После того, как в марте 1921 года между Польшей и советской Россией был заключен Рижский мирный договор, Варшава пообещала Москве не поддерживать деятельность антибольшевистских организаций. Савинков этого как будто не заметил — летом 1921 года он создал в Варшаве «Народный союз защиты Родины и Свободы», главной задачей которого была диверсионная деятельность на территории РСФСР, создание сети конспиративных ячеек и внедрение в органы власти. Подрывная работа Савинкова, засылавшего в Москву и Петроград своих агентов, переполнила чашу терпения советского руководства, и в сентябре того же года наркомат иностранных дел направил польскому правительству ноту с требованием депортировать Савинкова и его соратников из Польши. За это большевики пообещали выплатить польской стороне двадцать миллионов рублей золотом в качестве компенсации за железнодорожные составы, оставленные поляками в России во время советско-польского конфликта, а также вернуть ряд произведений искусства и предметов антиквариата, вывезенных с территории Польши в Россию во время Первой мировой войны. Пилсудский ответил согласием.
Варшавские друзья Савинкова, в частности польский политический деятель Кароль Вендзягольский, которого Савинков знал еще по Добровольческой армии, пытались предотвратить депортацию «белых», убеждая правительство, что нарушение права на политическое убежище компрометирует Польшу. Но все было бесполезно — в новых политических условиях Савинков Пилсудскому был уже не нужен. Вендзягольский даже организовал Савинкову выступление в польском Сейме — на безукоризненном польском языке Савинков очень вежливо поблагодарил Польшу за гостеприимство, однако в его голосе была слышна горечь. «Признайтесь, теперь вы не любите поляков?», — спросил его Вендзягольский, когда они вышли на улицу. «Не люблю, — меланхолично ответил Савинков, — но я не люблю их подобно тому, как сами поляки не любят друг друга».
30 октября 1921 года Савинков и его товарищи покинули Польшу и отправились в Прагу. Уже на следующий день большевики выплатили полякам первый транш — десять миллионов рублей золотом. Кроме того, в Варшаву вернулась антикварная мебель из Королевского замка и Лазенок, а также знаменитая картина Яна Матейко «Грюнвальдская битва».
После отъезда из Польши Савинков жил в Париже, где оказался в изоляции: монархисты не могли ему простить террористического прошлого, «левые» интеллектуалы ненавидели за антикоммунизм. Для советской власти Савинков по-прежнему оставался «врагом номер один», и в 1924 году ОГПУ подослало к Савинкову провокаторов, которые выманили его в Советский Союз под предлогом участия в несуществующей подпольной террористической организации. 12 августа 1924 года, после того, как Савинков перешел советскую границу, он был арестован в Минске. По легенде, во время ареста Савинков и бровью не повел. «Чисто сработано, — сказал он вооруженным чекистам, вошедшим в его гостиничный номер. — Разрешите продолжать завтрак?»
В Москве над Савинковым состоялся громкий политический процесс — своего рода репетиция будущих показательных процессов эпохи Большого террора. Он публично раскаялся и даже обратился к эмигрантским кругам с открытым письмом «Почему я признал советскую власть», заслужив гневную отповедь Философова на страницах им же когда-то и созданной газеты «За свободу!». Суд приговорил Савинкова к смертной казни, которая вскоре была заменена десятилетним тюремным сроком, однако 7 мая 1925 года Савинков погиб на Лубянке при невыясненных обстоятельствах. По официальной версии, в тот день он ходатайствовал перед Дзержинским о своем освобождении, однако кто-то из тюремной администрации сказал Савинкову, что пересмотр приговора маловероятен. Тогда Савинков выбросился из окна пятого этажа во двор и разбился насмерть — в окнах помещения, где он находился после возвращения с прогулки, не было решеток. Возможно, перспектива десятилетнего заключения действительно была невыносима для деятельной натуры Савинкова — впрочем, его последняя возлюбленная, баронесса Дикгоф-Деренталь, арестованная вместе с Савинковым, уверяла, что его убили чекисты. Той же версии придерживается и Александр Солженицын в книге «Архипелаг ГУЛАГ».
Узнав о гибели Савинкова, Зинаида Гиппиус написала в дневнике: «Савинков погиб? Да, я думаю, погиб. На меня это не произвело впечатления. Убил ли он себя или что вообще случилось — не все ли равно? Ведь он уже годы как умер. Да и был ли когда-нибудь?» Это жестокое, но в чем-то верное замечание: Савинков был во всех смыслах личностью неуловимой, и человеком-призраком он стал еще при жизни — ничего удивительного, что и смерть его обросла мифами. Алексей Ремизов вспоминал, что люди, лично знавшие Савинкова, уже после официального сообщения о его смерти видели литератора-террориста на Тверском бульваре, а также за столиком одного дорогого ресторана. Как и положено призраку, от Савинкова осталось не так много — несколько отлично написанных книг, разряженный в ходе уличной перестрелки револьвер, подшивка никому не нужной эмигрантской прессы с наивными воззваниями, а теперь еще и небольшая улица его имени в варшавском районе Прага, что на правом берегу Вислы.