Zaczęło się od filmu z rodzinnego archiwum. Wśród pamiątek otrzymanych od ojca, Michał Wnuk odnalazł rolkę 16 milimetrowej taśmy, na której zarejestrowane były obrazki z życia na froncie II wojny światowej. Było też 120 zdjęć, których autor – najprawdopodobniej niemiecki żołnierz – uwiecznił na nich nazistowskie kampanie, eksterminację ludności w Częstochowskim getcie, zniszczenie Warszawy po powstaniu 1944 roku…
Tajemnicze pamiątki uruchomiły prywatne śledztwo reżysera. Chciał zrozumieć, skąd takie przedmioty znalazły się w rodzinnych zbiorach i co mówią o wojennej przeszłości jego przodków. Przeszłości nieoczywistej, bo dziadek reżysera, Ślązak w czasie II wojny światowej służył w Wehrmachcie. Czy to on był autorem zdjęć? Czy brał udział w eksterminacji Polaków? Czy w czasie wojny dziadek brał udział w zbrodniach na cywilach? Dlaczego w domu nigdy nie mówiło się o jego przeszłości?
W swym filmie Wnuk próbuje odnaleźć odpowiedzi na wszystkie te pytania. Drąży, pyta, szuka sensownych wyjaśnień. Problem w tym, że każda droga, która w jego odczuciu mogłaby pomóc dojść do prawdy, wiedzie donikąd. Rodzice ani dalsi krewni nie potrafią niczego wyjaśnić, a kolejne poszlaki okazują się zbyt słabe, by oprzeć na nich dalsze poszukiwania.
Młody reżyser chwyta się najmniejszych tropów, by zbadać pochodzenie tytułowego filmu. W ten sposób chce nadać sens przemilczanej historii sprzed lat. Klucząc w świecie niedomówień i niejasności próbuje uporządkować rodzinną historię. Zła prawda wydaje się przecież lepsza aniżeli kłamstwo. Zgodnie z tą zasadą Michał Wnuk próbuje znaleźć dowody winy swojego dziadka. Fakt, że jego wojenna przeszłość nigdy nie była tematem rodzinnych rozmów, wydaje mu się potwierdzeniem najgorszych intuicji, dowodem na to, że rodzina chce zapomnieć odziedziczone winy.
Ale historia, którą opowiada Wnuk, nie ma nic wspólnego z oczyszczającą podróżą ku prawdzie. Życie nie chce upodobnić się do filmowego scenariusza. Film, który ma być czymś w rodzaju dokumentalnej wersji "Śmierci w bunkrze" Martina Pollacka o ojcu-zbrodniarzu wojennym albo "Harmonia Caelestis" Pétera Esterházego opowiadającej skomplikowane losy rodziny węgierskiego pisarza, okazuje się komedią pomyłek. Wszystkie efektowne hipotezy kolejno upadają zderzone z faktami ustalanymi w toku śledztwa. Zamiast opowieści o przemilczanej winie i egzorcyzmowaniu prawdy, "Agfa 1939" okazuje się dokumentem o potrzebie sensu i próbie strukturyzowania historii.
W dokumencie Michała Wnuka prawda historyczna okazuje się mniej spektakularna niż chciałby i widz i reżyser filmu. Ale okazuje się też nie mniej interesująca. Bo "Agfa 1939" stopniowo przeistacza się z prywatnej historii w dokument o trudnej polsko-niemieckiej przeszłości. Na Śląsku, z którego pochodzi rodzina reżysera, była ona mniej oczywista niż w wielu innych miejscach kraju.
Rodzinna historia reżysera jest bowiem historią spotkania dwóch wojennych losów – dziadek reżysera, Alojzy, służy w Wehrmachcie, przodkowie ze strony ojca walczą zaś w polskim podziemiu. Z jednej strony chirurg służący w niemieckiej armii, z drugiej - egzekutor AK wykonujący wyroki na konfidentach. Po wojnie były żołnierz Wehrmachtu ożeni się z polską dziewczyną, siostrą żołnierza Armii Krajowej. Nikt nie będzie rozmawiał o wojnie. Zamiast rozdrapywać rany, spróbują układać sobie życie na gruzach. Nie dla wszystkich będzie to zadanie łatwe.