Od Studia Eksperymentalnego do Studia Muzyki Elektronicznej
15 listopada 1957 roku, w dzień swoich 28 urodzin, założył Studio Eksperymentalne Polskiego Radia, którym kierował do 1985. W 1974 założył i prowadził do 2000 Studio Muzyki Elektronicznej Akademii Muzycznej w Krakowie.
Studio Eksperymentalne jest pomyślane jako swoisty instrument, laboratorium dźwięku, w którym aparaty, urządzenia dane do dyspozycji kompozytorowi wraz z obsługującym je reżyserem czy realizatorem, wraz z konstruującym te urządzenia inżynierem, stanowią zespół danych, z których kompozytor może wykształcicć i zrealizować swoją ideę twórczą – opowiada Józef Patkowski – I pod tym względem nie ma chyba podobnego studia na świecie. W kierownictwie i w zespole z założenia nie było kompozytorów, tylko zespół wyspecjalizowany w realizacji technologii dźwięku. (''Ruch Muzyczny'', 1987)
Na początku lat 60. wraz z grupą muzyków - Zygmuntem Krauze, Tomaszem Sikorskim, Zbigniewem Rudzińskim i Johnem Tilbury, zainicjował i zorganizował serię koncertów muzyki awangardowej "Warsztat Muzyczny". W latach 1959-69 realizował wspólnie z Anną Skrzyńską cykl audycji radiowych poświęcony muzyce współczesnej pt. "Horyzonty muzyki".
Wygłaszał w kraju i za granicą wiele wykładów dotyczących muzyki elektroakustycznej i polskiej muzyki współczesnej, m.in. w latach 1969-70 w Center for Advanced Study na University of Illinois w Urbanie, w 1979 w Technische Universität w Berlinie Zachodnim, poza tym na wielu konferencjach oraz kursach muzyki współczesnej i elektroakustycznej, m.in. w Niemczech (Darmstadt, Berlin), Anglii (Dartington), Stanach Zjednoczonych, Francji (Institut de Recherche et Coordination Acoustique/Musique), Szwecji i na Słowacji. Wielokrotnie zasiadał w jury międzynarodowych konkursów kompozytorskich, m.in. w Bourges (w latach 1977-81 i w 1984 - Concours International de Musique et d'Art Sonore Electroacoustiques) oraz Sztokholmie.