Zawieszenie
Józef Patkowski, kierujący SEPR, nie miał najmniejszego zamiaru skorzystać z tych propozycji, Studio było więc zawieszone. Poświęcał się bieżącym sprawom Związku Kompozytorów Polskich, którego był prezesem. Krzysztof Szlifirski z kolei związany był z wydziałem reżyserii dźwięku Akademii Muzycznej, gdzie powróciły wkrótce normalne zajęcia dydaktyczne. Brak pracy stanowił jednak dla reszty pracowników Studia ogromny problem. Pośród nich w najtrudniejszej sytuacji znaleźli się Rudnik i Mazurek, dla których źródło głównego zarobku tkwiło w pracach zleconych przez zewnętrznych kontrahentów, zwłaszcza producentów filmowych i telewizyjnych. Zamówienia czekały na realizację, z czasem też pojawiły się nowe, m.in., z wojskowej wytwórni filmowej ''Czołówka''. Obaj komponujący realizatorzy na własną rękę zaczęli zatem szukać sposób powrotu do Studia. Wreszcie pod koniec lutego udało się Rudnikowi i Mazurkowi wejść do pomieszczeń produkcyjnych Studia. Patkowski nie czynił wyrzutów ani trudności ''łamistrajkom''.
Makowski gromadził swoje ''niezależne'' materiały dźwiękowe w szafce stojącej w kącie pomieszczenia SEPR za gramofonem stacyjnym. W momencie zapieczętowania i zaplombowania pomieszczeń los tych nielegalnie przecież przechowywanych materiałów był niewiadomy. Ich odkrycie przez wojskowych komisarzy mogło zniszczyć karierę nie tylko inżyniera, lecz samego szefa, lub nawet doprowadzić do likwidacji placówki. Jednak szczęśliwie do dekonspiracji nie doszło.
Wznowienie
Makowski w końcu kwietnia 1982 podjął współpracę z Januszem Piechurskim, kierującym pracownią rekonstrukcji nagrań, zajmująca się między innymi ustereofonicznianiem nagrań archiwalnych. Piechurski cieszył się przyjaźnią Andrzeja Rakowskiego, specjalisty z dziedziny akustyki, wykładowcy Akademii Muzycznej. Jego autorytet zdecydował, że Makowski zgodził się, że warto powrócić do pracy z dźwiękiem w nowej jednostce, należącej do Dyrekcji Muzycznej Polskiego Radia. Konieczne było zorganizowanie weryfikacji, która na szczęście była symboliczna, dotyczyła jedynie fachowych, technicznych kwalifikacji i nie zahaczała o politykę. Nie nawiązywano do działalności specjalisty w „Solidarności” ani jego przekonań.
Po wprowadzeniu stanu wojennego, Patkowski, szef ZKP i SEPR w jednej osobie, konsekwentnie odmawiał pełnej współpracy z władzą. ''Warszawska Jesień'' organizowana przez ZKP w 1982 roku nie odbyła się.
Od 1980 roku powstawał plan przeniesienia SEPR do nowej siedziby, do kompleksu radiowo-telewizyjnego przy Woronicza, do powstającego bloku C. Wiosną 1982 powrócono do przygotowania nowych pomieszczeń – trzech reżyserni i pokoju administracyjnego dla SEPR, które docelowo miał mieścić się na czwartym piętrze, ponad Studiem S1 (dziś Studio im. W. Lutosławskiego). Stan wojenny został zawieszony 31 grudnia 1982. Na początku 1983 działalność SEPR uległa „odwieszeniu”, a 22 lipca stan wojenny zniesiono. W roku tym nowym stanowiskiem technologicznym SEPR zostało Studio 5 na parterze bloku C przy Woronicza. Gdy Teatr Polskiego Radia poprzednio działający w ośrodku na Myśliwieckiej przeniósł się wkrótce na Woronicza, SEPR zostało umieszczone na czwartym piętrze. Potem Studio znów zmieniało swe lokalizacje, lecz już do swego końca na terenie zespołu przy Woronicza. Trzy pomieszczenia, reżysernie efektów REF-1, REF -2, REF-3 działały przez kolejne dwie dekady.