W 2001 roku Stenka pojawiła się w zespole Teatru Rozmaitości, od 2003 jest aktorką Teatru Narodowego. U Grzegorza Jarzyny zagrała w "Uroczystości. Festen" Thomasa Vinterberga i Mogensa Rukova (2001). W następnym roku ponownie wystąpiła w Teatrze Dramatycznym, grała Annę w "Płatonowie" Czechowa przygotowanym przez Pawła Miśkiewicza. W 2003 roku, występując gościnnie we wrocławskim Teatrze Współczesnym, wcieliła się w postać wdowy Bradshaw, głównej protagonistki "Zwycięstwa" Howarda Barkera w reżyserii Heleny Kaut-Howson, sztuce osnutej na epizodzie w historii XVII-wiecznej Anglii. Bardzo sugestywnie zaprezentowała purytankę, która, mimo licznych napastowań potrafi zachować czystość. Leszek Pułka pisał w "Wyborczej":
(...) aktorka kapitalnie zderza fizyczny spokój, nawet monumentalizm ciała z furią i lękami, których nie chce z siebie wyrzucić, bo nakaz moralny oparty na Bożym słowie, poczuciu przyzwoitości czy małżeńskiej lojalności jest większy niż wolna wola. Ale gdy ta wolna wola popycha ją do zachowań niezwykłych, gdy zechce odzyskać zbezczeszczone ciało męża, zmieni się w ludzkie zwierzę. Tylko tak osiągnie cel.
Ta wrocławska kreacja przyniosła aktorce "Paszport" przyznawany przez tygodnik "Polityka".
Na scenie TR Warszawa można ją było oglądać m.in. w znakomitych spektaklach Krzysztofa Warlikowskiego - jako Cicę w "Krumie" Hanocha Levina (2005) i Ethel Rosenberg w "Aniołach w Ameryce" Tony'ego Kushnera (2007) oraz w inscenizacjach Grzegorza Jarzyny, u którego zagrała Hekate w "2007: Macbeth" wg Szekspira (2005), Annę w "Giovannim" wg Mozarta i Moliera (2006) i Lucię w spektaklu "T.E.O.R.E.M.A.T." Piera Paolo Pasoliniego (2009). Wzięła również udział w międzynarodowym projekcie – w 2005 wystąpiła w "Kobiecie z morza" Susan Sontag wg Henryka Ibsena, inscenizacji, którą w Teatrze Dramatycznym przygotował słynny amerykański twórca Robert Wilson. Dla Stenki zetknięcie się z mocno sformalizowanym teatrem Wilsona, gdzie aktor zdaje się być na równi z innymi elementami widowiska znakiem plastycznym, było nowym doświadczeniem. Konfrontacja precyzyjnej partytury reżyserskiej z żywiołem aktorskim dała jednak bardzo intrygujący efekt. Jacek Dobrowolski pisał w "Odrze":
Danuta Stenka jako Ellida stworzyła wielką rolę, łącząc precyzję i opanowanie godne aktora no z psychologiczną głębią aktorek Bergmana (myślę tu o Harriet Anderson i Liv Ulman). Od pierwszego, powolnego przejścia brzegiem szumiącego morza w głębi sceny jej sylwetka na podświetlonym tle przykuwała uwagę. Szła wolno, tyłem, krok za krokiem, nie odrywając stóp od sceny, podobnie jak czynią to aktorzy teatru no. Jej ręce towarzyszyły krokom unosząc się i opadając naprzemiennymi ruchami jak w tai-chi, tworząc obraz par excellence oniryczny. (...) Gdy zapytałem Wilsona o ocenę jej roli usłyszałem: She is brilliant! Extraordinary. (...) Stenka stworzyła wielką rolę, potwierdzając to, co wiemy od dawna, że jest jedną z najlepszych polskich aktorek dramatycznych. Mamy wybitną tragiczkę i reżyserzy szukający aktorki do ról Medei, Marii Stuart czy Lady Makbet nic powinni się wahać ani chwili.
