Mimo tak szerokiego spektrum zainteresowań naukowych (a może właśnie dzięki nim) Baudouin de Courtenay nie jest oderwanym od rzeczywistości akademikiem. Angażuje się w działalność społeczno-polityczną, publicznie występuje przeciwko wojnie, przemocy, ksenofobii i dyskryminacji, pisze teksty publicystyczne (w sumie około dwustu), podpisuje odezwy. Aktywną postawę społeczną uważa za świętą powinność uczonego i inteligenta.
Jako profesor Uniwersytetu Sankt-Petersburskiego często publicznie krytykuje prześladowanie "obcych" w carskiej Rosji, broni praw (w tym do posługiwania się językiem) mniejszości narodowych – Polaków, Żydów. Oświadcza, że w Królestwie Polskim (które do 1918 wchodziło w skład Imperium Rosyjskiego) język polski powinien mieć taki sam status, jak rosyjski. Często wypowiada się na temat konieczności udzielenia Polsce kulturowej autonomii. Za ostre krytykowanie wielkorosyjskiego szowinizmu zapłaci w 1913 kilkoma miesiącami aresztu.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 Baudouin de Courtenay przeprowadza się do Warszawy. Tu otrzymuje godność profesora honorowego uniwersytetu Warszawskiego. Tam też wykłada do 1929 – do samej śmierci. W odrodzonej Polsce wyraziste poglądy Baudouina de Courtenay, jego konsekwentne sprzeciwianie się ksenofobii budzą sympatię wśród inteligencji i mniejszości narodowych, a nienawiść w środowiskach nacjonalistycznych. Kościół Katolicki też nie toleruje uczonego, który publicznie przyznaje się do ateizmu.
W 1922 w Krakowie grupa "ultra-patriotów" próbuje zakłócić publiczny odczyt Baudouina de Courtenay w Teatrze Słowackiego i obrzucić go stęchłymi jajami – za to, że śmiał powiedzieć, że można być jednocześnie Niemcem i Polakiem. W tym samym roku mniejszości narodowe wysuwają jego kandydaturę (bez jego wiedzy) na prezydenta kraju. Szanse na zwycięstwo są znikome – to raczej demonstracyjny gest i wyraz szacunku dla wybitnego uczonego. W sejmie Courtenay przegrywa z Gabrielem Narutowiczem, który kilka miesięcy później zginie zastrzelony przez ultraprawicowego nacjonalistę.
Baudouin de Courtenay nie boi się ponosić odpowiedzialności za swoje liberalno-internacjonalistyczne poglądy. To polski patriota bez cienia ksenofobii czy megalomanii. Zawsze niezależny w myśleniu, jest wierny sobie i w Rosji, i w Polsce. Znajomi wspominają go także jako altruistę, niezwykle skromnego człowieka, który bardziej dbał o innych, niż o siebie. Tuż przed śmiercią Baudouin de Courtenay powie Józefowi Czapskiemu, który odwiedził go w biednym, ciasnym mieszkaniu na warszawskiej Pradze: "Czasem naprawdę mam ochotę się zastrzelić, ale nie zrobiłem tego, bo zawsze pojawiała się myśl – a może jeszcze jakoś pomóc tej nieszczęsnej ludzkości."
