Absolwent Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina (obecnie Uniwersytet Muzyczny im. Fryderyka Chopina) w Warszawie. W 2009 roku w Korei Południowej zdobył brązowy medal na międzynarodowych Igrzyskach Delfickich w kategorii "perkusja solo". Równolegle z klasyczną edukacją i współpracą z orkiestrami symfonicznymi (Opera Narodowa, Sinfonia Varsovia) udzielał się w zespołach jazzowych, zgłębiał tajniki improwizacji i muzyki eksperymentalnej. Obecnie jest jednym z najbardziej aktywnych perkusistów polskiej sceny improwizowanej, eksperymentalnej i free jazzu. Występuje na jednej scenie z przedstawicielami różnych nurtów muzycznych, takich jak jazz ,world music, rock i blues czy muzyka improwizowana i elektroniczna.
Jest również cenionym interpretatorem muzyki współczesnej. W jego repertuarze znajdują się utwory kompozytorów XX i XXI wieku: "AIR" Helmuta Lechenmanna (wykonane na koncercie inauguracyjnym festiwalu Warszawska Jesień 2015 z towarzyszeniem Narodowej Orkiestry Polskiego Radia w Katowicach pod dyrekcją Alexandra Liebreicha), Steve'a Reicha (brał udział – wraz z grupa Kwadrofinik – w pierwszym polskim wykonaniu "Music for 18 Musicians" oraz "Daniel Variations"), Terry'ego Rileya (dyrektor artystyczny wykonania utworu "In C" z okazji 81. urodzin programu drugiego Polskiego Radia), Pera Nørgårda, Tadeusza Wieleckiego, Zygmunta Krauzego, Tomasza Sikorskiego, Corneliusa Cardew, Zdzisława Piernika, Arturasa Bumšteinasa.
Jako perkusista jazzowy współpracował między innymi ze Zbigniewem Namysłowskim i Wojciechem Staroniewiczem. Na tym polu Hubert Zemler jest artystą dość utytułowanym – wraz z triem Jana Smoczyńskiego otrzymał w roku 2000 Grand Prix oraz nagrodę indywidualną na festiwalu Jazz Junior oraz Grand Prix na festiwalu "Jazz nad Odrą" wraz z zespołem Galaxy (1999 rok).
Współpracował między innymi z Felixem Kubinem , Piotrem Kurkiem, Jonem Gibsonem, Johnem Tilbury, Toddem Bartonem, Benem Frostem, Evanem Ziporynem, Gyanem Riley'em, Agusti Fernardezem, Szabolscem Esztényim, grupą Kwadrofonik, Kamilem Szuszkiewiczem (Zebry a Mit, Istina), Raphaelem Rogińskim, Wacławem Zimplem (trio LAM), włoskim studiem muzyki eksperymentalnej "Tempo Reale", Zespołem muzyki współczesnej "Hashtag Ensemble" oraz grupą "Mitch&Mitch".
Hubert Zemler jako wszechstronny perkusista wypracował oryginalne brzmienie poparte niespotykaną wrażliwością, pomysłowością i niebywałą techniką gry. Jeden z koncertów solowych Zemlera został uwieczniony i wydany przez oficynę wydawniczą LADO ABC na płycie "Moped". Jesienią 2014 roku LADO ABC wydało drugi solowy album Zemlera, "Gostak & Doshes". Tym razem na płycie znalazły się utwory skomponowane, a nie będące pełną improwizacją, jak w przypadku koncertowej płyty "Moped". Nagrania zarejestrowano w podziemiach kościoła pokamedulskiego na warszawskich Bielanach, a w części utworów Zemlera wsparł znany z takich projektów, jak Kwadrofonik, Mitch & Mitch czy Hob Beats Percussion Group perkusista Miłosz Pękała. Dwa lata później ukazał się trzeci solowy album Huberta Zemlera zatytułowany "Pupation of Dissonance". Płyta stanowi hołd artysty dla historii muzyki perkusyjnej oraz jej stopniowego rozwoju na przestrzeni XX wieku.
Jest autorem muzyki do filmów: "Moloch" Szymona Kapeniaka, "Dzień Czekolady" Jacka Piotra Bławuta (praca wspólna z Karoliną Rec - Jarmulską), "Eastern" Piotra Adamskiego oraz do animacji z serii "Muzeum Utracone": "Arrasy" 2017 i "Królewski Sen" 2018 (nominacja do nagrody Klubu Twórców Reklamy KTR z kategorii Craft Audio/Video - Use of Original Music).