Od 1994 roku dyrektorem naczelnym orkiestry był Marek Wakarecy, a od kwietnia 2007 roku jest nim Paweł Dudzik. Orkiestra w 1990 roku przeszła pod zarząd Miasta Toruń, przez który jest utrzymywana i jemu zawdzięcza swój dynamiczny rozwój.
Toruńska Orkiestra Symfoniczna na przestrzeni swojej 30-letniej działalności dała około dwóch tysięcy koncertów we wszystkich znaczących miastach Polski oraz w wielu krajach Europy (m.in w Belgii, Szwajcarii, Czechach, Słowacji, Niemczech, Danii, Wielkiej Brytanii, Włoszech, Francji, Białorusi, Litwie), a także na prestiżowych festiwalach. Orkiestra odbyła miesięczne tournee po Chinach, uczestniczyła też w dwóch koncertach Gali Operowej w Pamplonie. W październiku 2010 roku TOS zagrała koncert w Cirque Royal w Brukseli.
Znaczącym wydarzeniem w historii TOS jest organizowanie od 1997 roku Międzynarodowego Letniego Festiwalu "Toruń – Muzyka i Architektura", którego czternasta edycja odbyła się latem 2010 roku pod nazwą: "Europa - Toruń, Muzyka i Architekrura". Ideą festiwalu jest prezentowanie muzyki klasycznej w zabytkowych, historycznych wnętrzach. Koncerty festiwalowe organizowane są przez dwa miesiące wakacyjne - w lipcu i sierpniu.
Repertuar orkiestry obejmuje kilkaset pozycji - od baroku do współczesności. Z orkiestrą współpracują najlepsi polscy dyrygenci, m. in. Tomasz Bugaj, Mirosław Jacek Błaszczyk, Juozas Domarkas, Krzysztof Missona, Marek Pijarowski, Zygmunt Rychert, Jerzy Swoboda, Karol Stryja i Tadeusz Wojciechowski oraz soliści - instrumentaliści , m. in. Andrzej Bauer, Rafał Blechacz, Vadim Brodski, Kaja Danczowska, Eugen Indjic, Krzysztof Jakowicz, Marina Jaszwili, Kevin Kenner, Konstanty Andrzej Kulka, Waldemar Malicki, Janusz Olejniczak, Piotr Paleczny, Piotr Pławner, Ewa Pobłocka, Bernard Ringeissen, Tatiana Szebanowa, Wanda Wiłkomirska i wokaliści, m.in. Bożena Harasimowicz, Iwona Hossa, Urszula Kryger, Jadwiga Rappe, Katarzyna Suska, Stefania Toczyska, Elżbieta Towarnicka, Andrzej Hiolski, Piotr Kusiewicz, Jerzy Mechliński, Adam Zdunikowski oraz chóry, w tym rówieśnik orkiestry - Chór Kameralny Uniwersytetu Mikołaja Kopernika.
W ramach Orkiestry działają cztery mniejsze zespoły artystyczne: Toruński Kwartet Smyczkowy, Toruński Kwartet Dęty Blaszany, Kwartet Smyczkowy Toruńskiej Orkiestry Symfonicznej oraz Orkiestra Salonowa. Zrzeszając muzyków na co dzień pracujących w Orkiestrze, przyczyniają się do uatrakcyjnienia jej repertuaru koncertowego, jak również znacząco wpływają na życie kulturalne Torunia i regionu kujawsko-pomorskiego.
Dotychczas orkiestra nagrała sześć płyt kompaktowych. W roku 1996 wydano płytę zatytułowaną "Słynne miniatury klasyczne", a w roku 1997 - monograficzny album z muzyką Felixa Mendelssohna-Bartholdy'ego - oba pod kierunkiem Jerzego Salwarowskiego. Również w 1997 roku w Soroe w Danii pod kierunkiem Knuda Vada TOS nagrała płytę z "Wielką Mszą c-moll KV 427" W.A. Mozarta. W roku 1999 w Soroe orkiestra dokonała kolejnego nagrania utworów tego kompozytora - "Requiem d-moll KV 626, Ave Verum Corpus KV 618 i Laudate Dominum KV 339". W roku 2000 pod kierunkiem Joana Lluis Moraledy wspólnie z solistką Agnieszką Olszewską (sopran) i Katedralnym Chórem Chłopięco-Męskim "Pueri Cantores Thorunienses" w toruńskiej katedrze Świętych Janów TOS nagrała "Cantoraty" Edmundo Eckarta. W roku 2001 ponownie w Soroe, wspólnie z Chórem "Soranus" i Akademickim Chórem z Kopenhagi oraz solistami: Ann Petersen (sopran), Adamem Zdunikowskim (tenor) i Ole Stovring Larsen (baryton), Toruńska Orkiestra Kameralna dokonała pod kierunkiem Knuda Vada nagrań utworów Ludwiga van Beethovena: "Uwertury" "Leonora II" op. 72A i oratorium "Chrystus na Górze Oliwnej op. 85".
Ważnym aspektem działalności Toruńskiej Orkiestry Symfonicznej jest edukacja muzyczna dzieci i młodzieży, obejmująca swym zasięgiem nie tylko Toruń, ale również teren województwa kujawsko-pomorskiego. Ponadto Orkiestra współpracuje od lat z Zespołem Szkół Muzycznych im. Karola Szymanowskiego w Toruniu, umożliwiając wyróżniającym się młodym artystom występowanie w roli solistów na specjalnie organizowanych koncertach.W lipcu 2010 roku zespół Toruńskiej Orkiestry Symfonicznej towarzyszył Jose Carrerasowi podczas jego występu na toruńskiej.
Źródło: Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, styczeń 2002; aktualizacja: grudzień 2010.