Od momentu opuszczenia akademii angażował się w liczne wydarzenia życia artystycznego, ale po krótkim okresie poszukiwań zdecydował się na własną drogę. Brał udział w wystawach i spotkaniach, które decydowały o obliczu polskiej sztuki lat 50. i 60. (III Wystawa Sztuki Nowoczesnej - Warszawa 1959; I Plener Koszaliński - Osieki 1963), ale nigdy nie identyfikował się z doświadczeniami awangardy. Zawsze potrafił utrzymać indywidualny charakter swoich dzieł, które zachowywały wyjątkową oryginalność, samodzielność zarówno na tle polskiej, jak europejskiej sztuki nawiązującej do surrealizmu (podczas pobytu w Paryżu w 1962 roku Makowski zetknął się z André Bretonem oraz członkami międzynarodowego ugrupowania Phases). były to jednak bardziej nawiązania do poetyki niż idei. Wzorem surrealistów, Makowski odwoływał się do swobody skojarzeń, pozornie rozluźniał kompozycję obrazów, która jednak zawsze była starannie przemyślana. Inaczej jego kombinatoryczne zestawienia nie mogłyby oddziaływać z całą siłą skondensowanych znaczeń, a ta cecha (i zarazem zaleta) jego malarstwa - przy wizualnej urodzie i ogromnym ładunku liryzmu - wydaje się nadrzędna.
W swoich kompozycjach malarz łączył liczne cyfry, rozmaitego kroju litery, różnorakie, niejednokrotnie skomplikowane, formy geometryczne, uproszczone znaki przedmiotów (np. klucz - "Biały płomień", 1971; drabina - "Drugi balkon", 1972; płomień - tryptyk "A Giordano Bruno", 1976), akcenty figuratywne (m.in. postacie zwierząt, wizerunki kobiet) czy znane tylko sobie symbole.
Znajdą się tam - pisał o jednej z prac Mieczysław Porębski - różnej gęstości siatki, sploty, woale, wymyślne plecionki, przesypujące się z ukosa paciorki, toczące się sześcienne konstrukty, koliste rozety i prostopadłe, krzyżujące się na wprost lub diagonalnie podziały. Rzucone w to wszystko klamrowate, mniej lub więcej skomplikowane obudowania, schody, schodki, prowadzące w bok albo w górę tunele, wynurzające się dołem studnie, w tle jednej z nich arkadowy portyk; spiralny labirynt, piramida, sterczące ostrza obelisków. [...] Sypiące się zewsząd graniaste beleczki, czasem wydrążone, czasem zakończone jakby pazurem czy może raczej płomykiem. Przebiegające całe kwatery nagłym, niespodziewanym czarno-białym zygzakiem płomienie.
Chociaż czasem sprawiają one wrażenie układanki o dadaistycznym rodowodzie ("Prześliczna rudowłosa", 1959), są jednak wynikiem niezwykle skrupulatnych przygotowań. Precyzyjne opracowanie jest bowiem warunkiem ich symbolicznego sensu i wspomnianej czytelności przekazu.
Charakterystyczna jest również warsztatowa sprawność, maestria wręcz, z jaką Makowski rysował na rozmaitych materiałach. Często podłoże przedstawień stanowią różne gatunki tkanin (nie tylko codzienne szare płótno, ale niekiedy odświętny aksamit, jak w pracy "1. Maria 2. Ty jesteś", 1962-94). Ze szczególnym upodobaniem malarz wykorzystywał jednak papier, nawet do przygotowywania kompozycji dużych formatów; częstokroć były to arkusze specjalnie preparowane, uszlachetniane, czasem patynowane ("Sen kulisty", 1961). Niebagatelne znaczenie dla ostatecznego efektu całości ma dbałość o rysunek, który wywołuje wrażenie iluzyjności przestrzeni i wzmaga tajemniczy nastrój owych intelektualnych, erudycyjnych całości. Osobną rolę odgrywają rozmiary prac - raz ogromne, innym zaś razem niewielkie. Bez względu jednak na to, czy kompozycje zbliżają się skalą do monumentu, czy też bliższe są miniaturze, uderza ich nasycenie metaforami, co wydaje się zaskakiwać zwłaszcza w przypadku przedstawień najmniejszych ("Sen kulisty", 1963 - 7,7 x 31,4 cm). Autor bowiem nie rezygnował w nich ze swojej ulubionej poetyki łączenia niezależnych drobnych fragmentów w jedną "symultaniczną" całość. Krytycy słusznie piszą, że sztuka Makowskiego jest przykładem "geometrii romantycznej".
