Holland próbuje wniknąć w psychikę Stefana, syna stalinisty, który od dzieciństwa musiał mierzyć się z nienawiścią społeczeństwa. Jako funkcjonariusz aparatu bezpieczeństwa, bohater jest pogardzany przez przeciwników reżimu, co odbija się również na jego nastoletnim synu, odrzucanym przez kolegów. Poczucie bycia znienawidzonym wzmaga w mężczyźnie frustrację i agresję – w momencie, kiedy nie może wzbudzać sympatii, Stefan pragnie wzbudzać strach. Ludzie zawiadujący organami władzy w Polsce – zdaje się mówić Holland – są świadomi, że nie dzierżą "rządu dusz", co potęguje ich nienawiść do społeczeństwa. Reżyserka pokazuje Polskę pękniętą, podzieloną na dwa obozy, które nie mogą ze sobą się porozumieć. Począwszy od pierwszego ujęcia, rozdzielenie to podkreślane jest często na poziomie wizualnym poprzez ujęcia zza szyby, stanowiącej symboliczną granicę między dwoma światami.
Jak wskazywała sama Holland, "Zabić księdza" to jednak przede wszystkim opowieść o kuszeniu przez dobro. Kluczowy wydaje się w filmie moment, kiedy Stefan widzi siebie na nagraniu wideo z mszy – mężczyzna wygląda, jakby żarliwie modlił się na kazaniu księdza Alka. Oczywiście zachowanie esbeka było podyktowane chęcią wtopienia się w tłum, jednak można odnieść wrażenie, że Stefan dostrzega w tym obrazie samego siebie coś jeszcze. Coś, co głęboko niepokoi go, ponieważ jest zaprzeczeniem drogi, którą mężczyzna obrał w swoim życiu. Postać Alka uosabiać może figurę dobrego sobowtóra, kogoś, kim Stefan pragnąłby może skrycie być, ale boi się lub nie potrafi. Zainteresowanie bohatera księdzem ma głęboko osobisty, niemal obsesyjny charakter. Przedstawiając relację między Stefanem a Alkiem, Holland odwołuje się do motywu biblijnego – nie przypadkiem główny temat muzyczny (napisany i wykonany przez znaną piosenkarkę Joan Baez) nosi tytuł "Zbrodnie Kaina".