W PRL
Pisarz nigdy nie zapisał się do PZPR. Publikując w latach stalinizmu, nie zgłosił akcesu do socrealizmu, a nawet próbował polemizować z narzucanymi przez niego wzorcami.
Próba ta dziś pozostaje nieczytelna, zaś powieść "W dziwnym mieście" z 1954 roku odbierana jest dziś, wobec zatarcia się niuansów ideologicznych, jako jeden z "produkcyjniaków". Miejsce akcji stanowi fabryka traktorów, dużo się mówi o pochodzeniu społecznym bohaterów, styl wypowiedzi jest usztywniony i niezbyt przypomina żywy, pełen prostoty sposób wypowiedzi właściwy prozie Hena. Dziś autor ocenia pomysł tej powieści jako pomyłkę – "wydanie bitwy na polu przeciwnika".
W latach 50. i 60. (po odwilży, a przed rokiem '68) Hen zajął się także pisaniem scenariuszy na podstawie swojej prozy; powstały w tym czasie m.in. filmy "Krzyż walecznych" i "Nikt nie woła" w reżyserii Kazimierza Kutza, "Dwa żebra Adama" w reżyserii Janusza Morgensterna, a także "Kwiecień", "Prawo i pięść" oraz "Bitwa o Kozi Dwór". Próbował też swoich sił w roli reżysera, realizując m.in. serię telewizyjną "Perły i dukaty".
Już jego powieść z 1964 roku "Toast" (później ekranizowana i wydawana pod tytułem "Prawo i pięść") była ostro krytykowana w kręgach partyjnych za brak jednoznacznego uzgodnienia treści ideologicznych i etycznych oraz "zachodni" (przypominający westerny czy filmy kryminalne) styl prezentacji problemów społeczno-obyczajowych w powojennej Polsce. Nadal jednak zajmował znaczące funkcje, w roku 1964 otrzymał odznaczenie Krzyża Kawalerskiego Orderu Odrodzenia Polski, w latach 1966-1968 był wiceprezesem oddziału warszawskiego Związku Literatów Polskich. Przed wydarzeniami marcowymi 1968 roku i wybuchem nagonki antysemickiej Hen opublikował jeszcze "Opór" (druga powieść z cyklu "Teatr Heroda", opowiadająca o doświadczeniach cywilów w czasie oblężenia Warszawy w 1939 roku), później przez kilka lat traktowany był jako persona non grata, jednak naciski ze strony władz nie zmusiły go do emigracji. Kilka swoich opowiadań opublikował w latach 1969-1972 w paryskiej "Kulturze" pod pseudonimem Korab ("Western", "Oko Dajana", "Bliźniak"; następnie przedrukowane w 1990 roku w zbiorze "Western"). W roku 1976 był jednym z sygnatariuszy tzw. "Listu 101", stanowiącego poparcie ludzi świata kultury dla "Listu 59", wyrażającego protest przeciwko projektowanym zmianom w Konstytucji PRL (m.in. wprowadzeniu zapisu o wieczystym sojuszu z ZSRR, kierowniczej roli PZPR oraz uzależnieniu respektowania praw obywateli PRL od wywiązywania się przez nich z obowiązków wobec państwa).
Ponownie został wiceprezesem warszawskiego Związku Literatów Polskich w latach 1978-1980, a następnie jego prezesem (funkcję tę sprawował do rozwiązania związku w roku 1983). Od 1989 jest członkiem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich. Został odznaczony Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski w roku 1998.
W latach 70. i 80. powrócił jako autor prozy historycznej, szczególnie ukazującej wielokulturowość Rzeczpospolitej Obojga Narodów, łączącej wątki kryminalne, awanturnicze i romansowe. Do tego rodzaju zaliczają się powieści: "Przypadki starościca Wolskiego" (1976), której wątki fabularne stanowiły kanwę scenariuszy do filmu "Ostrze na ostrze" (1983) i serialu "Rycerze i rabusie" (1984), a także "Crimen. Opowieść jarmarczna" (1975; później publikowana z podtytułem "Opowieść sensacyjna z XVII wieku"), na podstawie której powstał w 1988 roku serial historyczno-przygodowy "Crimen" w reżyserii Laco Adamika, z Bogusławem Lindą w roli głównej.
