Вскоре картину приобрело государство и передало ее Ягеллонскому университету, в Музее которого она находится и по сей день. Это место имело особое значение, так как Коперник обучался в Ягеллонском университете, который тогда назывался Краковской Академией. Оформлением сделки занялся Петр Мошинский, коллекционер и любитель творчества Матейко.
Новую работу живописца встретили с большим интересом. Критики обращали внимание на довольно необычную для художника композицию. Хотя в его творчестве были и более интимные сцены — влюбленные Сигизмунд II Август и Барбара Радзивилл; Ян Кохановский, оплакивающий Урсулу, или Станчик в задумчивости — Матейко был известен прежде всего своими монументальными многофигурными картинами.
«Львовский обзор», сообщавший о краковском праздновании годовщины, писал:
«Коперник» — совершенно отличное от предыдущих творение великого художника. До сих пор он представлял лишь драматические моменты и пользовался эффектом многоцветия, многообразием типов и характеров, действием и движением — здесь же он впервые вводит монолог, если можно так выразиться: изображает одну-единственную фигуру в черном одеянии на фоне ночи, без эффектных красок; однако, это не монолог мудреца: это диалог, это разговор с Богом.
Никто раньше не изображал Коперника таким образом. Характер изображения Матейко точно соотносился с отрывком из произведения Юзефа Шуйского, историка и друга художника. Его труд «Коперник: драматическая поэма, основанная на истории» был опубликован в Кракове в феврале 1873 года.
Cлушай! Светла и звездна ночь была,
На башне Фромборка я преклонил колени
В поисках великой тайны небес.
И к моим рукам, воздетым в восхищении,
Снизошла тайна Господня,
Снизошло великое житие мира!
Как писал Ярослав Кравчик в книге «Матейко и история», Коперник был для Шуйского — и по-видимому для Матейко — «примером ученого-гуманиста, сумевшего примирить разум и веру». Таким образом, на картине мы видим не столько момент озарения, сколько скорее подтверждение научных догадок, символический результат долгих и кропотливых исследований.
После презентации в Кракове в 1873 году картину отправили на выставку в Вену. Она экспонировалась рядом с более крупными, сложными композициями Матейко: «Люблинской унией», «Стефаном Баторием под Псковом» и «Проповедью Скарги». Полотно контрастировало с этими картинами, будучи уникальным и куда более скромным в выражении на фоне предыдущего творчества художника. «Еженедельник Великопольский» сообщал, что «“Коперник” Матейко — это психологическое исследование, а не историческая картина; не портрет, а этюд, отражающий душу» гениального астронома.