Film Kolskiego mógł być znakomitym uczczeniem rocznicy - stulecia kina - przypadającej na rok 1995, reżyser nie zdążył jednak zebrać na produkcję wystarczających środków; zrealizował swój film dwa lata później. Ostatnie lata nie tylko dla Jana Jakuba Kolskiego, ale dla całego polskiego przemysłu filmowego stoją pod znakiem niedostatku funduszy. W kolejnym wywiadzie dla "Rzeczpospolitej" Kolski uskarżał się:
Przez trzy lata nie robiłem filmów. "Nie ma pieniędzy" - powtarzano mi bez przerwy. Musiałem na czymś skoncentrować swoją energię, coś robić, aby nie zwariować, więc zrealizowałem kilka spektakli TV i napisałem powieść.
Ostanie realizacje Kolskiego to adaptacje: zrealizowany skromnymi środkami film "Daleko od okna" oparty na scenariuszu Cezarego Harasimowicza według opowiadania Hanny Krall i "Pornografia" według powieści Gombrowicza.
Ten ostatni film reprezentował Polskę na festiwalu weneckim, niestety nie został doceniony. Na festiwalu w Gdyni w rywalizacji o główną nagrodę ustąpić musiał "Warszawie" Dariusza Gajewskiego. Zważywszy okoliczności, trudno bezstronnie osądzić, czy decydujący wpływ na werdykt jury miał fakt, że producent filmu Kolskiego Lew Rywin stał się niechlubnym bohaterem głośniej afery polityczno-gospodarczej, czy też względy czysto artystyczne.
W "Daleko od okna" Kolski sięgnął po raz pierwszy po utwór literacki i po cudzą adaptację, nadał jednak filmowi w pewnym stopniu własny rys autorski. W "Pornografii" także sięgnął po utwór literacki, nie zaakceptował jednak proponowanych mu adaptacji. Adaptacja, jakiej dokonał sam reżyser (przy pewnym współudziale kreującego główną rolę aktora Krzysztofa Majchrzaka), choć pozornie wydaje się nieodległa od pierwowzoru, wprowadza jednak zmiany zasadnicze dla sensu utworu, a nawet, chciałoby się powiedzieć, dla sposobu widzenia świata i ludzi, który u Kolskiego jest zupełnie inny niż u Gombrowicza. Kolski odszedł także z pełną świadomością od charakterystycznego języka powieści. W wywiadzie dla "Rzeczpospolitej" tłumaczył:
Pracując nad "Pornografią" zrozumiałem, że Gombrowicza trzeba adaptować zuchwale. Niemal bezczelnie.
Kolski odrzucił po prostu wiele zbyt literackich fragmentów.
Kiedy jednak odrzuciłem te kawałki pozostało bardzo niewiele, dlatego "przyszyłem" do bohaterów nowe zdarzenia i przede wszystkim dałem im motywacje, których pożałował Gombrowicz.
Za sprawą Kolskiego postaci literackie zyskały życiorysy, szczególnie Fryderyk. Jest on w filmie postacią tragiczną -
Tak, złamałem mu życie bardziej niż Gombrowicz, ale też dałem więcej szans na odkupienie. Marzyło mi się, żeby widz wychodził z kina z pękniętym sercem i z nadzieją.
Postać Fryderyka stworzona przez Kolskiego jest ciekawa i bogata, ale zupełnie niegombrowiczowska. Wydaje się, że Gombrowicz widział w ludziach więcej cynizmu niż Kolski, i nie potrzebował skomplikowanych motywacji psychologicznych, by pokazać jak można grać życiem bliźnich.
Jan Jakub Kolski z powodów, jak można się domyślać, pozaartystycznych, przez kilka lat nie miał okazji, by w pełni dać upust swojej twórczej niezależności. Po "Pornografii" z 2003 zrealizował serial telewizyjny, sztuki, wydał kilka nowych książek, w których kreuje świat bliski temu, znanemu z jego najgłośniejszych filmów. Zrealizował także dokumentalne filmy podróżnicze.
Kolejne lata zaowocowały jednak znów filmami autorskimi, w roku 2006 powstało "Jasminium", a w 2009 "Afonia i pszczoły". Na pierwszy rzut oka filmy te zdają się być portem Kolskiego do baśniowego "Jańciolandu". Tomasz Jopkiewicz pisał o "Jasminum":
Siła nowego filmu Kolskiego bierze się z tego, że zrezygnował z filozoficznych pretensji, ograniczenia swego stylu z powodzeniem stara się przekuć w siłę, nie popadając przy tym we wtórność i manierę. (...) Świat Kolskiego musi być hermetyczny, by czasie seansu stopniowo otwierać się i rozkwitać. Stąd brały się zarówno triumfy, jak i porażki reżysera. jego kino bowiem to kino delikatnej równowagi, którą bardzo łatwo sam twórca może nieopatrznie zakłócić. Gdy brała górę natrętna symbolika, skłonność do mnożenia cudowności albo niekontrolowany liryzm, Kolski przegrywał, gdy te alchemiczne składniki osiągają wymaganą równowagę - zdecydowanie wygrywa. Jak wygrał i tym razem.