Artysta interesował się różnymi dziedzinami nauki (m.in. matematyką), był znawcą wielu kultur, zarówno europejskich, jak azjatyckich, wdzięcznym czytelnikiem poezji, pism filozoficznych i ezoterycznych (interesowała go tradycja kabalistyczna i zjawiska magiczne), ale przede wszystkim był wielkim amatorem sztuki i miłośnikiem muzyki. Doświadczenia wyniesione z obcowania z obrazami dawnych mistrzów, jak też wrażenia z lektur przenosił do gęstej, "polifonicznej" czy - jak sam mówił - "permutacyjnej" struktury swoich obrazów i książek, przeplatając w nich malarskie i literackie (wielojęzyczne) cytaty z prywatną ikonografią.
Powstające w ten sposób zaszyfrowane obrazowo-słowne "traktaty" zawierają elementy wykładów o sztuce, wypisów z "ksiąg użytecznych", jednocześnie zaś stanowią rodzaj artystycznego dziennika. Tyleż odsłaniają fascynacje autora, co równie szczelnie je kamuflują. Prowokują tym samym każdego do indywidualnej wyprawy w tę niezwykłą malarską dżunglę wielorakich sensów. Ich odgadnięcie wymaga od widza-czytelnika szczególnego wysiłku wyobraźni i wiedzy. Dla odbiorcy niewtajemniczonego dzieła artysty stanowią rodzaj szyfrowanych stenogramów, labiryntów bez wyjścia, rebusów, które nie mają rozwiązania. Wskazówki nie znajdzie on także wśród tytułów, które, podobnie jak u surrealistów, często są równie zagadkowe, jak same obrazy ("Vale ergo polia", 1972).
Artysta jest jak dowódca, komenderujący swoim wojskiem: kreskami i kolorami – mówił Zbigniew Makowski. - Dąży do czego? – do zwycięstwa. A zwycięstwem jest wielkie dzieło sztuki. Każde wielkie dzieło sztuki jest zwycięstwem nad słabościami i wątpliwościami. Jak ktoś nie ma wątpliwości to nie jest artystą, tylko psychopatą.
Zawsze jednak może podziwiać ich walory wizualne. Przede wszystkim "matematyczno-muzyczną" kompozycję, której porządek wyznacza ścisły rytm (częste są u Makowskiego podziały podobrazia na regularne, niejako autonomiczne kwatery - kwadratowe pola, współobecne jednak na równych prawach w całym przedstawieniu). Urzekająca jest jubilerska precyzja rysunku. Ujmuje wyrafinowany dobór barw (uderzający też przy zastosowaniu wąskich gam, a nawet w rysunkach monochromatycznych). Wszystkie te cechy tworzą niezwykłą aurę, która emanuje z dzieł malarza.
W 1991 roku rozbudowana kompozycja Makowskiego "Mirabilitas secundum diversos modos exire potest a rebus" (1973-80) została podarowana przez rząd Rzeczpospolitej genewskiej siedzibie ONZ. Malarza uhonorowano też dwukrotnie najbardziej prestiżowymi nagrodami przyznawanymi przez środowiska artystyczne: Nagrodą Krytyki Artystycznej im. Cypriana Kamila Norwida (1973) oraz Nagrodą im. Jana Cybisa (1992). Był związany z krakowską galerią Zderzak, która m.in. jest wydawcą jego unikatowych książek ("Tabula itineraria", 2000).
W roku 2012 został laureatem XI Nagrody im. Kazimierza Ostrowskiego, jednej z najważniejszych nagród dla polskich malarzy. Otrzymał ją "za ponadczasową i uniwersalną malarską wizję rzeczywistości, za ukrytą w jego obrazach poezję, magię, metafizykę form i kolorów oraz za harmonijne połączenie intelektualnego i estetycznego wymiaru sztuki".
Artysta miał około sto wystaw indywidualnych w kraju i za granicą oraz uczestniczył w ponad 200 zbiorowych. Mieszkał i pracował w Warszawie.
Autor: Małgorzata Kitowska-Łysiak, Instytut Historii Sztuki Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, Katedra Teorii Sztuki i Historii Doktryn Artystycznych, luty 2002; akt. sierpień 2019.
