W 2000 roku ukończył Wydział Aktorski Akademii Teatralnej im. Aleksandra Zelwerowicza w Warszawie. W tym samy roku zadebiutował na stołecznej scenie rolą Podsrockiego w "Trans-Atlantyku", adaptacji powieści Witolda Gombrowicza przygotowanej przez Waldemara Śmigasiewicza w Teatrze Montownia. Jednak karierę kontynuuje poza Warszawą. W latach 2002-2004 był związany z wrocławskim Teatrem Polskim, później na krótko przeniósł się do Teatru Wybrzeże w Gdańsku, by od 2006 roku znów pracować w zespole wrocławskiej sceny.
Czarnik znany jest przede wszystkim z przedstawień Jana Klaty. W rozmowie z Joanną Derkaczew mówił:
Myślę, że muszę mieć dość spore zrozumienie postaci czy stopień utożsamienia się, żeby nie wstydzić się wejść na scenę. Z Jankiem to zrozumienie budujemy czasem z nieoczywistych klocków. (…) Nigdy nie chciałbym "nauczyć się grać" (…) Nie mam sztuczek, za to zawsze muszę mieć zabrane powody, by wyjść na scenę i przemawiać w imieniu postaci.
W teatrze Klaty grał Lafcadia w "Lochach Watykanu" na motywach powieści André Gide'a, (2004, Wrocławski Teatr Współczesny im. Edmunda Wiercińskiego), Hamleta w inscenizacji "H." według Williama Szekspira (2004, Teatr Wybrzeże w Gdańsku), Jana w "Fanta$ym", współczesnej trawestacji dramatu Juliusza Słowackiego (2005, Teatr Wybrzeże w Gdańsku), Bonusa w "Weź, przestań" Klaty (2006, TR Warszawa). We wrocławskim Teatrze Polskim wcielił się z kolei w postaci Robespierre'a w "Sprawie Dantona" Stanisławy Przybyszewskiej (2008), 99 Groszy w burleskowej "Szajbie" Małgorzaty Sikorskiej-Miszczuk (2009), piekielnego Bum Buma w adaptacji "Ziemi obiecanej" Władysława Reymonta (2009) oraz Kazimierza w "Kazimierzu i Karolinie", przeniesionym w realia dzisiejszego raju, czyli centrum handlowego, dramacie Ödöna von Horvátha (2010).
Największe uznanie i nagrody aktorskie przyniosła Czarnikowi rola francuskiego rewolucjonisty w prowokacyjnej, kabaretowo-groteskowej scenicznej interpretacji dramatu Stanisławy Przybyszewskiej. Łukasz Drewniak pisał:
O roli Marcina Czarnika można wykrzyknąć z ekscytacją: kreacja! A potem iść z nim skopać jakiegoś oligarchę. Jego Robespierre najpierw przymierza się do pozy umierającego Marata, jakby sprawdzał, ile w nim samym jest charyzmy, stygmatu rewolucjonisty umierającego w połowie drogi. Czego chce ten Robespierre? Pędu, przeobrażenia, nieomylności, racji. Wie, że strach pobudza do myślenia Aktor udowadnia, że potwór rewolucji to niekoniecznie ktoś zły do szpiku kości. Nawet kiedy jest już tylko zgilotynowaną głową na francuskim stole, dalej snuje rozważania o wolności, pragmatyzmie, postępie.
W pamięć zapadła też jego interpretacja ekscentryczno-rockowego Lafcadia, czy bliskiego współczesnej wrażliwości, buntowniczego Hamleta. Jacek Cieślak notował w "Rzeczpospolitej":
Hamlet jest jednym z nas. Tłumaczy, że nie trzeba być łajdakiem, by mieć sobie tak wiele do zarzucenia.