W 2006 roku w Teatrze Narodowym aktorka zagrała Elmirę w sztuce "Tartuffe albo szalbierz" Moliera wyreżyserowanym przez Jacquesa Lassalle'a. Była tytułową Fedrą w kontrowersyjnym spektaklu Mai Kleczewskiej przygotowanym na podstawie tekstów Eurypidesa, Seneki, Pera Olova Enquista i Istvána Tasnádiego (Teatr Narodowy, 2006). Łukasz Drewniak pisał w "Przekroju":
Fedra - wstrząsająco, niemal ekshibicjonistycznie grana przez Danutę Stenkę - lepi chorą miłość do pasierba zarówno ze śliny młodości Hipolita, jak i z trupiego zapachu ciała męża Tezeusza. Jest najradykalniejszą z bohaterek Kleczewskiej. Udowadnia, że upokorzenia kobiety nie przychodzą z zewnątrz. I nie gnieżdżą się w głowie, tylko w trzewiach.
"Potrzebuję wyzwań"
To nie ostatnie spotkanie Stenki z Kleczewską, aktorka w rozmowie z Łukaszem Maciejewskim tak wspomina współpracę z jedną z najbardziej charyzmatycznych polskich reżyserek:
Pracując z Mają mam wrażenie, że jesteśmy dwoma instrumentami, które improwizują. Wiemy na czym mamy grać, na jaki temat i ze muzyka tak czy inaczej musi powstać. Improwizujemy zatem nie wiedząc, kiedy będzie solo, która z nas podda nutę. Praca z Kleczewską nie jest marzeniem o partyturze idealnej. To raczej wariacje na określony temat.
Na deskach Narodowego Stenka zagrała także Annę Pietrownę w "Iwanowie" Antoniego Czechowa w reżyserii Jana Englerta (2008) oraz kobietę-filozofa (Pacjentkę, która miała grać pana de Sade, ale nie gra) w kolejnej pracy Kleczewskiej "Marat/Sade" Petera Weissa (2009). W 2012 roku zagrała też główną rolę w "Orestei" Kleczewskiej. Ostatnio można ją było również zobaczyć w stawiającym kwestie winy, odpowiedzialności i pamięci spektaklu Krzysztofa Warlikowskiego "(A)pollonia" wg m.in. tekstów Eurypidesa i Hanny Krall (2009, Nowy Teatr w Warszawie). 2012r. to rola Katarzyny Medycejskiej w "Królowej Margot" w reż. Grzegorza Wiśniewskiego. Rok później zagrała w głośnym i kontrowersyjnym "Lodzie" na podstawie prozy Wladimira Sorokina i w reżyserii jednego z najważniejszych rosyjskich twórców współczesnego teatru: Konstantina Bogomołowa.
Jak zauważa Łukasz Maciejewski, Danuta Stenka jest jednym z niewielu łączników wiążącym najważniejsze nazwiska nowego teatru w Polsce. Gra u Jarzyny, Kleczewskiej i Warlikowskiego, co sama uważa za prezent od losu:
Oni ciągle szukają, spierają się, zabierają w podróże, które mogą być nieudane, ale zawsze mają cel. Oni nie dają żadnych gwarancji, że podróż się powiedzie, że odnajdziemy Graala. Ale ja im ufam, rachunek jest otwarty. Zawsze odczuwałam potrzebę eksperymentowania, podejmowania ryzykownych decyzji, ale równocześnie bałam się konsekwencji. Za dużo jest teraz porządku, za mało szaleństwa - tak czuję. I to mnie męczy, bo w moim wieku czas dla aktorki zaczyna się skracać, a we mnie zostało jeszcze sporo do powiedzenia, jeszcze wiele w sobie mogę odkryć, ale wiem, że dokonam tego tylko jeżeli zdobędę się na ryzyko w swoim zawodzie. Potrzebuję wyzwań.
Ważnym punktem w jej karierze jest spektakl Grzegorza Jarzyny "Druga kobieta" na podstawie filmu Johna Cassavetesa "Opening night", w którym u boku Adama Woronowicza, Romana Ganczarczyka, Dawida Ogrodnika i Agnieszki Podsiadlik Stenka brawurowo i przejmująco zagrała Wiktorię Gordon, aktorkę przygotowującą się do roli w sztuce o starzejącej się kobiecie, która nie potrafi poradzić sobie z upływem czasu. Sama aktorka w rozmowie z dziennikarzami przyznała, że zdarzało jej się mówić w spektaklu własnymi słowami:
Moja bohaterka przez teatr, pracę nad rolą, rozbija mur, skorupę teatru, którą nałożyła na siebie także w życiu codziennym. Uprawia ona teatr przed sobą, przed całym światem. Ta rola pozwala jej się odrodzić na nowo, pozbyć się teatru w życiu i wyjść z niego – poprzez teatr.