Wybrane wystawy indywidualne:
- 1962 - Cepelia Gallery, Nowy Jork
- 1963 - Miami Museum of Modern Art, Miami
- 1964 - Galerie Alice Pauli, Lozanna; Museu de Arte Moderna, Rio de Janeiro; Kunstverein für die Rheinlande und Westfalen, Kunsthalle, Düsseldorf
- 1965 - Kunstmuseum, Sankt Gallen; Galerie Contour, Bruksela; Lunds Konsthall, Lund
- 1966 - Galeria CBWA Zachęta, Warszawa; Muzeum Narodowe, Poznań; Galeria Od Nowa, Poznań; Muzeum Śląskie, Wrocław; Ewangelische Akademie Loccum, Hannover; Galerie Espace, Amsterdam; Galerie Bernard, Solothurn; Galerie Liechti, Solothurn
- 1967 - Biblioteka Uniwersytecka, Wrocław; Galerie Alice Pauli, Lozanna; Galerie Handshin, Bazylea Galleria de Foscherari, Bolonia; Libreria Galleria G. Greco, Mantua; Galerie Bischofberger, Zurych; Marlborough New London Gallery, Londyn
- 1968 - Galeria Arkady, Kraków; Galerie Zodiaque, Genewa; Galeria Katowice PSP – ZPAP, Klub Związku Twórczego, Katowice
- 1970, 1971, 1972 - Galerie Alice Pauli, Lozanna
- 1973 - Kunstverein für die Rheinlande und Westfalen, Kunsthalle, Düsseldorf; Galerie Jeanne Bucher, Paryż; Galerie Alice Pauli, Lozanna
- 1974 - Galeria Sztuki Współczesnej Zapiecek, Warszawa; Galerie Artel, Genewa; Museum of Art, Santa Barbara
- 1978 - Musee des Beaux-Arts, Chaux-de-Fonds Galeria BWA, Opole; Muzeum Narodowe, Wrocław; BWA – Ośrodek Propagandy Sztuki, Łódź; Galeria BWA, Białystok
- 1980 - Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Berlin Instytut Polski, Wiedeń; Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Lipsk Gallery K., Waszyngton
- 1981 - Instytut Kultury Polskiej, Londyn; Instytut Polski, Paryż
- 1989 - Instytut Kultury Polskiej, Londyn
- 1991 - Muzeum Narodowe, Wrocław; Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Bratysława
- 1992 - Galeria ZPAP Na Mazowieckiej, Warszawa; Instytut Kultury Polskiej, Berlin; Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Praga; Instytut Polski, Lipsk; Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Sofia; Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Budapeszt; Ośrodek Informacji i Kultury Polskiej, Moskwa; Instytut Kultury Polskiej, Sztokholm
- 1995 - Galeria Sztuki Współczesnej Zachęta, Warszawa; Błękitna Wystawa z okazji 50-lecia ONZ
- 1996 - Państwowa Galeria Sztuki, Płock; Galerie Alice Pauli, Lozanna; Galeria Zderzak, Kraków
- 1998 - Galeria BWA, Zamość; Galeria Otwarta, Filharmonia Narodowa i Galeria Sztuki Współczesnej Zachęta, Warszawa; 28 stycznia premierowy pokaz filmu o Zbigniewie Makowskim "Index rerum notabilium", scenariusz i reżyseria: Helena Włodarczyk, zdjęcia: Zbigniew Wichłacz
- 2001 - Galeria Zderzak, Kraków; Galeria Krytyków Pokaz, Warszawa
- 2002 - Galeria Kordegarda, Warszawa; Muzeum Piastów Śląskich, Brzeg; Galeria Pod Atlantami, Wałbrzych
- 2003 - Galeria Opus, Wrocław; Galeria Grafiki i Plakatu, Warszawa; Muzeum Sztuki Współczesnej, Oddział Muzeum im. Jacka Malczewskiego w Radomiu
- 2006 - Galeria Zderzak, Kraków
- 2008 - Atlas Sztuki, Łódź; Galeria Malarstwa Akademii Sztuk Pięknych, Kraków; Galeria Zderzak, Kraków; Muzeum Narodowe, Wrocław
- 2010 - Galeria Krytyków Pokaz, Warszawa
- 2012 - Muzeum Narodowe w Gdańsku; Płocka Galeria Sztuki ("Polytropos"); Galeria Sztuki MM, Chorzów; Galeria Zderzak ("Partiti bestia!"), Kraków; Pałac Opatów w Oliwie, Gdańsk