Od 1947 studiował w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie pod kierunkiem Artura Malawskiego dyrygenturę (dyplom w 1953) oraz kompozycję (dyplom w 1955). Już w 1948 rozpoczął pracę jako chórzysta, a następnie asystent dyrygenta i dyrygent chóru Filharmonii Krakowskiej. W latach 1955-57 był asystentem dyrygenta w Filharmonii Łódzkiej, następnie objął funkcje dyrektora, dyrygenta i kierownika artystycznego Filharmonii Lubelskiej, które pełnił do 1963. W 1964 został dyrektorem i kierownikiem artystycznym Filharmonii w Koszalinie, którą kierował do 1979. Był jednocześnie kierownikiem artystycznym Festiwalu Pianistyki Polskiej w Słupsku (1967-99) oraz Kołobrzeskich Wieczorów Wiolonczelowych (1972-80). Kilkakrotnie sprawował kierownictwo Światowego Festiwalu Chórów Polonijnych w Koszalinie oraz Koszalińskich Koncertów Organowych. Jako dyrygent występował gościnnie w ZSRR, NRD, Czechosłowacji, Bułgarii, Rumunii, Jugosławii i na Węgrzech.
Pracę pedagogiczną rozpoczął podczas studiów, będąc w latach 1951-53 wykładowcą w Państwowej Wyższej Szkole Aktorskiej w Krakowie, a w latach 1960-62 na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W latach 1991-99 piastował funkcję profesora w Akademii Muzycznej w Gdańsku i w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Słupsku. Andrzej Cwojdziński prowadził bardzo aktywną działalność społeczną. Był członkiem zwyczajnym Związku Kompozytorów Polskich.
W 2011 na Ogólnopolskim Konkursie Kompozycji Religijnych "Vox Basilicae Calissiensis" w Kaliszu uzyskał III nagrodę za utwór "Boże narodziny" (2011).
Za zasługi w rozwoju kultury otrzymał wiele nagród i odznaczeń regionalnych (w Lublinie, Koszalinie i Słupsku) oraz ogólnopolskich: Nagroda Ministra Kultury i Sztuki II stopnia za całokształt działalności (1977) oraz Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1983). W 1988 został uhonorowany medalem "Pro ecclesia et pontifice" oraz nagrodą im. Księdza Bolesława Domańskiego za wybitne osiągnięcia twórcze.
Ważniejsze kompozycje:
- "Sonata na wiolonczelę i fortepian" (1952)
- "Pięć miniatur" op. 2 na klarnet i fortepian (1953)
- "Dwie humoreski" op. 3 na fortepian solo (1953)
- "Cztery pieśni na alt z towarzyszeniem fortepianu" op. 4 (1953)
- "Uwertura 'Radosna'" na wielką orkiestrę symfoniczną (1954)
- "Nokturn" op. 6 na róg z towarzyszeniem fortepianu (1954)
- "Rondo" na fortepian solo op. 7 (1954)
- "Pięć pieśni" na sopran i fortepian (1955)
- "Kwiaty Polskie", kantata do słów Juliana Tuwima na 3 solistów, chór mieszany i chłopięcy i orkiestrę (1955)
- "Koncert na kontrabas i orkiestrę symfoniczną" (1959)
- "Toccata lubelska" na orkiestrę symfoniczną (1961)
- "Koncert wiolonczelowy nr 1" (1965)
- "Pięć pieśni dziecięcych" [wersja I] op. 8 na sopran i orkiestrę (1966)
- "Pięć pieśni dziecięcych" [wersja II] op. 8 na sopran i fortepian (1966)
- "Koncert wiolonczelowy nr 2" (1968)
- "Miniatury w różnych stylach" na trio fortepianowe (1969)
- "Dwanaście miniatur" na skrzypce i fortepian (1971)
- "Chochliki fletowe" op. 16 na flet z towarzyszeniem fortepianu (1972)
- "Magnificat" na chór a cappella (1983)
- "Koncert na 2 fortepiany i orkiestrę symfoniczną" (1984)
- "Erotyki" op. 18 na chór mieszany a cappella (1984)
- "Suita" op. 20 na wiolonczelę i klawesyn (lub fortepian) (1985)
- "Anioł Pański" op. 21, oratorium na 3 solistów, chór mieszany i orkiestrę (1986)
- "Suita miniatur" op. 22 na 6 instrumentów dętych (1987)
- "Preludia" op. 23 na fortepian solo (1988)
- "Nokturn" op. 24 na wiolonczelę i fortepian (1988)
- "Suita" op. 25 na młodzieżowy zespół kameralny (1989)
- "Suita" op. 26 na wiolonczelę i gitarę (1989)
- "Sonata na skrzypce i wiolonczelę" op. 27 (1990)
- "Sześć pieśni na chór mieszany" op. 28 (1990)
- "Cztery tańce polskie" op. 29 na trio fortepianowe (1990)
- "Cztery psalmy" op. 30 na 3 głosy żeńskie i organy (1991)
- "Klocki" op. 31, 21 utworów dla dzieci na 4 ręce (1991)
- "Tango koncertowe" op. 32 na gitarę klasyczną i klawesyn (1991)
- "Osiem pieśni na alt z towarzyszeniem fortepianu" op. 35 do słów różnych autorów (1991)
- 'Suita kolęd polskich" op. 34a na zespół kameralny (1991)
