Родился 19 марта 1869 года в Ропчице (Австро-Венгрия), умер 8 июля 1946 года в Вадовице. Один из корифеев живописи эпохи Молодой Польши, обладавший необыкновенной восприимчивостью к декоративным качествам картины, работавший в разных техниках — от рисунка углем, оригинальной графики, книжной иллюстрации и станковой живописи до монументальных проектов витражей и полихромных росписей. Вырос в семье полонизированных австрийцев.
Учился на юридическом факультете Ягеллонского университета и параллельно — в 1887–1894 годах — в Краковской школе изящных искусств у Изидора Яблонского, Юзефа Унежинского, Владислава Лушчкевича и Яна Матейко. В 1889–1890 годы продолжал обучение в Венской академии изобразительных искусств Совершенствовал свое мастерство в 1891–1896 годах в Париже — сначала в Академии Жюлиана и Высшей государственной школе декоративных искусств, затем в Академии Коларосси у Жозефа Блана и Жака Куртуа, а с 1892 года — в Национальной высшей школе изящных искусств в мастерской Леона Бонна. Совершил творческие поездки в Германию, посетил Швейцарию, Францию, любовался красотой готических соборов в Руане, Амьене, Бове и в Страсбурге.
В 1900 году Мехоффер побывал в Италии, где в мастерских Мурано познакомился с принципами мозаичной техники. В Париже он вначале делил мастерскую со Станиславом Выспяньским, с которым у них были схожие вкусы — они вместе посещали выставки, галереи и музеи. Будучи учениками Матейко, оба в начале своего творческого пути работали над полихромными росписями своего наставника для пресвитерия Мариацкого костела в Кракове (1889), совместно создали проект витража для хоров этого храма (1891). Художники соперничали друг с другом на одних и тех же конкурсах, в частности, в конкурсе на создание занавеса Театра им. Ю. Словацкого в Кракове (1891) и витража для латинского собора во Львове (1894). В итоге каждый из них выработал собственную стилистику и отточил до совершенства свою технику. Выспяньский задал направление развития польского экспрессионизма, а Мехоффер создал оригинальную формулу декоративности, черпающей из стилистики сецессиона.
Международную известность Мехоффер приобрел благодаря проектам витражей для готической коллегиаты св. Николая во Фрайбурге (Швейцария), которые он осуществил в 1895–1936 годах. Художник также создал проекты витражей для часовни Радзивиллов в Балице (1892), часовни Грауеров в Опаве (1901), костела в Ютросине (1902), часовни Святого Креста на Вавеле (1904), часовни-мавзолее в Голухове (1906), часовни Оргельмайстеров в Вене (1910), собора во Влоцлавеке (1935–1940), собора в Пшемысле (1940) и костела в Дембниках под Краковом (1943). Мехоффер работал в жанре монументального искусства, он был автором проекта полихромной росписи сокровищницы (1900–1902) и часовни Шафранцев (1906–1907) в вавельском кафедральном соборе, а также собора в Плоцке (1903), зала заседаний Торгово-промышленной палаты в Кракове, армянского собора во Львове (1906–1910), зала Сейма в Варшаве (1929), костела св. Иоанна Крестителя в Туреке (1933–1939) и костела в Лубени близ Пётркова-Трибунальского (1942). Большое стилистическое разнообразие отличало оформление остановок Крестного Пути , спроектированное Мехоффером для часовни костела францисканцев в Кракове (1934–1935).
В 1901 году Мехоффер стал доцентом кафедры декоративной и религиозной живописи в родной краковской академии. В 1905 году он стал ординарным профессором, дважды занимал пост ректора академии (1914/1915–1917/1918 и 1932/1933). Был членом-основателем созданного в 1897 году Общества польских художников «Sztuka» («Искусство»), принадлежал к венскому обществу «Hagenbund», парижскому Société Nationale des Beaux-Arts и Королевскому обществу друзей изящных искусств в Брюсселе. После начала Второй мировой войны уехал с семьей во Львов, откуда был отправлен гитлеровцами в лагерь. Благодаря вмешательству Ватикана и итальянского правительства был освобожден и в 1940 году вернулся в Краков.
Работы Мехоффера демонстрировались на многих международных выставках, в том числе в Вене (1893, 1897, 1898, 1901, 1902, 1908, 1915, 1928), Берлине (1895, 1896, 1899), Париже (1900, 1921, 1925), Сент-Луисе (1904), Дюссельдорфе и Мюнхене (1905, 1909), Дрездене (1909, 1912, 1913), Венеции (1910, 1914, 1920, 1926), Риме (1911, 1934), Лондоне (1921), Брюсселе (1925), Хельсинки и Флоренции (1927), Лос-Анжелесе (1928), Падуе (1931), Филадельфии (1934) и Мадриде (1935).
С 1894 года регулярно участвовал в выставках краковского Общества друзей изящных искусств, а с 1895 года многократно демонстрировал свои произведения в варшавском Обществе любителей изящных искусств. В Кракове также участвовал в экспозициях Общества «Польское прикладное искусство» (1903), Всеобщего союза польских художников (1917) i Независимых (1927). В Варшаве выставлялся в салонах Крывульта (1898), Абе Гутнайера (1927), Гарлинского (1925) и Институте пропаганды искусства (1930, 1932). Кроме того, представлял свое творчество во Львове (с 1897), Познани (с 1909), Ченстохове (1913), Люблине и Закопане (1916), Торуни (1921, 1922), Лодзи (1924), Быдгощи (1931) и Плоцке (1933). Персональные выставки Мехоффера проходили в варшавском Обществе поощрения изящного искусства (ОПИИ) в 1913, 1935 и 1937 годах, и в краковском ОПИИ в 1938 и 1945. Художник был награжден золотой медалью на Всемирной выставке в Париже (1900), Всеобщей выставке в Сент-Луисе и Чикаго (1904), а также в Мюнхене (1905). Свою биографию Мехоффер описал в «Дневниках» 1891–1897 годов, а размышления об искусстве представил в книге «Замечание об искусстве и его отношении к природе», опубликованной в 1897 году, а также в нескольких статьях, в частности, в работе «Искусство в Польше вчера и сегодня» («Sztuki Piękne», VIII, 1932).
Живопись Мехоффера, как станочная, так и монументальная, в полной мере отражала богатую символику и декоративные тенденции в искусстве польского модернизма, отличаясь при этом высоким мастерством и перфекционизмом. На формирование творческого кредо художника огромное влияние оказало его знакомство в Париже с монументальной живописью Пюви де Шаванна и искусством набистов, которое ему открыл Владислав Слевинский. В творчестве Мехоффера периода 1891–1895 годов отчетливо прослеживается влияние символизма и постимпрессионизма. Характерная для младопольских настроений концентрированная экспрессия отличает сумеречные, с отблесками заходящего солнца пейзажи «Висла под Неполомице» (1894) и «Закат солнца. Парк Иордана». Густая, сочная живописная материя и синтетическая передача пейзажных форм размашистыми, свободными мазками свидетельствуют о родстве работ Мехоффера с творчеством Яна Станиславского.