Po wprowadzeniu 13 grudnia 1981 stanu wojennego w Polsce artysta współpracował z prasą podziemną, tworząc "Winiety i rysunki dla "Tygodnika Wojennego"" i wydając z grupą przyjaciół prywatne pisemko "Hiny" (1982). Od połowy lat 80. coraz częściej i dłużej przebywał we Włoszech, gdzie mieszkała przyszła żona artysty, Marina Fabbri - krytyczka teatralna i filmowa, tłumaczka, organizatorka festiwali.
Moby Dick, czyli porzucony kadłub jachtu
W 1986 Bednarski spędził kilka miesięcy w Afryce równikowej (Benin, Togo). Podróż ta, choć związana ze sprawami rodzinnymi, stała się w opinii artysty znacząca dla jego rozwoju duchowego i dalszej drogi twórczej. Po powrocie, na przełomie 1986/87 na wiślanym brzegu w Warszawie natknął się na porzucony kadłub jachtu. Był to początek kolejnego wątku jego sztuki - "Moby Dicka". Pocięty kadłub, uzupełniony dźwiękiem generowanym przez planety, został po raz pierwszy wystawiony w Muzeum ASP w Warszawie w 1987. Odtąd był ośmiokrotnie scalany na nowo w różnych konfiguracjach na wystawach w kraju i za granicą (Gdynia 1987, Rzym 1988, Berlin 1989, Łódź 1992-1996, Budapeszt 1997, Warszawa 1999, Warszawa 2000, Łódź od 2003). Od 1992 stanowi własność Muzeum Sztuki w Łodzi i stały element kolejnych odsłon jego kolekcji.
Równolegle z kolejnymi ekspozycjami "Moby Dicka" kształt łodzi powtarzany był przez artystę od 1989 w wielu wersjach kameralnych "Masek", pojawiał się też w obrazach i innych pracach. Z ideą Moby Dicka związane są instalacje: "Unsichtbar / Niewidzialne" (1993), a ostatnio "Podziemne wniebowstąpienie. Hommage - Tymoteusz Karpowicz", Warszawa 2006, "Brzeg cienia (Wyznanie)", Warszawa 2007 i "Moby Dick - Anima Mundi", Szczecin 2008.
Przełom lat 80. i 90. w twórczości Bednarskiego zaznaczył się serią rozbudowanych, wieloelementowych instalacji. Składały się na nie przestrzenne moduły, np. w kształcie wydłużonego ostrosłupa ("piramidy"), z których budowane były "kolumny" i "gwiazdy" oraz metalowe stoły o stałych wymiarach 95 x 130 x 40 cm (używane od 1986 do dziś). Uzupełniały je niekiedy czerwone i niebieskie światła żarówek, naturalne gałęzie, koronkowe serwetki i kryształowe naczynia z domowych zasobów itp. Z elementów tych komponowane były kolejno instalacje: "Zimna wylęgarnia", Rzym 1988, "Inne gwiazdy", Rimini 1989, "Pasaż złamanej kolumny", Warszawa 1990, "Trzy pasaże", Warszawa 1990, "Pasaż Vision and Prayer", Warszawa 1990 (graniczny między tą i następną grupą prac) oraz "Pałace Boga (wg Leona Chwistka)", Warszawa 1992.
Romby i klepsydry
Obok współistniejących od lat motywów Marksa i Moby Dicka oraz opisanych instalacji "modularnych", na przełomie lat 80. i 90. pojawił się w twórczości artysty kolejny wątek zaczerpnięty z "Vision and Prayer" Dylana Thomasa. Wizualne kształty, w które poeta zamknął treści swego poematu - romb i klepsydra - zainspirowała serię prac Bednarskiego, powstających w latach 1989-1992. W jej skład której wchodzą reliefowe "Tablice cyklu rzymskiego" (i będącego jego repliką "Cyklu warszawskiego"), "Frotaże" z tych tablic na papierze i płótnie, pełnoplastyczne "Dwa obiekty" (również w wersji rzymskiej i warszawskiej) i in.
W realizowanym bezpośrednio potem cyklu instalacji "Ciemny pasaż I-III", Warszawa-Berlin-Łódź 1993 głównym elementem były obiekty tworzone na wzór drobnych sprzętów (półek, szafek, gablotek itp.), przywołujące nastrój prywatności, intymności domowych pamiątek i codziennego z nimi obcowania.
Nowe prace i realizacje z lat 90. - "Sarkofag Bałtycki" (1993), "Spotkanie z Federico Fellinim" (1994), "Pasaże słoneczne" (1995), "Trawa, tylko trawa" (1996) - podejmują na nowo, każda w odrębny sposób, wątek obecny od początku w twórczości Bednarskiego. Wszystkie mianowicie bazują na paradoksie, obecnym tyleż w warstwie znaczeniowej, metaforycznej, co w materialnym budulcu prac.
Ekologiczny "Sarkofag Bałtycki" zderza materię tak zdegradowaną, jak gnijące odpadki z ideą czystości (środowiska). Jednocześnie jej symbol, wzięty z najbardziej intymnych zakątków domostwa (różową wannę), wynosi na pomnikowy piedestał w przestrzeni publicznej.
Projekt pomnika "Spotkanie z Federico Fellinim" dla Rimini, rodzinnego miasta reżysera, przywołuje młodzieńczy pomysł "pomnika z cienia", którego realizacją był wspomniany wcześniej "Krawężnik". Jednak tym razem w "cud" (jak sam to formułuje w opisie technicznym) zaistnienia pomnika artysta wprzęga moce kosmiczne - fantastyczny, abstrakcyjny kształt rzuci cień profilu reżysera tylko dwa razy w roku, w okresach zrównania dnia z nocą; na co dzień wywoła go sztuczne światło filmowego reflektora.
Swego rodzaju próbą zatrzymania i utrwalenia pamięci była instalacja "Pasaże słoneczne" - ciąg rur wentylacyjnych opasujących sale Muzeum Xawerego Dunikowskiego w Królikarni i "przewodzących" dźwięk słów: "Słyszysz mnie? Mi senti? Do you hear me?" itd. w wielu językach.
"Trawa, tylko trawa" to praca utworzona z 1800 metrów drutu kolczastego w polewie z zielonego plastiku, który - pocięty na półmetrowe "łodygi" i ozdobiony kulkami czerwonej przędzy, pozoruje w ogrodowych skrzynkach niewinną roślinną rozsadę. W ten sposób przypomina, a zarazem kwestionuje i "odczarowuje" złowrogie skojarzenia, jakie w naszej części Europy budzi drut kolczasty (praca miała swą premierę na wystawie w Wilnie).
Intensywna w końcu lat 90. praca nad odlewami i refleksje nad odlewnią jako pracownią alchemika, podparte lekturami pism Carla Gustava Junga, zaowocowały symboliczną grupą "Król i Królowa, Słońce i Księżyc" (dwie wersje, mała i duża, 1997). Podobnym zwrotem do rzeźbiarskiej pracy "w materiale" było podjęcie klasycznego tematu figury - "Trzy Gracje" (2001), czy odlane w brązie prace służące upamiętnieniu przyjaciół - "Portret Mario Schifano" (1991-1998) czy dłonie kadrujące obraz na "Nagrobku Krzysztofa Kieślowskiego" (1997).