We wczesnej fazie twórczości na postawę artystyczną Czajkowskiego najsilniej oddziałała symbolistyczna formuła malarstwa pejzażowego Stanisławskiego. Stanisławski postrzegał naturę jako rzeczywistość nasyconą duchowym pierwiastkiem; stąd stosowana przez mistrza syntetyzująca transformacja jej fenomenów na płótnie. Podobny sposób widzenia i pojmowania krajobrazu przejawił się w malowanych na deseczkach i tekturach obrazach Czajkowskiego ("Samotna brzoza", ok. 1900; "Sad we mgle", ok. 1903). Malarz przejął od Stanisławskiego szkicowy dukt pędzla nieomylnie oddający istotę wyobrażonych form natury; w licznych studiach nieba swobodną, syntetyczną plamą budował nawarstwienia chmur przytłaczających skrawek ziemi. Idąc śladami mistrza skupiał niekiedy uwagę na elementach roślinnego mikrokosmosu odzwierciedlających - w myśl panteistycznej filozofii - harmonię universum ("Osty", ok. 1902; "Słoneczniki", 1905; "Dziewanna", ok. 1910).
Podobnie jak wielu polskich symbolistów przełomu wieków sugestywnie wydobywał nostalgiczne tony i kreował melancholijną aurę w nokturnach ("O zmroku", 1908; "Księżyc", 1911). Doceniał też ekspresyjną moc czystego koloru i autonomiczny charakter plamy barwnej, którą w kompozycjach takich jak "Modlnica pod Krakowem" (1906) pozbawił dookreślających kształty konturów; wielobarwny tłum wieśniaków odtworzył tu zdecydowanymi pociągnięciami pędzla sugerującymi ludzkie sylwety. Podobnie jak wielu innych modernistów uległ fascynacji folklorem. Znamienne dla etosu Młodej Polski zauroczenie rodzimą wsią, jej obyczajem i rytuałem, znalazło przejaw w licznych kompozycjach Czajkowskiego ("Baby bronowickie", 1902; "Bronowiczanka", ok. 1902).
"Pożegnanie Panny Młodej z Matką. Bronowice" (1902) to obraz będący reminiscencją słynnego bronowickiego wesela Lucjana Rydla; ujrzane tam sceny artysta odebrał i zapamiętał na poziomie potocznej obserwacji nie dorównującej napięciu poetyckiej wyobraźni w dramacie Wesele Stanisława Wyspiańskiego. Prócz aspektów etnograficzno-kostiumowych polska wieś przyciągała uwagę Czajkowskiego motywami z codziennego życia i pracy chłopów ("Orka", 1900; "Żniwa", 1903; "Młocka w stodole", ok. 1903). Artysta nawiązywał niekiedy do symbolistycznej ikonografii Jacka Malczewskiego malując pastuszka w opiekuńczych objęciach Anioła Stróża o wielkich, dekoracyjnych skrzydłach ("Na Anioł Pański").
Zasadniczy trzon malarstwa Czajkowskiego stanowią jednak czyste pejzaże malowane w różnych regionach kraju, na Kielecczyźnie, Kurpiach, Mazurach, Śląsku, Podhalu i Pomorzu ("Kapliczka w polu. Kieleckie", ok. 1900; "Klasztor w górach", ok. 1906; "Kościół w Rudawie", 1907; "Chata pod Krakowem. Wola Radziszowska", 1908; "Mogiły w Morawicy", 1909; "Kapliczka na Podhalu zimą", ok. 1909; "Aleja na Polesiu", 1910; "Charta ukraińska", 1912; "Jesień w Żmigrodzie", 1913; "Jezioro Augustowskie", 1920; "Wozy w Rabce", 1929; "Kościółek w Mikuszowicach na Śląsku", 1933; "Wiatraki na Kurpiach", 1930; "Podlasie", 1930; "Nad Niemnem", ok. 1933; "Nad Świtezią", ok. 1934; "Wawel", 1941; "Góra Kalwaria nad Wisłą", 1943; "Z ziemi Lubelskiej", 1947; "Fara w Nowogródku - miejsce chrztu Mickiewicza", 1949). Wędrując z miejsca na miejsce w poszukiwaniu zróżnicowanych topograficznie motywów malarskich twórca realizował swe artystyczne credo:
Pejzaż nasz jest piękny i ma rozmaite fizjonomie. [...] [Artysta] jest podobny pszczole: zbiera wrażenie piękna, o którym się tak rzadko w dzisiejszych czasach mówi. Również nie mówi się o moralności w sztuce, która nas artystów przede wszystkim powinna obowiązywać. Moralność artysty - to rzetelność w pracy: zgłębianie i synteza tematu oraz pogłębianie warsztatu malarskiego, unikanie schematu, blagi, powierzchowności i spłycania swojej pracy.
Teatr nieba, obłoki zawieszone nad polami, chmury ciążące nad znieruchomiałą taflą jeziora, mieniący się refleksami strumień rzeki, zwarta ściana lasu w oddali, pnie drzew i strome dachy drewnianych kościółków, po których ślizgają się plamy słońca przepuszczone przez korony drzew, przydrożne krzyże i pochylone pod brzemieniem czasu kapliczki, przycupnięte chałupy i opasłe stogi, to motywy wciąż powracające w rozmaitych wariantach w twórczości Czajkowskiego. A także samotne drzewa, a właściwie ich portrety, zindywidualizowane, niosące symboliczne treści dęby, sosny i brzozy, mówiące o przemijaniu ludzkiego życia i cyklicznym odradzaniu się Natury.
