Muzeum Katyńskie powstało w 1993 r. i początkowo mieściło się w Forcie Czerniakowskim; po 16 latach funkcjonowania zostało zamknięte w związku ze złym stanem technicznym. Nowa siedziba muzeum znajduje się w liczącym 3,5 ha parku na terenie Cytadeli Warszawskiej. Na jego teren wiedzie wykonana z bazaltu droga prowadząca na Plac Apelowy.
"Motyw drogi jest tu bardzo ważny, stanowi odzwierciedlenie zbrodni katyńskiej, gdzie zaprowadziła ona polskich oficerów z domów, przez mobilizację w oddziałach, niewolę do miejsc kaźni" - opowiadał przed inauguracją nowej siedziby Konrad Grabowiecki, współautor Muzeum Katyńskiego z pracowni Brzozowski Grabowiecki Architekci (BBGK).
Centralnym elementem Placu Apelowego jest tzw. Warta, czyli ponad 90 grabów posadzonych w równych rzędach, symbolizujących "wartę wojskową" trzymaną przed Muzeum.
"Otacza je żywa i bogata zieleń porastająca okalającą plac skarpę. To ma nas powoli naprowadzać na wątek Katynia, bo przecież tajemnica tej zbrodni kryła się w lesie" - mówił Grabowiecki. Plac Apelowy jest częściowo trawiasty, a częściowo zbudowany z płyt kamiennych, których liczba ma nawiązywać do wielości ofiar. Ma on być miejscem uroczystości rocznicowych. Centralnie umieszczono dębowy krzyż z rdzeniem z ołowiu. Na większej płycie przewidzianej na ołtarz polowy wyryto cytat z wiersza Zbigniewa Herberta "Guziki" poświęconego pamięci jego stryja, który zginął w Katyniu.
Wspomnianą Wartę przecina ścieżka prowadząca do samego obiektu muzealnego, który mieście się w Kaponierze.
"To olbrzymia budowla jeszcze z czasów carskich, gdzie na dwóch kondygnacjach umieszczono ekspozycję. Podczas budowy Muzeum zdecydowaliśmy się na użycie dość nietypowego materiału - surowego betonu barwionego na kolor murów Cytadeli. Wszystkie ważne elementy są z niego wykonane. Odciśnięto w nim też kształty przedmiotów wyjętych z mogił np. orzełki z rogatywek, Krzyże Walecznych, ryngrafy. Największym z nich jest odlany na ścianie zewnętrznej niezwykle wzruszający list do rodziny jednego z więźniów" - relacjonował współautor Muzeum.

Muzeum Katyńskie w Cytadeli Warszawskiej, tablice upamiętniające, fot. Krystian Maj / Forum.
Głównym wejściem schodzi się w dół do wnętrza Muzeum, zanurzając się w ciemną przestrzeń. Na ścianach są tam umieszczone monitory wyświetlające archiwalną projekcję żołnierzy idących do niewoli. Budynek składa się z trzech kondygnacji. Dwie są ogólnodostępne, trzecia mieści biura i magazyny. Na pierwszej kondygnacji zatytułowanej "Odkrywanie" poznajemy historię poprzedzającą zbrodnię katyńską, samą zbrodnię i jej okoliczności oraz wszystko, co działo się po niej, czyli całą historię powojenną. Głównym elementem wystawy są tu ekspozytoria w formie dużych skrzyń, w których znajdują się multimedialne ekrany dotykowe przybliżające dzieje i okoliczności zbrodni oraz położone na dnie skrzyń przedmioty. Na kolistym sklepieniu pomieszczenia jest wyświetlana projekcja lasu.
"Zwiedzającym towarzyszy umieszczona na ścianie oś historii zbrodni. Kulminacyjny moment samego mordu jest prezentowany w formie nagrań archiwalnych powstałych podczas ekshumacji niemieckich jeszcze w czasie wojny. Miejsce to jest odgrodzone przesłoną, film można oglądać przez przecinającą ją szczelinę. Decyzja, czy chce go obejrzeć, należy do zwiedzającego. Dajemy więc wybór, jak daleko chce wejść on w tę historię, jednak droga zwiedzania jest jedna. Idziemy wyznaczoną trasą tak jak szli oni, nie wiedząc dokąd idą. Kolejny fragment ekspozycji opowiada o działaniach związanych z tuszowaniem prawdy o zbrodni" - mówił Grabowiecki.
Z kondygnacji "Odkrywanie" przechodzi się na położony niżej poziom "Świadectwo". Prowadzi tam platforma. Podczas zjeżdżania zmienia się tempo i światło, co ma spowodować efekt utraty poczucia czasu i przestrzeni. Na dolnej kondygnacji, określanej jako serce Muzeum, złożono najcenniejsze, autentyczne artefakty wydobyte z mogił katyńskich. Jest ich ok. 5,5 tys. Stajemy pomiędzy gablotami, w których znajdują się niewielkie relikwiarze wykonane z gliny, nawiązujące do sposobu chowania zmarłych w wykonanych z niej urnach. Każdy jest osobno podświetlany i eksponuje jeden artefakt, z którym łączy się historia konkretnej osoby.