- "Nasz wspaniały ogród zoologiczny" op. 33, widowisko dziecięce na chór dziecięcy oraz sopran solo z towarzyszeniem fortepianu (1991)
- "Mini kaprysy" op. 36 na flet, obój i gitarę klasyczną (1992)
- 'Małe wariacje na temat piosenki duńskiej" op. 37 na orkiestrę kameralną (1992)
- "Capriccio" na obój i orkiestrę kameralną (1992)
- "Pięć pieśni na sopran z towarzyszeniem fortepianu" do słów różnych autorów (1992)
- "Hymn o Miłości" op. 40, kantata na chór i orkiestrę (1992)
- "Koncert wiolonczelowy nr 3" (1993)
- "Mała kołysanka" op. 42d na fortepian (1993)
- "Piosenki francuskie" op. 42a na fortepian (1993)
- 'Siedem nokturnów" op. 46 na organy solo (1994)
- "Suita kolęd polskich nr 2" op. 47 na sopran, tenor i zespół kameralny (1994)
- "Elementarz" op. 45b na chór mieszany a cappella (1994)
- "Cztery pieśni sakralne" na chór mieszany a cappella (1994)
- "Symfonia nr 1" op. 43 (1994)
- "Koncert skrzypcowy nr 1" op. 48 (1995)
- "Dwadzieścia pięć łatwych piosenek" na 3-głosowy chór dziecięcy a cappella (1995)
- "Hymny Maryjne" op. 50 na 3 głosy żeńskie i organy (1996)
- "Obrazki malowane dźwiękami" op. 51, 17 miniatur na fortepian (1996)
- "Koncert na klawesyn i orkiestrę kameralną" op. 52 (1996)
- "Toccata koszalińska" op. 54 na wielką orkiestrę symfoniczną (1997)
- "Suita stylizowanych tańców polskich" op. 55 na 2 gitary klasyczne (1997)
- "Małe muzyczne opowiadania" na skrzypce z fortepianem (1997)
- "Małe etiudy interwałowe" op. 53 na fortepian (1997)
- "Szopeniada" op. 57 na chór mieszany z fortepianem (1998)
- "Suita popularnych melodii ludowych" op. 58 na chór dziecięcy i fortepian (1998)
- "Dwie pieśni żartobliwe" op. 59 na chór mieszany z fortepianem (1999)
- "Sonatina na fortepian na 4 ręce" op. 60 (1999)
- "Rondo C-dur na fortepian solo" op. 61 (1999)
- "Z głębokości" op. 62 [wersja I], 3 pieśni na chór i fortepian (1999)
- "Z głębokości" op. 62 [wersja II], 3 pieśni na chór mieszany (1999)
- "Dwie pieśni rozrywkowe" op. 62a [wersja I] na sopran (1999)
- "Dwie pieśni rozrywkowe" op. 62a [wersja II] na sopran i fortepian (1999)
- "Godzina Baranka - Misterium milenijne" op. 63 na chór i zespół kameralny (2000)
- "Takie sobie piosenki" op. 64 na klarnet i fortepian (2000)
- "Koncert barokowy" op. 65 na 2 skrzypiec, chór mieszany i organy (2000)
- "Pięć pieśni na 4-głosowy chór męski a cappella" op. 66 (2000)
- "Sześć pieśni dla klasztoru SS Karmelitanek Bosych" op. 67 na chór żeński z towarzyszeniem fisharmonii (2001)
- "Pieśni religijne" op. 68 na chór męski a cappella (2001)
- "Bożonarodzeniowe radości" op. 70, miniatury dziecięce na flet z fortepianem (2002)
- "Śpieszmy się kochać ludzi" op. 71, 7 pieśni religijnych na głos altowy z organami (lub fortepianem) (2002)
- "Małe wariacje 'Siała Baba mak'" op. 72 na 4-głosowy chór mieszany i dziecięcy a cappella (2002)
- "Dwie bagatele" op. 73 na fortepian solo (2002)
- "Piccola sonata da camera" op. 74 na flet, obój, altówkę i wiolonczelę (2002)
- "Concerto grosso" op. 75 na kwintet dęty i organy (2003)
- "Album dziecięcych utworów kameralnych" na różne zespoły instrumentalne szkół muzycznych op. 76 (2003)
- "Słucham" op. 77, rodzaj koncertu na głos recytujący i orkiestrę symfoniczną (2004)
- "Małe igraszki z dużym fagotem i ogromnym fortepianem" op. 78 (2004)
- "Jedenaście drobnych utworów" op. 79 na obój i fortepian (2004)
- "Dwa utwory na wiolonczelę solo" op. 80 (2004)
- "Suita tańców polskich" op. 82 na zespół akordeonowy (2005)
- "Concertino" op. 83 na fortepian dla dziecka oraz mały, szkolny zespół instrumentalny (2005)
- "Menora kołobrzeska" op. 84, II poemat symfoniczny na sopran solo, recytatora, chór mieszany i wielką orkiestrę symfoniczną (2006)
- "Dziesięć mazurków" op. 85 na fortepian (2006)
- "Spacerek po muzyce kompozytorów XVIII i XIX wieku" op. 86, 17 miniatur na jeden lub dwa fortepiany dla młodzieży szkół muzycznych (2006)
- "Koncert skrzypcowy nr 3" op. 90 (2009)
- "Ballada nr 1" op. 91 na fortepian solo (2009)
- "Wariacje n/t Polki pizzicato" op. 92 na orkiestrę smyczkową (2010)
- "Ballada nr 2" op. 94 na fortepian solo (2011)
- "Boże narodziny", jednogłosowa pieśń z towarzyszeniem organów (2011)
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, grudzień 2002; aktualizacja: marzec 2022.