Hen był też autorem scenariuszy do ekranizacji własnych powieści, jak również polskiej prozy obyczajowej (przede wszystkim "Granicy" Zofii Nałkowskiej oraz "Chama" Elizy Orzeszkowej). Ciekawym jego dokonaniem są również scenariusze do seriali telewizyjnych w reżyserii Grzegorza Warchoła: "Życie Kamila Kuranta" (1983), adaptacja trzech powieści autobiograficznych Zbigniewa Uniłowskiego ("Wspólny pokój", "Dzień rekruta" i "Dwadzieścia lat życia") oraz serial "Królewskie sny" (1988) opowiadający o czasach i politycznych działaniach Władysława Jagiełły w stylu niemal szekspirowskim. W roli króla Jagiełły wystąpił Gustaw Holoubek, który tak oto mówił o swojej postaci:
Scenariusz Józefa Hena o ostatnich latach panowania Jagiełły i ostatnim jego małżeństwie wydał mi się bardzo nęcący, rzecz bowiem została potraktowana nie tylko historycznie – choć faktom i realiom nie można nic zarzucić – lecz bardziej po ludzku. Jagiełło przedstawiony jest jako człowiek obdarzony ogromnym talentem politycznym, ujmujący, bogaty charakterologicznie, o wielkiej inteligencji, poczuciu humoru, chytrości, a przede wszystkim jako człowiek z wyobraźnią, która pozwoliłaby zbudować dynastię.
Hen był również współautorem scenariusza do filmu Jerzego Hoffmana "Stara baśń. Kiedy słońce było bogiem" (2003; zobacz również: "Stara baśń" na wesoło - wystawa...), będącego nowoczesną ekranizacją powieści Kraszewskiego. Ponadto Hen osobiście wystąpił w filmie wspomnieniowym z 1993 roku "Człowiek z szuflady. Aleksander Ścibor-Rylski (1928-1983)" w reżyserii Andrzeja Kotkowskiego i Jerzego Sztwiertni oraz w filmie swojego syna, Macieja Hena, "Fotografie mojego taty".
Michał z Montaigne i inne biografie
Wydany w 1978 roku esej biograficzny "Ja, Michał z Montaigne" wyznacza nowy nurt twórczości Hena: beletryzowanych biografii, ukazujących poprzez życie centralnej postaci historyczno-obyczajowe tło epoki. Pisarz po latach powrócił do tej odmiany literatury, tworząc jeszcze dwa portrety: Tadeusza Boya-Żeleńskiego w powieści biograficznej "Błazen – wielki mąż" (1998) i Stanisława Augusta Poniatowskiego w tomie "Mój przyjaciel król" (2003; zobacz również: Spotkanie z Józefem Henem – 8.05.2003). Pierwsza z książek, kilkakrotnie wznawiana, stanowi jeszcze jeden, wsparty również osobistymi wspomnieniami, powrót do epoki swego dzieciństwa i próbę przypomnienia atmosfery intelektualnej i obyczajowej międzywojnia. Druga jest przykładem bardzo charakterystycznego dla autora osobistego przeżywania historii (przez fikcyjną postać przyjaciela króla, Gastona Fabre'a), czy też ożywiania jej wysiłkiem wyobraźni i emocji. Książka została nagrodzona przez księgarzy warszawskich (Książka Roku 2003 Warszawskiej Premiery Literackiej) i nominowana do Nagrody Nike 2004.
Do opowieści autobiograficznych, rozmaicie opracowywanych od czasów debiutu – od powieści i opowiadań opartych na wątkach własnych przeżyć (np. "Nikt nie woła"), poprzez tomy uporządkowanych tematycznie wspomnień (np. "Nowolipie") – Józef Hen dodał w późniejszych latach eseje-dzienniki mające dość swobodną formę złożoną z notatek z lektur, rozmyślań, przytoczeń dawniejszych zapisków i refleksji nad współczesnością. Do tego rodzaju brulionów współczesnego intelektualisty, uważnego świadka swoich czasów należą tomy: "Nie boję się bezsennych nocy" (części 1-2: 1987-1992, część 3: 2001) oraz "Dziennik na nowy wiek" (2009). W 2009 roku pisarz otrzymał Nagrodę Literacką m. st. Warszawy w kategorii "Warszawski twórca" za całokształt twórczości. Kontynuacją autobiograficznej pracy Hena jest wydany w 2014 roku "Dziennika ciąg dalszy" z jego obserwacjami politycznymi, kulturalnymi i towarzyskimi zanotowanymi w okresie 2008-2014. Autor otrzymał za tom Nagrodę "Odry" w 2015 roku. Następne dwa lata pisarz komentował w wydanym w 2016 roku zbiorze "Powrót do bezsennych nocy. Dzienniki", którego ostatni fragment dopisał na kilka tygodni przed wydaniem książki. Przemyślenia dotyczące okresu 2016-2018 Hen opublikował pod tytułem "Ja, deprawator".