Debiutowała adaptacją dwóch tekstów rumuńskiej pisarki Aglaji Veteranyi - spektakl "Pensjonat Madryt", zrealizowany na zamówienie Wydawnictwa Czarne, zaprezentowano premierowo w grudniu 2005 roku w nieistniejącym dziś warszawskim klubie M25. Korczakowska mówiła o swoim debiucie:
Punktem wyjścia w tej pracy było podejrzenie, że każde spotkanie to potencjalna egzekucja.
Artystka zdobywała kolejne ważne warszawskie sceny, reżyserując teksty Michała Bajera: w Dramatycznym "Verklӓrte nacht" (premiera: styczeń 2006), a w maju tego samego roku, w ówczesnych Rozmaitościach "Strefę działań wojennych". Pisała także teksty piosenek dla Teatru Dramatycznego oraz zespołu Muzykoterapia i Piotra Waglewskiego (Emade). Absolutnym przebojem okazała się wyreżyserowana i opracowana dramaturgicznie przez Korczakowską "Smycz" - autorskie muzyczne show Bartosza Porczyka wyprodukowane przez Teatr Polski we Wrocławiu (premiera: listopad 2006). "Smycz" otrzymała wiele nagród: zajęła m.in. pierwsze miejsce w kategorii Teatralny i Literacki Hit Dekady na Dolnym Śląsku w plebiscycie Hity Dekady (2011), zaś w 2007 roku podczas festiwalu Fringe w Dublinie Bartosz Porczyk został uhonorowany nagrodą za najlepszą rolę męską.
Dr Monika Kwaśniewska, pisząca wówczas dla Nowej Siły Krytycznej, doceniła dramaturgię i tempo przedstawienia:
Występ Porczyka jest atrakcyjnym show: zróżnicowanym, świetnie zrytmizowanym, nieustannie wywołującym śmiech publiczności. Aktor daje popis swoich niesamowitych zdolności: bez trudu przechodzi z roli do roli - zmieniając postawę ciała, sposób poruszania się, mówienia; przewrotnie interpretuje znane dobrze teksty - umieszczając je w nieoczywistych kontekstach - gra z przyzwyczajeniami widza; śpiewa brawurowo - idealnie zgrywając się z zespołem muzycznym. Jednak pod zewnętrzną atrakcyjnością i komizmem kryje się ogromny smutek i melancholia.
W 2007 roku Korczakowska odbyła asystenturę w TR Warszawa przy "Ragazzo dell Europa", pierwszym wyreżyserowanym w Polsce spektaklu wybitnego przedstawiciela niemieckiego teatru postdramatycznego René Pollescha. Kilka lat później reżyserka wskaże go jako jeden ze swoich artystycznych wzorów. W 2009 roku Korczakowska zrealizowała w TR własne przedstawienie, adaptację "Solaris" Stanisława Lema. Jej "Solaris. Raport" zostało wyróżnione przez jury XIII Ogólnopolskiego Festiwalu Sztuki Reżyserskiej Interpretacje w Katowicach, gdzie Korczakowska otrzymała nagrodę za reżyserię. O przedstawieniu pisała na portalu dwutygodnik.com Ewelina Godlewska-Byliniak:
W »Solaris« pytania dotyczące zarówno sfery filozoficzno-poznawczej, jak i egzystencjalno-emocjonalnej, w genialny sposób splatają się w opowieść science fiction osnutą wokół zagadnienia kontaktu: z Innym, Obcym, Nieznanym. Nieodgadnionym Innym jest tu plazmatyczny ocean pokrywający większą część planety, na temat natury którego powstała niezliczona ilość badań składających się na dziedzinę zwaną solarystyką. (...) Zagadnienie tożsamości, problem podmiotu, jest może przede wszystkim problemem języka. O tym między innymi mówi Lem. I o tym stara się powiedzieć Korczakowska. W pewnym momencie jeden z aktorów, w sloganowych hasłach wykrzykiwanych wprost do publiczności, obnaża fałsz i nieadekwatność dyskursów, którymi posługujemy się w życiu publicznym i prywatnym, miłość zamieniając w pornografię, rozkosz w produkt, religię w naukę, naukę w wiarę...
W 2011 roku miejsce miał debiut operowy reżyserki - w Teatrze Wielkim-Operze Narodowej realizuje utwór Wolfganga Rihma "Jakob Lentz". Libretto autorstwa Michaela Fröhlinga zostało stworzone na podstawie opowiadania "Lenz" Georga Buchnera. Jeszcze w tym samym roku Korczakowska wyreżyserowała swoją kolejną operę: w grudniu premierę ma "Halka" Stanisława Moniuszki.
Natalia Korczakowska postanowiła zmierzyć się z »mitologicznym« balastem Halki na nowo. Trochę prowokując obrazami radykalnie uwspółcześniającymi przekaz, częściej zadziwiała nowym i mądrym odczytaniem — choćby na poły oniryczną wizją rozpadającego się drewnianego kościółka, w którym odbywają się zaślubiny Janusza i Zofii, przejęciem z obrazów Jacka Malczewskiego swojskiej i uniwersalnej zarazem figury Fauna czy sceną samobójstwa z końcowym efektem bliskim kategorii Unheimlich, o której marzył sam kompozytor.
