie flirtując z młodymi chłopcami, słuchając płyt gramofonowych i snując dekadenckie fantazje o samobójstwie. W mityczną czasoprzestrzeń filmu niekiedy wkrada się jednak historia, chociażby w postaci pojawiających się w tle żołnierzy. Wajda subtelnie, ale wyraźnie zaznacza, że leniwe, beztroskie życie bohaterów właśnie dobiega końca.