Przy okazji twórcy spektaklu zabierają widzów za kulisy teatru, inteligentnie i humorystycznie komentując niemal dwuletnią walkę zespołu TR Warszawa o przyszłość sceny.
Niewątpliwie dużym wyzwaniem była rola w "Koncercie życzeń" Franza Xavera Kroetza, wyreżyserowanym przez Yanę Ross (2015). Nie dość, że jest to monodram, który z założenia jest dla aktora formą wymagającą, to jeszcze jedyna obecna na scenie postać przez 70 minut nie wypowiada ani jednego słowa. Skupienie więc na sobie uwagi publiczności spoczywa na barkach aktorki, pozbawionej do tego jednej z najważniejszych w teatrze form scenicznej ekspresji. Spektakl to zwieńczona dramatyczną puentą godzina z życia przeciętnej mieszczki. Aneta Kyzioł pisała w "Polityce":
Mówi się, że dobre zdjęcie ma moc tysiąca słów. Z dobrym obrazem w teatrze jest podobnie, zwłaszcza jeśli jednym z jego elementów jest Danuta Stenka. "Koncert życzeń" może być opowieścią o tym, co doprowadza ludzi do krańcowych decyzji. Może też być lustrem przystawionym naszej codziennej bieganinie, prowokującym do spojrzenia i zadania sobie pytań. O koszty tempa współczesnego życia, o wymuszone zachwianie relacji między pracą a życiem osobistym, o izolację i samotność, o poukładane do najdrobniejszego szczegółu, ale mijające bez sensu, dzień za dniem, życie.
W 2016 roku Stenka zagrała w dwóch inscenizacjach najsłynniejszych dramatów romantycznych: panią Rollisonową w Mickiewiczowskich "Dziadach" w interpretacji litewskiego reżysera Eimuntasa Nekrošiusa (2016) i Archanioła w monumentalnym "Kordianie" Słowackiego, którego w Teatrze Narodowym wyreżyserował Jan Englert (2016). O swojej roli opowiadała Dorocie Wyżyńskiej w "Gazecie Wyborczej":
Ten Archanioł nie czuje się specjalnie komfortowo, bo reżyser ustawił go w roli wspólnika Szatana. Szatan mówi - słowami z "Fausta" Goethego - "Dawniej bym wszystko zrobił sam, dziś szukać mam wspólnika zbrodni". Zaczyna się zabawa zaproponowana przez Szatana, zabawa Polską - ten nasz nieustający polski kabaret. Archanioł podejmuje się tej gry, ale na swoich zasadach.
Z końcem 2016 roku Stenka zagrała tytułową rolę w "Matce Courage i jej dzieciach" Brechta w reżyserii Michała Zadary. O współpracy z reżyserem opowiadała Łukaszowi Maciejewskiemu:
Michał nie robił prób analitycznych, nie czytaliśmy tekstu przy stoliku, nie dyskutowaliśmy o postaciach. Ja potrzebuję rozmowy, on nie lubi analizować, buduje swój świat, szuka i sprawdza bezpośrednio na scenie. Włożona w konkretne sytuacje, próbowałam znaleźć w sobie tę kobietę. Ona jest zupełnie inna niż ja. Podejmuje decyzje, których ja na pewno bym nie podjęła, bywa żałosna, a chwilami jest niezwykła. Nie znalazłabym z tym człowiekiem wspólnego języka, a jednak jest mi piekielnie bliska. Dlaczego? Bo zbudowana na mnie, ze mnie, z moich gestów, głosu...? Nie wiem.
Z kolei w 2018 premierę miał "Ślub" według Gombrowicza w reżyserii Eimuntasa Nekrošiusa, w którym Stenka zagrała Matkę.
