1996年的《萨满教的迷恋》（又名：《黄教僧》，“Szamanka”）讲述着一位情感受伤的人类学教授与一位精神错乱或拥有超自然力量的“意大利人”女人之间极为复杂的爱情故事，以及对一具保存完好的3000年前萨满尸体的痴迷。这部电影被认为是波兰有史以来最具争议，最引起轰动的影片之一。这部电影改编自曼纽拉·格雷特科夫斯卡（Manuela Gretkowska）的剧本，与20世纪90年代效仿美国电影的波兰电影形成了鲜明对比。旧金山媒体机构SFBG记者，丹尼斯·哈维评论道：
“这部1996年的电影在世界任何其他地方几乎无人问津，在波兰却在完成之前就已经被评为‘臭名昭著’。茹瓦夫斯基被指控虐待当时仅仅20岁的‘新星女演员’，伊沃娜·彼得里（Iwona Petry）。彼得里拒绝置评，但她拍摄该电影之后立即放弃了演艺事业，据说，前往印度寻求精神导师。就连性格更坚强的伊莎贝尔·阿佳妮也表示，她花了数年时间才脱离了拍摄《迷恋》的痛苦。如何评价这位把演员逼上绝路的导演呢？只有一点可以肯定：正如有些奢华大制作中，金钱在银幕上得到了淋漓尽致的展现一样，这部电影毫无疑问地且非常充分地展现了全面的的情感。”
达米安·罗马尼亚克（Damian Romaniak，Onet，2016年12月29日）曾经写道：
“如果要列出最被低估的波兰电影，《萨满教的迷恋》无疑会名列前茅。近二十年前，茹瓦夫斯基的这部作品曾引起轩然大波。媒体和天主教教会谴责这部电影，影评人给出了最次的评价。关于这部电影最温和的评价包括：“伪装成哲学的粪便”或“伪知识分子的垃圾”。然而，对我来说，《萨满教的迷恋》是一部优秀而大胆的电影，甚至可以说是波兰最好的情色惊悚片。茹瓦夫斯基创作了关于性、死亡以及形而上学需求的一篇原创论文。”
在2000年拍摄了由苏菲·玛索主演，广受好评的《情欲写真》（"Fidelity"）之后，茹瓦夫斯基从影坛消失了15年。在此期间，他出版了11本书，包括小说、专栏和散文。其中最具文学气息的作品是2005年出版的小说，"Zapach księżyca"（暂译：《月之气息》）。这本书讲述着一位，才华横溢的画家，在慢慢成为盲人的过程中，试图与时间的流逝达成和解的故事。
时隔15年后，茹瓦夫斯基重返导演界，执导了一部被誉为“形而上学黑色惊悚片”的长片，《黑暗宇宙》（“Cosmos”）。该片改编自维托尔德·贡布罗维奇（Witold Gombrowicz）最后一部小说，《宇宙》（“Kosmos”，1965年）。《宇宙》被认为是贡布罗维奇的杰作，也是他作品中最神秘的，解读起来极为险难。该小说以20世纪30年代的波兰为背景，情节类似侦探小说，叙述者是一位来自华沙的大学生，他在扎科帕内（Zakopane）度假时调查一系列符号和象征。这使他越来越接近疯狂和自我毁灭。这部电影在洛迦诺国际电影节首映，获得了最佳导演奖。
塔德乌什·索博列夫斯基（Tadeusz Sobolewski）对茹瓦夫斯基最后电影品论如下：（《选举报》【Gazeta Wyborcza】，2016年6月30日）：
“《黑暗宇宙》不仅仅是一部黑暗超现实主义的喜剧，更是一部形而上学的电影。人类——包括作者本人——被描绘成令人厌恶的东西。然而，贯穿安杰伊·茹瓦夫斯基几乎所有著作和电影（尤其是这部电影）的核心问题，却不止于此，而是引出了更深层次的理解。该问题在于：如何超越人类的凝视？如何通过描述邪恶，到达善良、获得启示和顿悟？又如何在宗教之外实现这一点？（茹瓦夫斯基认为宗教是邪恶的根源之一。）”
《黑暗宇宙》上映两年前，贡布罗维奇私密而又令人轰动的《日记》（“Kronos”）出版了。然而，期待再次看到曾经让茹瓦夫斯基名声鹊起，充斥着丑闻、疯狂歇斯底里的类似作品的任何人，或许都会很失望。
在《政治》（“Polityka”）期刊上（2008年，第34期），兹齐斯瓦夫·皮耶特拉西克（Zdzisław Pietrasik）引用了茹瓦夫斯基关于导演职业的话语：
“年轻人通常问我，一个人是如何成为电影导演的，这究竟意味着什么？我的回答是：电影导演就是一个必须对周围所有人（除了他自己）撒谎的人。他一旦开始对自己撒谎，骗自己，他就完蛋了。”
茹瓦夫斯基的演员生涯
