Zadebiutowała w czasie studiów, w 1997 roku, głośnym dokumentem "Dziewczyny z Szymanowa", w którym opowiada o żeńskim liceum, prowadzonym przez siostry Niepokalanki. Film nagrodzony został Brązowym Lajkonikiem na XXXI Ogólnopolskim Festiwalu Filmów Dokumentalnych i Krótkometrażowych w Krakowie. O rok późniejszy "Franciszkański spontan" również podejmował tematykę religijną: młodzi zakonnicy z Prowincji Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny Zakonu Braci Mniejszych w Katowicach opowiadają w nim o swoim powołaniu podczas budowy tradycyjnej szopki panewnickiej. W jej kolejnym filmie - "Przybysze" (1999) - opowiadającym o działającej w Wolimierzu grupie twórczej "Klinika lalek", pojawiła się muzyka Michała Lorenca.
"Przybysze" Magdaleny Piekorz to jeden z ciekawszych dokumentów o teatrze, jakie udało mi się ostatnio obejrzeć. Może dlatego, że wcale nie mówi o teatrze. Tylko o konflikcie życia ze sztuką" - zachwycał się Łukasz Drewniak ("Tygodnik Powszechny", 23 kwietnia 2000).
Piekorz zajęła się niekonwencjonalnymi formami twórczości teatralnej także w "Labiryncie" (2001), który opowiadał o niepełnosprawnych uczestnikach warsztatów terapii zajęciowej "Teatroterapia", prowadzonych przy Teatrze Juliusza Osterwy w Lublinie, podczas pracy nad spektaklem "Labirynt", który został wyróżniony Grand Prix podczas Ogólnopolskich Warsztatów Artystyczno-Teatralnych w Bydgoszczy. W "Znaleźć, zobaczyć, pochować" (2001) opowiadała o masakrze w Srebrenicy, zaś w "Opuszczonym mieście" (2001) - o włoskiej mniejszości w Chorwacji i dawnej Jugosławii przez pryzmat zrujnowanego, opuszczonego miasteczka Završje.
25-odcinkowy serial dokumentalny "Chicago" (2002) opowiada o tym, jak wygląda amerykański sen ogromnej polskiej społeczności w stolicy stanu Illinois. Ekipa przez cztery miesiące towarzyszyła bohaterom z różnych środowisk i grup społecznych: widzowie poznali zarówno najbogatszego Polaka, jak i żebraków włóczących się po ulicach miasta.
Magda Piekorz nie zrobiła filmu o przemocy w rodzinie, ani o tym jak trudne dzieciństwo determinuje dorosłe życie. Tematem „Pręg" są związki między ludźmi, którzy, choć mają najlepsze intencje, nie umieją kochać. W toksycznej relacji między ojcem i synem i skomplikowanym romansie jaki przeżywa dorosły już bohater przewija się obraz ludzi wrażliwych, zagubionych, samotnych, poszukujących prawdziwego uczucia" - pisała w Filmwebie Dominika Wernikowska.
Za swój film Piekorz otrzymała Złote Lwy oraz Nagrodę Publiczności na festiwalu w Gdyni, a jej film był polskim kandydatem do Oscara w kategorii "najlepszy film obcojęzyczny".
W 2007 roku zrealizowała Piekorz dla TVP Katowice dokument "Przerwany lot", opowiadający o największej w powojennej Polsce katastrofie budowlanej, jaka miała miejsce podczas Ogólnopolskiej Wystawy Gołębi Pocztowych w Katowicach.
W 2008 roku Piekorz raz jeszcze sięgnęła po scenariusz Wojciecha Kuczoka i wraz ze stałymi współpracownikami (w tym operatorem - Marcinem Koszałką) zrealizowała swój kolejny obraz. "Senność" to opowieść o ludziach, którym życie przecieka przez palce. Jest tu młody pisarz, który nie potrafi wycofać się z raz obranej życiowej drogi, aktorka cierpiąca na narkolepsję i początkujący lekarz, który nie potrafi wyrwać się spod skrzydeł rodziców.
W 2013 roku Magdalena Piekorz zrealizowała film "Widok Krakowa" będący częścią większego cyklu promującego wybrane miasta Europy w ramach międzynarodowego projektu "City(W)rites”.
