При всей широте научных интересов (или благодаря ей) Бодуэн де Куртенэ отнюдь не кабинетный ученый, далекий от проблем современности. Он не чуждается общественно-политической деятельности, публично выступает против войны, насилия, ксенофобии и дискриминации, пишет статьи (он автор около двухсот публицистических текстов), подписывает воззвания. Активную общественную позицию он считает священной обязанностью ученого и интеллигента.
Профессор Санкт-Петербургского университета, он неоднократно публично выступает против преследования «инородцев» в царской России, отстаивает права (в том числе языковые) национальных меньшинств – поляков, евреев. Заявляет, что в Царстве Польском (центральная часть современной Польши, до 1918 года входившая в состав Российской империи) польский язык по своему статусу должен быть уравнен с русским, неоднократно говорит и пишет о необходимости культурной самостоятельности Польши. В 1913 году за непримиримую критику великорусского шовинизма ученый заплатит несколькими месяцами ареста.
После того, как в 1918 году Польша обретает независимость, Бодуэн де Куртенэ переезжает в Варшаву. Здесь он получает звание почетного профессора Варшавского университета, где и преподает до самой своей смерти в 1929 году. В независимой Польше активная общественная позиция Бодуэна де Куртенэ, его неприятие ксенофобии вызывает симпатию интеллигенции и национальных меньшинств и в то же время ненависть националистических кругов. Официальная Церковь ученого также не переносила, поскольку Бодуэн де Куртенэ был атеистом и открыто говорил об этом. В 1922 году в Кракове, в переполненном театре Словацкого, группа польских «ура-патриотов» пытается сорвать публичную лекцию Бодуэна де Куртенэ и забросать его тухлыми яйцами – а все из-за того, что ученый посмел сказать, что можно быть поляком и немцем одновременно. В том же году национальные меньшинства Польши без ведома Бодуэна де Куртенэ выдвигают его кандидатуру на пост президента страны. Шансов на победу немного, так что это, скорее, демонстративный жест и дань уважения великому ученому. В Сейме Бодуэн де Куртенэ проигрывает Габриэлю Нарутовичу, погибшему спустя несколько дней от пули ультраправого националиста.
Классический либерал-интернационалист, Бодуэн де Куртенэ не боится нести ответственность за свои взгляды. Он – польский патриот без тени ксенофобии и мегаломании, и всегда мыслит независимо, оставаясь самим собой и в России, и в Польше. О нем также вспоминают как об альтруисте и бессеребреннике, исключительно скромном человеке, который больше думал о других, чем о себе. Незадолго до смерти Бодуэн де Куртенэ скажет Юзефу Чапскому, навестившему ученого в его бедной и тесной квартире в варшавском районе Прага: «Иногда, честное слово, хочется застрелиться, но я не сделал этого потому, что всякий раз думаю – а вдруг я еще смогу хоть как-то помочь этому несчастному человечеству».