Tomasz Kowalski ukończył studia na wydziale malarstwa krakowskiej ASP (2004–2009). Jest członkiem efemerycznych formacji muzycznych Anna Dymna Ensemble i Masters of the Universe. Mieszka i pracuje w Berlinie i Krakowie.
Kowalski zadebiutował w 2006 roku w krakowskiej Galerii Nova jeszcze jako student. W tym samym roku indywidualną wystawę zorganizowała artyście galeria Żak-Branicka w Berlinie i dalej kariera tego bardzo utalentowanego malarza potoczyła się już błyskawicznie. Rok później miał za sobą udział w zbiorowych wystawach w Niemczech i we Włoszech, jego malarstwo zwróciło uwagę krytyków sztuki i znalazł się wśród grona znakomitych artystów reprezentowanych przez prestiżową galerię berlińską carlier-gebauer.
Kowalski został zaliczony przez krytykę do generacji artystów określonej mianem "zmęczonych rzeczywistością", twórców porzucających obszary codziennego doświadczenia i zwracających się w stronę estetyk nadrealistycznych, onirycznej poetyki, fantazji i surrealistycznych klimatów. Malarstwo tego artysty odznacza się bujnym, oryginalnym językiem zanurzonym w artystycznej tradycji. Obrazy mają złożoną strukturę, nierzadko w formie szkatułkowej o skomplikowanej narracji, bogato rozwijającej się w detalach. Przedstawiają miniaturowe światy, które nie mają odniesienia do realnej rzeczywistości. Istnieje jednak między nimi wyczuwalne powinowactwo wewnętrzne, gdyż Kowalski lubi operować charakterystycznymi motywami, wielokrotnie powracającymi na jego płótnach. Jednym z takich motywów jest postać mężczyzny w kapeluszu i wysokich butach, być może alter ego artysty, która wiruje w tańcu lub odbywa spacer na linie. Często na jego obrazach pojawia się teatralna scena lub kotara, a artysta komponuje postacie i rekwizyty w sposób przypominający ustawienia sceniczne. Aktorami są ludzie wyglądający jak marionetki oddające się niejasnym dla widza czynnościom, może rytuałom, ale także owady, maszyny do malowania obrazów, a nawet całe krajobrazy.
Obrazy Kowalskiego, malowane olejem, gwaszem, akwarelą a nawet plasteliną na płótnie, deskach i papierze wypełniają w dużych ilościach owady, pająki, rozkwita na nich niezwykle bujna roślinność, czasami o fantazyjnych formach, która przywodzi na myśl twórczość Celnika Rousseau. Artysta często maluje bezludne krajobrazy przypominające XVII-wieczne malarstwo holenderskie, wnętrza zapełnione dziwnymi przedmiotami i tajemniczymi machinami. Malowane przez Kowalskiego postacie przypominają manekiny, melancholijne figury często znajdujące się w niebezpieczeństwie, opresji, co doskonale ewokuje klimat trudnego do sprecyzowania zagrożenia. W jego twórczości można się doszukać inspiracji sztuką amerykańskiego samouka i outsidera Henry'ego Dragera, malarza nierealistycznych historii przydarzających się poza czasem historycznym, kreatora całkowicie własnego świata.
Kowalski często podejmuje na płótnach dialog z dawnymi mistrzami, chętnie nawiązuje do malarstwa renesansowego, tworzy martwe natury z motywami wanitatywnymi, trawestuje na płótnach kompozycje Pierra della Francesca ("Cud", 2006), pociągają go hieratyczne pozy na portretach papieży i świętych. Jeden z jego obrazów bez tytułu z 2006 roku przedstawia portret dziewczyny namalowany w konwencji włoskich portretów renesansowych, w tle którego widać górzysty pejzaż. Usta modelki zakrywa olbrzymi pająk – zdążył nawet utkać na jej twarzy pajęczynę. Na obrazach Kowalskiego wyczuwa się echo twórczości Breughla, Watteau i Ensora, jak również dadaizmu, futurystycznych kostiumów Oskara Schlemmera i sztuki Marcela Duchampa. Zdarza się, że na jednym płótnie tego artysty można wyśledzić bardzo różne tropy z historii sztuki, co sprawia, że wydają się niedzisiejsze, jakoby należały do bliżej nieokreślonej przeszłości. Kowalski pokrywa je jeszcze patyną, postarza papier, przeciera tło, aby wyglądało jak pożółkłe od starości. Lubi przygaszone kolory: ugry, sepie, spłowiałe zielenie, brudne błękity, nieco później w jego obrazach pojawia się wyraźna przewaga czerni i czerwienie.