Kolejnym spotkaniem Korczakowskiej z operą była koprodukcja Narodowego Forum Muzyki, Stowarzyszenia Nowe Horyzonty i Teatru Polskiego we Wrocławiu: wówczas artystka podjęła się reżyserii adaptacji "Zagubionej autostrady". Autorką libretta na podstawie kultowego filmu Davida Lyncha była noblistka Elfriede Jelinek, za muzykę odpowiadała wybitna austriacka kompozytorka Olga Neuwirth. Spektakl stanowił część programu Międzynarodowego Festiwalu Filmowego Nowe Horyzonty w 2016 roku. Korczakowska podjęła się we Wrocławiu wykraczającego poza tradycyjne ramy teatru operowego multimedialnego eksperymentu. Używając wielkoformatowych projekcji video i elektronicznych filtrów przetwarzających partie wokalne i instrumentalne, zaprosiła w "psychodeliczną podróż w głąb ludzkiej psychiki".
W kwietniu 2016 roku Korczakowska została dyrektorką artystyczną Teatru Studio, którego nazwę - w ramach nawiązania do awangardowej tradycji miejsca w duchu Józefa Szajny i Jerzego Grzegorzewskiego - zmieniła na STUDIO teatrgalerię. Pod dyrekcją Korczakowskiej teatr zaczął funkcjonować jak interdyscyplinarny tygiel, żywo nawiązujący do idei zarówno pierwszego, jak i drugiego okresu XX-wiecznej awangardy. Korczakowska, zainspirowana twórczością i koncepcjami Oskara Hansena, podkreśliła na nowo wartość przestrzeni i plastyki teatralnej, proponując ją jako punkt wyjścia przy pracy nad spektaklem. Działalność STUDIO została poszerzona o wydarzenia edukacyjne, taneczne, a przede wszystkim te związane ze współczesnymi sztukami wizualnymi. Stworzenie takiego miejsca w stolicy było dla artystki wyzwaniem, ale i - z racji dziedzictwa kulturowego - obowiązkiem. Jak sama mówi w rozmowie dla Culture.pl:
Chciałam pójść dalej w rozwijaniu myśli awangardowej, która była dla tego miejsca najbardziej charakterystyczna i która towarzyszyła najpiękniejszym czasom tej sceny. (...) Nietrudno jest nazwać swój teatr w taki, czy inny sposób, ale inną kwestią jest realizowanie idących za tą nazwą postulatów. W STUDIO próbuję robić to w sposób programowy. (...) Skoro dostałam w spadku taką tradycję, to lepiej ją kontynuować niż wygaszać.
Pierwszą "dyrektorską" premierą Korczakowskiej była adaptacja jednej z najgłośniejszych niemieckich powieści XX wieku: "Berlin Alexanderplatz" Alfreda Döblina. Spektakl Korczakowskiej to pierwsza polska realizacja tego tekstu. Przy okazji tej pracy reżyserka ucieleśniła niektóre z awangardowych idei teatralnych, na które się powołuje: jak choćby bliskość sceny i widowni (w "Berlin Alexanderplatz" akcja dzieje się w środku przestrzeni, a publiczność ją okala) czy zespolenie teatralnych dziedzin (muzyki, plastyki, słowa) w duchu Gesamtkunstwerk.
Korczakowska stale współpracuje ze scenografką Anną Met, która odpowiedzialna była za plastykę przy jej produkcjach operowych: zarówno w Teatrze Wielkim-Operze Narodowej, jak i przy "Zagubionej autostradzie". Met stworzyła też scenografie do spektakli dramatycznych Korczakowskiej, m.in. do "Solaris. Raport" w TR Warszawa, a także "Berlin Alexanderplatz" w STUDIO teatrgalerii. Adam Suprynowicz docenił współpracę artystek przy okazji realizacji opery "Jakub Lenz":
Świat wykreowany przez reżyserkę Natalię Korczakowską i scenografkę Annę Met, tworzy odbicie muzyki – w rytmach i estetykach przenikających się na scenie. Wzorzyste tapety i sucha trawa sąsiadują tu z niepokojącymi, lśniącymi, czarnymi bryłami.
W styczniu 2018 Korczakowska ponownie sięgnęła do klasyki literatury i wyreżyserowała "niebezpiecznie aktualny" spektakl na podstawie "Biesów" Dostojewskiego. W wielkim rosyjskim pisarzu dostrzegła artystę i eksperymentatora, który swoje powieściowe postaci tworzył w ramach psychologicznych projektów badawczych. Nie było to pierwsze spotkanie Korczakowskiej z Dostojewskim, gdyż w 2008 roku w Teatrze Nowym w Łodzi wyreżyserowała na podstawie "Biesów" monodram z Piotrem Głowackim jako Stawroginem.
Źródła: materiały prasowe, e-teatr.pl.