Jest rok 1945. W niewielkim klasztorze zniszczonym przez wojenną zawieruchę mieszka grupa kilkunastu sióstr. Pewnego dnia jedna z nowicjuszek wykrada się za klasztorne mury, by z pobliskiego szpitala prowadzonego przez francuski Czerwony Krzyż sprowadzić pomoc. Potrzebują jej ciężarne zakonnice, które dziewięć miesięcy wcześniej padły ofiarą gwałtów ze strony radzieckich żołnierzy. Tą, która wyciąga do nich rękę, jest młoda lekarka (Lou de Laâge), francuska komunistka pracująca dla Czerwonego Krzyża.
Fontaine rysuje ich spotkanie jako zderzenie dwóch odległych porządków. Siostry zakonne reprezentują świat wiary, młoda Mathilde natomiast – świat nauki. One ślubowały, że nigdy nie pozwolą nikomu dotykać swojego ciała, ona traktuje ciało jako przedmiot badań. Podczas gdy dla młodej lekarki ludzkie życie jest najwyższą wartością, dla zakonnej przełożonej (Agata Kulesza), ważniejsze jest zbawienie duszy i klasztorne zasady.
Jest coś paradoksalnego w tym, że najwybitniejsze filmy o religii tworzą w ostatnich latach artyści z laickiej Francji. Nikt dziś nie mówi o poszukiwaniach absolutu tak odważnie jak Bruno Dumont, filozof kina, który za "Hadewijch" czy "Poza szatanem" w Polsce zostałby nazwany bluźniercą. Niewielu potrafi też tak subtelnie dotknąć istoty wiary jak zrobił to Xavier Beavois w "Ludziach Boga" o mnichach zamordowanych podczas wojny w Algierii (we Francji ten skromny film miał ponad 3 miliony widzów) .
W "Niewinnych" Anne Fontaine podąża śladem tych dwóch reżyserów (a także klasyków - Carla T. Dreyera i Roberta Bressona): stawia pytania o to, czym jest wiara, gdzie są jej źródła i jej granice i czy wizja życia wiecznego może być ważniejsza niż życie doczesne.
Najmocniej wybrzmiewa tu konflikt tego, co cielesne z tym, co duchowe. Reżyserka "Niewinnych" pokazuje, jak wojna odziera życie z części jego znaczenia. W jednej ze scen bezdomne sieroty bawią się na drewnianej trumnie stojącej na szpitalnym dziedzińcu. Śmierć już im spowszedniała, została oswojona. Czy w związku z tym życie ma mniejszą wartość? Czy śmierć jest przez to mniej ostateczna? To kolejne z pytań postawionych przez Fontaine. I kolejne, na które – szczęśliwie- nie udziela ona odpowiedzi.