1945 год. В небольшом, разрушенном военным лихолетьем монастыре живет несколько сестер. Однажды одна из послушниц выбирается за стены обители, чтобы привести врача из близлежащего госпиталя, работавшего под эгидой французского Красного Креста. Медик нужен беременным монахиням, которых девять месяцев назад изнасиловали советские солдаты. На помощь приходит сотрудница Красного Креста Матильда (Лу де Лааж) — молодая французская коммунистка и врач.
Фонтен показывает встречу монахинь и Матильды как столкновение двух совершенно разных систем. Первые представляют собой мир веры, а молодая врач — мир науки. Монахини давали обет, что никому не позволят касаться своих тел, а для Матильды тело — предмет изучения. Если для врача жизнь человека превыше всего, то для игуменьи (Агата Кулеша) важнее спасение души и монастырский устав.
Есть нечто парадоксальное в том, что в последние годы наиболее талантливые фильмы о религии снимаются в светской Франции. Никто сегодня так смело не говорит о поисках Абсолюта, как философ кинематографа Брюно Дюмон, которого за «Хадевейх» и «Вне сатаны» в Польше заклеймили бы за кощунство. И мало кто смог так тонко коснуться сути веры, как это сделал Ксавье Бовуа в «Людях и богах» — фильме о монахах, убитых во время войны в Алжире (во Франции этот скромный фильм посмотрели более 3 млн зрителей).
В «Невинных» Анн Фонтен идет по пути, проложенному этими двумя режиссерами (а также такими классиками, как Карл Теодор Дрейер и Робер Брессон), и задает важнейшие вопросы: что такое вера, где находится ее источник и ее границы, может ли вера в вечную жизнь быть важнее жизни земной.
Наиболее сильно в фильме акцентируется конфликт телесного с духовным. Режиссер «Невинных» показывает, как война девальвирует значение жизни. В одной из сцен фильма беспризорные дети играют на деревянном гробе, стоящем на больничном дворе. Смерть стала для них обыденностью, они с ней освоились. Значит ли, что из-за этого жизнь имеет меньшую ценность? Или смерть становится не столь окончательной? Это очередные вопросы, которые задает Фонтен. И задает следующие, на которые — к счастью — не дает ответов.