Z czasem Tomasz Kowalski zaczął przenosić w trzeci wymiar niektóre maszyny ze swoich obrazów, stając się konstruktorem obiektów, które wcześniej malował. Drewniane rzeźby – atrapy maszyn artysta wykonuje ze starych materiałów, znalezionych elementów, fragmentów mebli i umieszcza je na wystawach w towarzystwie płócien.
W najnowszych pracach malarskich Kowalski wyraźnie zredukował formę i uprościł kompozycję, docierając czasami wręcz do abstrakcji i monochromu. Chętnie sięga też po inne media i oprócz wspomnianych już rzeźb przypominających maszyny, wykonuje kolaże, wylepia obrazy z plasteliny ("Nokturn", 2009), wosku, tworzy instalacje i eksperymentuje z dźwiękiem (grające rzeźby). W 2009 roku razem z Normanem Leto wziął udział w wystawie "Nocne zwiedzanie" w toruńskim CSW. Pokazał na niej dwa niemal abstrakcyjne obrazy w monochromatycznych tonacjach bieli i czerni, instalację w formie obrazu-reliefu wykonanego z plasteliny oraz drewnianą rzeźbę dźwiękową. Film Normana Leto, zrealizowany we współpracy z Tomaszem Kowalskim, jest w pewnym sensie kontynuacją tego, co widzowie mieli okazję zobaczyć w galeryjnej przestrzeni zagospodarowanej przez pierwszego artystę. Cyfrowa animacja w 3D przedstawiała nieistniejącą wystawę nieistniejących prac Kowalskiego w nieistniejącej przestrzeni galeryjnej, chociaż do złudzenia przypominała nagrany na wideo zapis dokumentacyjny takiego wydarzenia.
„Kominiarz na dachu kościoła” (2011) to pierwsza w Polsce obszerna instytucjonalna prezentacja sztuki Tomasza Kowalskiego. Na ten projekt złożyły się prezentowane na wystawach w Berlinie, Wiedniu i Antwerpii prace z ostatnich dwóch lat oraz premierowe realizacje: asamblaże, reliefy, gwasze, tkaniny artystyczne, rzeźby oraz tytułowe słuchowisko „Kominiarz na dachu kościoła”. W tym mrocznym tekście – niejasnym i budującym słowem ciemny, malowany czernią na czerni obraz – Kowalski wprowadza na scenę postać kominiarza. Tajemnicza i niepokojąca figura jest swoistym dyrygentem „wszystkich rodzajów czerni”, który kieruje podmuchami dymu z komina; za batutę służy mu krawiecka igła. Kominiarz, rzemieślnik pracujący w ciemnej materii sadzy i czeluści, może być odczytany jako alegoria artysty, który poprzez czerń – ciemność – przechodzi „na drugą stronę palety barw”, ku obrazowaniu tego, co niewidzialne i możliwe do zobaczenia wyłącznie zamkniętymi oczami. Jednocześnie igła, szczególny rekwizyt w ręku kominiarza, wiedzie nas do innej ważnej figury w narracji Kowalskiego. Jest nią alegoryczna postać krawca, a na całą wystawę można spojrzeć jak na fantasmagoryczny zakład krawiecki. W tym „zakładzie” powstaje „wystawa jako przebranie”, kostium dla dzieł sztuki, które w teatrze Kowalskiego zostają obsadzone w rolach pożądań, lęków, snów, tego, co wyobrażane i nie wypowiedziane.
Lato 2020, wieś we mgle. Mieszkańcy wyszli na dwór. Zagubieni w delirium patrzą w niebo. Wreszcie widzą wyraźnie. Kawałek pańszczyźnianej ziemi staje się tylko okruchem jednej z planet.
Prace na papierze Tomasza Kowalskiego przedstawione na wystawie „Deliryczny Szczebrzeszyn” powstały latem 2020 roku w tytułowym Szczebrzeszynie. Artysta czytał wówczas o sporyszu – grzybie, nazywanym niegdyś „ogniem Św. Antoniego”, który atakuje uprawy pszenicy. Zjedzenie chleba upieczonego z zatrutej nim mąki powodowało szaleństwo i wprowadzało w halucynacyjny trans.
Rysunki Kowalskiego są proste. Kreska lakoniczna i bezwzględnie trafiona. Utrzymane w przygaszonej, spłowiałej kolorystyce, sprawiają wrażenie niedopowiedzenia. Samotna postać, wygina się i próbuje dostosować do zmieniającej się dynamicznie grawitacji. Chochoły, które symbolizują niepokój nieożywionej materii. Wracają motywy, które towarzyszą artyście od lat.