Pokazała widowisko "Prze(d)stawienie" na motywach sztuki Tankreda Dorsta "Merlin albo ziemia jałowa" (2006, Teatr Studio im. Stanisława Ignacego Witkiewicza w Warszawie). Opowieść o upadku arturiańskiego mitu i śmierci ideałów przełożyła na opowieść o współczesnej Polsce. W alegorycznej scenicznej opowieści - "Galgenbergu" według sztuk Michela de Ghelderodego świętość stykała się z tym co ludzkie - małe, ale warte współczucia (2007, Teatr im. Juliusza Słowackiego w Krakowie).
Reżyserka mierzyła się także z Szekspirem, za każdym razem dając autorską interpretację dramatów Stratfordczyka. Wystawiła "Romeo i Julię" (2008, Krakowski Teatr Scena STU) oraz widowiskowe, pełne plastycznej urody i nasycone emocjami przedstawienie "Otello - wariacje na temat" (2009, Teatr im. Stefana Jaracza w Łodzi).
Gorzką opowieścią, budzącą salwy śmiechu na widowni, była premiera "Według Agafii" na motywach "Ożenku" Mikołaja Gogola (2009, Teatr im. Stefana Jaracza w Łodzi). Jacek Wakar pisał o przedstawieniu dla "Dziennika. Gazety Prawnej":
Śmiech podszyty grozą, popkultura jako ocean kiczu, a jednocześnie tworzywo naszego świata. Gorycz, o którą jej nie podejrzewałem, i brak złudzeń. Przedstawienie w łódzkim Jaraczu burzy spokój, tak jak wytrąca z równowagi ogłuszająca seria z karabinu Żewakina, mierzona w Anuczkina, ale też w nas - widzów.
Realizowała także przedstawienia na podstawie mało znanych utworów – "Ojca" inspirowanego opowiadaniem "Świętokradztwo" urodzonego w Galicji, dwudziestowiecznego pisarza austriackiego Oskara Jana Tauschinskiego (2010, Teatr im. Juliusza Słowackiego w Krakowie) i "Apokalipsę. Skróconą historię maszerowania" według średniowiecznego apokryfu przypisywanego Janowi Teologowi (2011, Teatr im. Stefana Jaracza w Łodzi). W "Ojcu" – historii o rzeźbiarzu, który ma stworzyć Chrystusa ukrzyżowanego – badała tajemnice artystycznej kreacji. W "Apokalipsie" dała autorską, wysmakowaną wizualnie i jednocześnie dosadnie, niemal naturalistycznie zagraną wizję końca współczesnego grzesznego, chaotycznego i zdeformowanego świata.
Agata Duda-Gracz ma na swoim koncie także reżyserię opery. W Poznaniu, w poprzemysłowej architekturze Starej Gazowni zrealizowała, przeniesioną w realia dzisiejszych slumsów, inscenizację "La Bohéme" Giacomo Pucciniego (2010, Teatr Wielki im. Stanisława Moniuszki w Poznaniu).
Następnie wyreżyserowała Według Bobczyńskiego Mikołaja Gogola (2012, Wrocławski Teatr Współczesny im. Edmunda Wiercińskiego). Na stronie teatru czytamy:
Nie zobaczymy w nim bowiem wyłącznie gorzko-rubasznej satyry na urzędniczy świat Rosji współczesnej Gogolowi. U Dudy-Gracz to raczej studium ludzkiej kondycji, granic jej elastyczności w ekstremalnych warunkach. To obraz człowieczego głodu samozadowolenia, jego tęsknoty za bytem doskonałym, nawet za cenę bycia przez chwilę kimś innym. To spektakl wykorzystujący zabieg teatru w teatrze; zabawa w pozory i symulację, w której symboliczna maska staje się nieodłącznym atrybutem scenicznych postaci.