Родился 8 марта 1761 года в Пикове на Подолье, покончил жизнь самоубийством 23 декабря 1815 года в Уладовке (нынешняя Винницкая область).
Потоцкий был первым польским археологом – специалистом по славянским древностям. Эрудит, увлеченный новыми научными концепциями, вольнодумец и фантазер, чей просвещенный разум далеко выходил за рамки эпохи.
«Он был поочередно гражданином трех государств и подданным шести правителей, — пишет о нем Александра Крох в биографии “Ян Потоцкий. Далекое путешествие” (Варшава, 2007). — Появившийся на свет в Украине, воспитанный во французской культурной и языковой среде, офицер австрийской армии, кавалер мальтийского ордена, депутат Четырехлетнего сейма, советник царя Александра I по азиатским вопросам, он также был выдающимся историком, этнологом, языковедом и великим путешественником, объездил Марокко, Египет, Кавказ, Сибирь, Китай и почти все европейские страны».
Потоцкий родился в семье магната графа Юзефа Потоцкого, великого коронного кравчего, одного из предводителей Радомской конфедерации, и Тересы Потоцкой. Семилетним мальчиком покинул родину. Образование получал в школах Лозанны и Женевы. Часто бывал в Париже. Отлично владел французским языком. С польским языком познакомился только по приезде в Польшу в 1778 году.
Он много путешествовал: посетил Турцию и Египет (1784), Голландию (1787), Испанию и Марокко (1791), Нижнюю Саксонию (1794) и Кавказ (1797–1798). Служил в австрийской армии, сражался с берберскими пиратами в Средиземном море. Свои приключения он запечатлевал на бумаге — некоторые из них перевел на польский Юлиан Урсын Немцевич. Был одним из первых исследователей истории и археологии славян. Свои открытия описал в таких трудах, как «Recherches sur la Sarmatie» (1789–1792) и в «Histoire primitive».
По возвращении в Польшу стал депутатом Четырехлетнего сейма, где присоединился к лагерю реформаторов. В сентябре 1788 года основал «Свободную типографию», которая издавала «Journal Hebdomadaire de la Diète» — еженедельник, освещающий сеймовские дебаты.
После присоединения короля к Тарговицкой конфедерации перебрался в Ланьцут. В 1792 году написал там для придворного театра пьесу в стиле комедии дель арте «Recueil des Parades» («Парады»).
С 1803 года Ян Потоцкий состоял членом варшавского Общества друзей наук. Благодаря влиянию Адама Чарторыйского, министра иностранных дел при царе Александре I, был назначен руководителем научной миссии (группы лингвистов, этнографов, натуралистов) при великом российском посольстве (240 человек), отправленном в конце 1805 года в Китай. Однако русский посол отказался воздать почести представителю китайского императора, и 19 февраля 1806 года посольство вернулось назад.
«В рапорте, который Потоцкий направил Чарторыйскому и который недавно был найден в семейных архивах, он мастерски проанализировал причины недоразумений, — писал Кайуа Роже («История человека и книги» в: «Odpowiedzialność i styl», Варшава, 1967). — Он сокрушался по поводу самоуверенности и некомпетентности царского посланника. Сожалел, что дипломаты не читают отчетов миссионеров. Обращал внимание на то, сколь значимы различия в менталитете и методах управления. Позднее он также подготовил памятную записку для азиатского департамента в Петербурге, где особое внимание уделил перспективам экономического развития Сибири».
23 декабря 1815 года, терзаемый невралгическими болями и страхом потерять рассудок, Потоцкий покончил с собой. Настоящую дату смерти Потоцкого впервые сообщили Франсуа де Россе и Доминик Триер в его биографии («Ян Потоцкий», 2004; польское издание 2006). Из описания Станислава Холоневского, который видел тело Потоцкого спустя несколько часов после трагедии, следует, что тот выстрелил себе в голову из старого пистолета, который зарядил свинцовым шариком, отпиленным от крышки какой-то емкости.
Пистолет был искорежен, видимо, в результате взрыва. Эдмунд Хоецкий предположил, что Потоцкий использовал свинцовый шарик, потому что в тот момент ничего другого у него под рукой не оказалось. Свидетели, с которыми разговаривал Хоецкий, ничего не упоминали о том, что эту пулю якобы освятил ксендз. Миф об отломанном от крышки сахарницы серебряном шарике, который эксцентричный граф якобы собственноручно полировал, чтобы убить себя, возник много позже. Непроверенный слух, будто бы «Потоцкий со своей серебряной и освященной самоубийственной пулей смотрит с полей “Рукописи, найденной в Сарагосе” на божественно-человеческую комедию» популяризировал в Польше, в частности, Густав Херлинг-Грудзинский.
Ян Потоцкий был похоронен 1 января 1816 года (20 декабря 1815 года по юлианскому календарю) в притворе костела в Пикове.
Ян Потоцкий известен прежде всего как автор философско-фантастического романа «Manuscrit trouvé à Saragosse» (1805, «Рукопись, найденная в Сарагосе»), написанного в персидско-арабском стиле — с так называемой «шкатулочной» структурой, когда из одного мотива вырастает другой, из него – следующий и т. д. Это сочинение существовало в трех версиях. Первый фрагмент, в котором действие происходит в течение 13 дней, Потоцкий опубликовал в Петербурге весной 1805 года. Другая версия, относящаяся к 1804 году, охватывает 45 дней и не имеет окончания, а в тексте 1810 года описывается 61 день.
Польская каноническая версия 1847 года в переводе Эдмунда Хоецкого состоит из 66 дней (дополнительные пять дней были скомпилированы из разных версий текста). Более позднее польское издание подготовил Ян Ленартович (1917, три тома).
Сочинение Потоцкого популяризировал режиссер Войцех Ежи Хас своей выдающейся экранизацией («Рукопись, найденнаяв Сарагосе», 1964). В 1992 году шестичасовой спектакль по мотивам «Рукописи…» поставил в краковском Старом Театре Тадеуш Брадецкий. Жизнь и творчество Потоцкого послужили Брадецкому материалом для театрального романа «Сарагоса», поставленного в Варшавском Национальном театре (1998). На сайте корпорации ha!art можно найти сетевую постановку «Рукописи…» Мариуша Писарского с графикой и иллюстрациями Якуба Недзели.