W swej twórczości Dorota Nieznalska jako jedna z niewielu artystów podejmuje trudne problemy dotyczące kultury o silnej tradycji katolickiej i związanych z nią polskich mitologii, a także współczesnej tożsamości, stereotypowych ról, wzorców męskości. Już w jej pierwszych instalacjach, jeszcze z czasów studiów, pojawiały się obiekty-fetysze implikujące skojarzenia z opresją związaną z niektórymi sferami aktywności człowieka (np. "Wejście w posiadanie Tajemnicy", 1998; "Absolucja", 1999). Z tego okresu pochodzi też cykl fotografii przedstawiających sukę i jej właściciela. Zdjęcia obrazują łączącą ich relację przemocy i uległości, np. na jednej z fotografii widnieje nagi mężczyzna i suka kuląca się na widok pasa (1999).
Nagłośniejsza praca Nieznalskiej to instalacja "Pasja" (2001). Składały się na nią: krzyż grecki ze zdjęciem męskich genitaliów oraz wideo – pozbawione dźwięku, spowolnione ujęcie twarzy mężczyzny trenującego w siłowni, pokazane w momencie maksymalnego wysiłku. Artystka wykorzystała tu podwójne znaczenie terminu "Pasja" – jako cierpienia (Męki Pańskiej) oraz zapału/entuzjazmu. Jej praca podejmowała problem opresyjnego charakteru obowiązujących paradygmatów męskości. Zdaniem Izabeli Kowalczyk, w tej pracy Nieznalska pyta "o kształtowanie się męskości w podwójnym kontekście – kultury konsumpcyjnej i polskiej katolickiej tradycji".
Wystawa "Pasji" w gdańskiej Galerii Wyspa wywołała głośne protesty środowisk prawicowych i ultrakatolickich. Doprowadziły one w 2003 roku do precedensowego na polskim gruncie wyroku, w którym artystkę skazano za obrazę uczuć religijnych na sześć miesięcy ograniczenia wolności i wykonywanie robót publicznych. Sąd apelacyjny uchylił wyrok i w 2005 roku rozprawa rozpoczęła się na nowo. Ostatecznie Dorota Nieznalska została uniewinniona od zarzutu złamania artykułu 196 kodeksu karnego. Wyrok sądu ogłoszono 4 czerwca 2009 roku. Sąd zwolnił z depozytu "Pasję", a koszty ciągnącego się latami procesu poniósł skarb państwa.
"Pozostanie po niej [tj. sprawie sądowej] wstyd obciążający całą wolną Polskę. To w końcu wolna Polska pozwoliła na to, by przez tyle lat toczył się proces, w którym nie chodziło wcale o wartości, ale o polityczną kalkulację" - komentowała prof. Maria Poprzęcka.
Dziennikarka "Gazety Wyborczej" Dorota Jarecka pisała, że proces Nieznalskiej
przede wszystkim przeorał świadomość polskiej inteligencji. Sprowokował przemianę jej postaw wobec najnowszej sztuki i pojęcia wolności artystycznej [...] Obserwatorzy tego procesu zaczęli oddzielać dwie sprawy: sztukę, która może się komuś nie podobać, od skutków przejęcia urzędowej kontroli nad sztuką. Krytykę od cenzury. Zobaczyli, że kiedy w spór o sztukę wkroczy państwo, to zawsze jest źle dla sztuki. I jeśli usiłowano Nieznalskiej wmówić, że świadomie chciała obrazić uczucia religijne, można to w zasadzie wmówić każdemu.
Od początku procesu artystka prawie nie wystawiała, także dlatego, że galerie rezygnowały z jej prac w obawie przed protestami. Ciszę przerwała dopiero wystawa "Posłuszeństwo" w Starym Browarze w Poznaniu w 2006 roku. Zaprezentowano tam między innymi cykl 10 fotografii przedstawiających wykonane przez artystkę obiekty, np. smycz z obrożą-kolczatką z brązu, diadem przypominający koronę cierniową czy "kaganiec męski" – przeznaczony na męskie genitalia ("Implantacja perwersji", 2004/2005). Nieznalska połączyła elementy zaczerpnięte z różnych poetyk - mrocznego świata praktyk seksualnych S/M i symboliki religijnej.
Z kolei film "Pozycja modlitewna" (2005) przedstawiał artystkę trzymającą dłonie w geście modlitwy tak długo, jak pozwalała na to jej wytrzymałość, do momentu, w którym wyczerpana opuszczała ręce. Największą uwagę na poznańskiej wystawie wzbudziła jednak praca "Nr 44" (2005/2006) – łańcuch złożony z koron cierniowych, wiszący na pętli samobójcy. Interpretowano ją jako ironiczny komentarz artystki do polskiego mesjanizmu.