1996年的《薩滿教的迷戀》（又名：《黃教僧》，「Szamanka」）講述著一位情感受傷的人類學教授與一位精神錯亂或擁有超自然力量的「義大利人」女人之間極為複雜的愛情故事，以及對一具保存完好的3000年前薩滿屍體的痴迷。這部電影被認為是波蘭有史以來最具爭議，最引起轟動的電影之一。這部電影改編自曼紐拉·格雷特科夫斯卡（Manuela Gretkowska）的劇本，與20世紀90年代效仿美國電影的波蘭電影形成了鮮明對比。舊金山媒體機構SFBG記者，丹尼斯哈維評論道：
「這部1996年的電影在世界任何其他地方幾乎無人問津，在波蘭卻在完成之前就已經被評為『臭名昭著』。茹瓦夫斯基被指控虐待當時僅僅20歲的『新星女演員』，伊沃娜·彼得里（Iwona Petry）。彼得里拒絕置評，但她拍攝該電影之後立即放棄了演藝事業，據說，前往印度尋求精神導師。就連個性更強的伊莎貝爾·阿佳妮也表示，她花了數年時間才脫離了拍攝《著魔》的痛苦。如何評價這位把演員逼上絕路的導演呢？只有一點可以肯定：正如有些奢華大製作中，金錢在銀幕上得到了淋漓盡致的展現一樣，這部電影毫無疑問地且非常充分地展現了全面的的情感。 」
達米安·羅馬尼亞克（Damian Romaniak，Onet，2016年12月29日）曾經寫道：
「如果要列出最被低估的波蘭電影，《薩滿教的迷戀》無疑會名列前茅。近二十年前，茹瓦夫斯基的這部作品曾引起軒然大波。媒體和天主教教會譴責這部電影，影評人給出了最次的評價。關於這部電影最溫和的評價包括：「偽裝成哲學的糞便」或「偽知識分子的垃圾」。然而，對我來說，《薩滿教的迷戀》是一部優秀而大膽的電影，甚至可以說是波蘭最好的情色驚悚片。茹瓦夫斯基創作了一篇關於性、死亡以及形而上學需求的一篇原創論文。 」
在2000年拍攝了由蘇菲·瑪索主演，廣受好評的《情慾寫真》（「Fidelity」）之後，茹瓦夫斯基從影壇消失了15年。在此期間，他出版了11本書，包括小說、專欄和散文。其中最具文學氣息的作品是2005年出版的小說，「Zapach księżyca」（暫譯：《月之氣息》）。這本書講述著一位，才華橫溢的畫家，在慢慢成為盲人的過程中，試圖與時間的流逝達成和解的故事。
時隔15年後，茹瓦夫斯基重返導演界，執導了一部被譽為「形而上學黑色驚悚片」的長片，《黑色宇宙》（「Cosmos」）。本片改編自維托爾德·貢布羅維奇（Witold Gombrowicz）最後一部小說，《宇宙》（「Kosmos」，1965年）。 《宇宙》被認為是貢布羅維奇的傑作，也是他作品中最神秘的，解讀起來極為險難。小說以20世紀30年代的波蘭為背景，情節類似偵探小說，敘述者是一位來自華沙的大學生，他在扎科帕內（Zakopane）度假時調查一系列符號和象徵。這使他越來越接近瘋狂和自我毀滅。這部電影在洛迦諾國際電影節首映，並獲得了最佳導演獎。
塔德烏什·索博列夫斯基（Tadeusz Sobolewski）對茹瓦夫斯基最後電影品論如下：（《選舉報》【Gazeta Wyborcza】，2016年6月30日）：
「《黑色宇宙》不僅是一部黑暗超現實主義的喜劇，更是一部形而上學的電影。人類——包括作者本人——被描繪成令人厭惡的東西。然而，貫穿安傑伊·茹瓦夫斯基幾乎所有著作和電影（尤其是這部電影）的核心問題，卻不止於此，而是引出了更深層次的理解。該問題在於：如何超越人類的凝視？如何透過描述邪惡，到達善良、獲得啟示和頓悟？又如何在宗教之外實現這一點？ （茹瓦夫斯基認為宗教是邪惡的根源之一。）」
《黑色宇宙》上映兩年前，貢布羅維奇私密又令人轟動的《日記》（「Kronos」）出版了。然而，期待再次看到曾經讓茹瓦夫斯基名聲鵲起，充斥著醜聞、瘋狂歇斯底里的類似作品的任何人，或許都會很失望。
在《政治》（「Polityka」）期刊上（2008年，第34期），茲齊斯瓦夫·皮耶特拉西克（Zdzisław Pietrasik）引用了茹瓦夫斯基關於導演職業的話語：
「年輕人通常問我，一個人是如何成為電影導演的，這究竟意味著什麼？我的回答是：電影導演就是一個必須對周圍所有人（除了他自己）撒謊的人。他一旦開始對自己撒謊，騙自己，他就完蛋了。」
茹瓦夫斯基的演員生涯
