Płótno trafiło do sali historycznej w nowo utworzonym Muzeum Książąt Czartoryskich, gdzie jego tragiczna wymowa miała kontrastować z zabytkami ukazującymi dawną potęgę Rzeczypospolitej. Ogólny sens dzieła był dla odbiorców czytelny. Niektórzy postrzegali go bardziej dosłownie, jako scenę z powstania styczniowego, inni trafnie odczytywali warstwę symboliczną.
Jak zanotował Gorzkowski, pierwotny tytuł obrazu brzmiał "Z wypadków warszawskich". Krytycy zauważali, że w tym niezwykłym dla dorobku Matejki obrazie widać pokrewieństwo z twórczością Artura Grottgera. Łączyła je nie tylko powstańcza tematyka, lecz także cały repertuar motywów: zakuwanie Polonii, sprofanowanie świątyni czy przybijanie afiszy. Również personifikacja Polski przywodzi na myśl charakterystyczną bohaterkę wielu kompozycji Grottgera, czyli młodą kobietę w żałobie narodowej. Matejce pozowała w 1864 roku świeżo poślubiona żona Teodora.
Matejkowska interpretacja Polonii nie wszystkim przypadła jednak do gustu. Recenzent krakowskiego "Czasu" w 1880 roku pisał:
Postać w każdym razie niepospolita, typ bardzo piękny i z tą szlachetną dumą żywcem zda się pochwycony z natury, ma jednak wadę, która go stawi od innych niżej; jest coś nienaturalnego w postawie tej klęczącej kobiety, trochę afektacji, trochę pozy.
Podobnego zdania był Stanisław Tarnowski, autor monografii Matejki wydanej w 1897 roku:
Wyprężenie rąk, odwrócenie głowy, spuszczenie powiek, wysunięcie dolnej szczęki, wszystko to, co ma oznaczać bohaterską obojętność na męczeństwo, jest tylko tą pogardliwością łatwą, sztuczną, rutynową, jaką nadają minom swoim złe aktorki, kiedy chcą być godne i heroiczne.
Nieukończone dzieło Matejki wyróżniało się szkicową formą. Wiele fragmentów pozostało ledwie zarysowanych, a kolorystykę całości zdominowała brunatna podmalówka. Część recenzentów podkreślała jednak, że surowa kreska i stonowane barwy korespondowały z przygnębiającą tematyką. Dziennikarz "Czasu" podkreślał:
Koloryt poważny, ciemny, niemający wcale jaskrawych i gorących odbłysków, jakie się spotykają w innych utworach artysty, robi wrażenie nader korzystne i harmonizuje dobrze z pomysłem oraz treścią obrazu
- Jan Matejko, "Polonia – Rok 1863", 1864, olej na płótnie, Muzeum Narodowe w Krakowie