W 2003 roku uzyskała dyplom na Wydziale Architektury i Urbanistyki Politechniki Warszawskiej, a w roku 2005 dyplom z wyróżnieniem w Ecole d'Architecture de Bretagne. Praktykowała w pracowni François Roche'a i Stéphanie Lavaux, R & Sie(n), w Paryżu, zaś od 2007 roku prowadzi własne studio projektowe w Warszawie. Jest współzałożycielką kolektywu Meso (wspólnie z Angelique Chedemois i Tam-Kien Dongiem) zajmującego się m.in. problematyką miejskich systemów złożonych. Wykłada na studiach "Sztuka/Przestrzeń Publiczna/Demokracja" na SWPS, a także gościnnie m.in. w Architecture Foundation w Londynie i Chelsea College of Art & Design.
Otrzymała wyróżnienia w konkursach na ogród Pontivy we Francji, modernizację Placu Grzybowskiego w Warszawie oraz na projekt pawilonu informacyjnego dla Muzeum Historii Żydów Polskich w Warszawie.
Projektuje m. in. dla "Krytyki Politycznej" i Muzeum Sztuki Nowoczesnej w Warszawie.
Aleksandra Wasilkowska analizuje współczesne strategie urbanistyczne i możliwości kolektywnego działania w przestrzeni publicznej. Interesuje ją architektura sprzężona z nielinearnymi procesami, które są charakterystyczne dla takich złożonych systemów, jak miasto, społeczeństwo czy sztuka. Przestrzeń miejską postrzega jako miejsce ścierania się dwóch tendencji: odgórnej czyli urzędowej, utożsamianej z porządkiem, i oddolnej, społecznej, którą rządzi chaos.
Według mnie rolą architekta jest właśnie zamykanie naturalnych procesów miejskich w piękne formy, a nie postulowanie czystej i samowystarczalnej architektury, której zamknięta forma nie potrzebuje ludzi – mówi Wasilkowska.
Jej projekty mają charakter interdyscyplinarny, stanowią rezultat poszukiwania związków między problematyką szeroko pojętej architektury, a kwestiami poruszanymi m.in. przez socjologię, nauki o złożoności i psychologię społeczną. Często zaprasza do współpracy ludzi zajmujących się tymi dziedzinami nauki, co pozwala na zmianę perspektywy i spojrzenie na kwestie miejskie czy architektoniczne z odmiennej pozycji. We współpracy z l'Institut des Systèmes Complexes (Instytutem Systemów Złożonych) w Paryżu Wasilkowska opracowała projekt strategii dla Zagrzebia –"MultiCity Disorder" (2008), nawiązujący do procesu defragmentacji Jugosławii po upadku komunizmu (Multiple Personality Disorder to pojęcie z psychologii określające rozszczepienie świadomości w wyniku przeżytej traumy).
Wśród projektów Wasilkowskiej są m.in. instalacje w przestrzeni publicznej, budynki, aranżacje ogrodów i wnętrz, a także wystawy i eksperymenty o zasięgu społecznym. Większość jej prac wynika z zainteresowania nowymi sposobami postrzegania miasta jako społecznego organizmu, w którym dużą rolę odgrywają techniki partycypacyjne, mechanizmy powstawania nieformalnych przestrzeni publicznych, samoorganizacja, zbiorowa podświadomość. Wasilkowska analizuje te zjawiska i posługując się naukowymi tropami podejmuje w swoich pracach próby innego rozumienia i organizowania miejskiej przestrzeni.
Jedyna myśl, do której naprawdę jestem przywiązana to, że miasto powinno organizować się na zasadzie współzależności, nieustannych renegocjacji"– deklaruje w wywiadzie dla "Krytyki Politycznej.
W innym miejscu szerzej rozwija tę ideę:
Planowanie miasta powinno opierać się na innych zasadach - nie kontroli i przeciwdziałaniu, ale regulowaniu i współdziałaniu. Regulowanie tkanki powinno wynikać z analizy oddolnych procesów (przepływ mas ludzi, proporcji funkcji, ilości i jakości połączeń pomiędzy nimi), a także z warunków klimatycznych (dostępności światła, natężenia wiatru czy hałasu). Relatywnie tradycyjną urbanistykę powinna zastąpić nowa dziedzina nauki badająca systemy złożone (complex systems)".
Praca dyplomowa Aleksandry Wasilkowskiej nosiła tytuł "Miasto symbiotyczne" (2005) i dotyczyła analizy "konfliktu odgórnego planowania i oddolnych działań w kontekście placu Defilad w Warszawie". Artystka zaproponowała w niej stworzenie na terenie placu Defilad "architektonicznej, elastycznej struktury, która podejmie dialog ze (społecznym i politycznym) charakterem tego miejsca". Strategia ewolucji placu zakładała podjęcie zapoczątkowanych już w tym miejscu oddolnych procesów, takich jak formowanie się stoisk handlowych. Wasilkowska proponowała stworzenie tzw. kodu zachowań, który zostałby przyjęty przez wszystkich inwestorów. Nakazywałby on utrzymanie 25% ścian budynku bez otworów, co umożliwiłoby łączenie się ze sobą kolejnych budynków w organiczną strukturę z zielonym dachem publicznie dostępnym.
W 2007 roku Wasilkowska rozpoczęła współpracę z Krzysztofem Żwirblisem nad projektem "Bezinteresowna Przestrzeń Miejska (+n)", do którego przygotowała koncepcję architektoniczną. Pierwsza prezentacja "BPM (+n)" odbyła się w hali warszawskiego Dworca Wschodniego. Autorzy projektu postulowali stworzenie w miejscu parkingu na placu Konstytucji zielonej wyspy, która służyłaby wypoczynkowi i swobodnej komunikacji społecznej. Zauważali, że najlepiej działają w przestrzeni publicznej takie miejsca, gdzie ich użytkownicy sami się organizują według ogólnie przyjętych reguł. Na "BPM (+n)" składał się projekt architektoniczny uwzględniający system wentylacji i rozwiązań energooszczędnych, koncepcja opracowania zieleni (Karolina Samborska), analiza urbanistyczno-historyczna, makieta w skali 1:50, wystawy oraz akcje społeczno-artystyczne, podczas których prezentowane były wizualizacje i zbierane opinie.