Istotnie łatwo dostrzec, że "Jasminum" różni się od "Jańcia Wodnika" czy "Grającego z talerza" stylem, aurą, jakby nieco żartobliwym zdystansowaniem się od Tajemnicy i od świata baśniowości. Już choćby przez to, że narratorką filmu uczynił Kolski kilkuletnią Gienię. Spora doza ciepłego, delikatnego humoru też odróżnia ten film od poprzednich filmów z "Jańciolandu". Na zmianę tę zwraca m.in. uwagę Paweł T. Felis w artykule w "Gazecie Wyborczej":
Po filmach realizowanych według Hanny Krall (świetny "Daleko od okna") i Witolda Gombrowicza ("Pornografia") w tym świecie, w tym "Jańciolandzie", zaszła znacząca zmiana. Już w "Jasminum" cudów co prawda nie brakuje, ale ujęte one zostają w znaczący cudzysłów: całą historię, nieco pretensjonalną i naiwną, opowiada przecież dziecko. Pozbawiona cudów jest "Afonia i pszczoły". To przeciwieństwo "Jasminum" - kino chropawe, pęknięte, niedopieszczone.
Do zmiany jaką dostrzega krytyka, szczególnie w "Afonii i pszczołach", przypowieści o mrocznej namiętności, widząc pożegnanie idylliczności i niespotykaną przedtem drapieżność, przyznaje się także sam reżyser.
Kiedyś bardzo się starałem, żeby widz w te cuda wierzył. Teraz już nie. Wydaje mi się, ze ta "kraina łagodności" - to, co domaga się we mnie kina uwodzicielskiego, pełnego urody - przynajmniej na jakiś czas została wyeksploatowana. Ustąpiła miejsca czemuś, co podszyte jest mrokiem. Urosłem. A może się starzeję? Tego dziecinnego przekonania, że w świecie da się wyróżnić dobro i zło, już nie mam. Zawsze pokazywałem, że sacrum i profanum funkcjonują jednocześnie, ale chwaliłem się w filmach, że sam potrafię je rozróżnić. Dziś wiem, ze to naiwność.
W 2010 roku znów opowiadał o mrocznej stronie ludzkiej natury. Jego "Wenecja", będąca adaptacją opowiadania "Sezon w Wenecji" Włodzimierza Odojewskiego, przedstawiała historię jedenastoletniego Marka, który marzy o wyjeździe do Wenecji, ale wybuch II wojny światowej krzyżuje jego plany, a by choć w części spełnić swoje marzenie, chłopiec próbuje urządzić sobie namiastkę włoskiego miasta w starym dworku na wsi.
Film Kolskiego był jednym z najlepszych polskich obrazów tamtego roku. Relacjonując festiwal w Gdyni, Michał Walkiewicz pisał na łamach Filmwebu:
Dzięki prozie Włodzimierza Odojewskiego Kolski zdołał narzucić swojemu autorskiemu kinu zbawienne ograniczenia. Z kolei za sprawą warsztatowej sprawności Kolskiego świat autora "Kwarantanny" ożył na ekranie w kształcie, do którego trudno mieć jakiekolwiek zarzuty”.
Także Janusz Wróblewski na łamach "Polityki" z uznaniem wyrażał się o filmie Kolskiego i pisał:
"Wenecja" stanowi przede wszystkim popis talentu Artura Reinharta. Oparta na motywach opowiadania Włodzimierza Odojewskiego historia dojrzewania 11-letniego chłopca, przeżywającego w wiejskiej posiadłości nad Sanem koszmar okupacji, zaskakuje malarskim, zmysłowym pięknem niemal każdej sceny. Reinhart w nastrojowych, przepełnionych gorzkim liryzmem ujęciach znalazł właściwy ton dla poetyckiej, impresyjnej opowieści o zderzeniu dziecięcej wrażliwości ze zbrodniami i nielojalnością świata dorosłych.
Następny film Kolskiego, realizowane przez kilka lat (i na przekór budżetowym problemom) "Zabić bobra" (2012), spotkało się jednak z bardzo chłodnym przyjęciem krytyków. Reżyser opowiadał w nim historię Eryka (Eryk Lubos), żołnierza, który wraca z wojennego frontu i w rodzinnym domu próbuje odzyskać psychiczną równowagę. Surowy i szorstki film Kolskiego różnił się od wszystkiego, do czego przyzwyczaił widzów reżyser "Pornografii". Zamiast wystudiowanych, estetycznie dopieszczonych kadrów, Kolski proponował brudne, rozedrgane ujęcia, a baśniowa opowieść ustąpiła miejsca neurotycznej narracji o mroku czającym się w bohaterach.
Mimo że Eryk Lubos za główną rolę otrzymał nagrodę na festiwalu w Karlowych Warach, a na festiwalu Camerimage doceniono zdjęcia Michała Pakulskiego, po premierze na reżysera spadła miażdżąca fala krytyki. W filmie widziano dalszy ciąg na poły osobistych rozliczeń artysty, który w powieści "Egzamin z oddychania" opowiadał o pisarzu pogrążonym w kryzysie twórczym, zmagającym się z zakazanym uczuciem i śmiercią matki.