Ale badania etnograficzne zawiodły grupę także poza granice Polski: do naszych ukraińskich, białoruskich i słowackich sąsiadów, a także do Macedonii. Efekty wypraw w głąb tradycyjnych pieśni i rytuałów grupa prezentowała na seminariach (w latach 90. nosiły one tytuły, które jasno określały spektrum zainteresowań i charakter działalności Węgajt – "Bliższe ojczyzny", "Ścieżki tradycji", "W stronę tradycji żywej"). Lata 90. przyniosły także istotne dla funkcjonowania Teatru Węgajty zmiany: w 1990 roku działalność rozpoczęło Stowarzyszenie "Węgajty", a w 1995 roku w ramach grupy oficjalnie wyodrębniły się dwa nurty – Schola Węgajty pod artystycznym kierownictwem Niklausa i Projekt Terenowy prowadzony przez Sobaszka. Wcześniej, w 1993 roku Węgajty cieszyć się mogły główną nagrodą organizowanego w Cieszynie festiwalu teatralnego "Na Granicy" (po przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej impreza zmieniła nazwę na "Bez Granic").
Spektakle Węgajt od początku projektowane były jako zbiorowe doświadczenia osób, które podjęły trud dostania się na warmiński "koniec świata". Pierwsze widowisko zagrane zostało w 1988 roku, a jego kanwą były teksty wspomnianego Vincenza. "Historie Vincenza o prawdziwym Żydzie, Antychryście i Preoswiaszczennym Metropolicie" łączyły słowo z muzyką, śpiewem i tańcem, a sam spektakl nie kończył bynajmniej wieczoru w Węgajtach, co opisywała Aldona Mikulska:
Jak zwykle w Węgajtach spektakl dopiero rozpoczyna spotkanie, które, przekształcając się we wspólną zabawę, potrwa do świtu. Aktorzy po chwili wracają z instrumentami, często przyłączają się do nich muzykujący goście.
Drugim przedstawieniem i zarazem ostatnim przed wewnętrznym podziałem na dwa nurty działalności była "Gospoda ku Wiecznemu Pokojowi" stworzona w formule ludowej gawędy. Spektakl łączył wątki z "Doliny Issy" Czesława Miłosza i fragmenty "Historyi o chwalebnym Zmartwychwstaniu Pańskim" Mikołaja z Wilkowiecka z wierszami Johannesa Bobrowskiego i ludowymi warmińskimi przyśpiewkami. Tadeusz Szyłłejko w "Gazecie Warmii i Mazur" wspominał, że dotarcie na spektakl poprzedziła wędrówka z przewodnikiem niosącym zapaloną latarnię ("szliśmy od miejsca, do którego mógł dojechać autobus, [...] piaszczystą drogą przez ciemne pola, przez ciemny las, pod nocnym, zachmurzonym niebem bez jednej gwiazdy"). Kolejne spektakle Teatru powstałe już w nowym millennium to m.in. "Kalevala – fragmenty niepisane" na podstawie fińskiego eposu narodowego (2001), "Upiorny całun" będący interpretacją Mickiewiczowskich "Dziadów" (2002) i "Synczyzna", której scenariusz bazował "Ślubie" i "Trans-Atlantyku" Gombrowicza (2004). Kolejną dekadę naznaczyło ważne w historii grupy wydarzenie – zainaugurowanie Innej Szkoły Teatralnej, projektu edukacyjnego prowadzonego w formie warsztatów oferujących zgłębianie technik teatralnych i performatywnych wywodzących się z kolędowania. Ważną częścią działalności szkoły (wśród jej adeptów znajdziemy zarówno osoby doświadczone na polu teatru, jak i nowicjuszki i nowicjuszy) są wspólne wyprawy. O Szkole przeczytamy m.in. w tekście "Stowarzyszenie, szkoła, spółdzielnia – wielogłos Teatru Węgajty" Magdaleny Hasiuk i Joanny Kocemby-Żebrowskiej:
Adepci IST przyjmując role kolędników, wołoczebników, zapustników, wchodzą w inny, >>egzotyczny<< z punktu widzenia współczesnego wielkomiejskiego trybu życia (a takie są doświadczenia większości adeptów) świat – kosmos, w inne relacje międzyludzkie, odkrywają nie tylko inny wymiar działania w społeczności, ale także inny wymiar życia.
Działalność Scholi Teatru Wiejskiego Węgajty skupiona była natomiast od początku na rekonstrukcji i wykonawstwie dawnych form liturgicznych (przede wszystkim śpiewu chorałowego), a u jej źródeł leży zwrot ku oficjalnej sztuce Kościoła (w przeciwieństwie do Projektu Terenowego, który kontynuował i kontynuuje pierwotne, a zatem ludowe i tradycyjne, niezwiązane z instytucjami religijnymi założenia Teatru Węgajty). Jak pisze Tadeusz Kornaś, badacz teatru alternatywnego i dramatu liturgicznego, dziś oba te nurty "stoją na całkowicie odmiennych pozycjach światopoglądowych i estetycznych i właściwie mogłyby spotkać się po dwóch stronach barykady". Mimo to zespoły pozostają częścią jednego Stowarzyszenia, a oprócz struktury organizacyjnej łączy je m.in. skupienie na duchowości i przekonanie o znaczeniu tradycji.
Badacze zauważają, że z czasem koncentracja Teatru Węgajty na ludowym rytuale ustąpiła nieco miejsca spojrzeniu na teraźniejszość i w przyszłość – na aktualne problemy społeczne, kwestię wykluczenia i grożący nam krach klimatyczny. Świadczą o tym takie przedsięwzięcia jak inauguracja festiwalu Wioska Teatralna ("Stwierdziliśmy, że jako teatr ponosimy odpowiedzialność za rozwój społeczny", powiedziała Erdmute Sobaszek w kontekście początków imprezy), czy spektakl "Ziemia B", którego sceny "skompilowane zgodnie z techniką kolażu, według metody paranoiczno – krytycznej Salvadora Dali" odnosiły się do człowieczej ignorancji względem postępującego zniszczenia środowiska naturalnego. Co ciekawe, spektakl ten powstał w 2011 roku, a więc kilka lat przed wyraźnie zauważalnym w głównym nurcie boomem na spektakle poruszające kwestie ekologiczne i klimatyczne (wcześniej Węgajty zaprezentowały też "Wodę 2030", widowisko-spekulację wokół roli wody w niedalekiej przyszłości).
W relacji z siódmej edycji Wioski Teatralnej, którą opublikowała w Dwutygodniku Joanna Wichowska o wydarzeniu, w którym brali udział m.in. pensjonariusze Domu Pomocy Społecznej, dzieci uchodźcze i mieszkanki falenickiego Zakładu Poprawczego pisała jako o "małej rewolucji", wskazując na polityczną moc pozornie oddalonego od centrum wydarzeń festiwalu:
Skupiając w jednym miejscu tak wielu różnych ludzi, których Bauman nazwałby >>społecznie bezdomnymi<<, i pokazując >>reszcie świata<<, jak dużo mają oni do powiedzenia, [...] organizatorzy festiwalu formułują bardzo wyraźny sprzeciw: nie tylko wobec wszelkich rasizmów i szowinizmów, ale też wobec inercji i bezradności ("każdy może coś zrobić"), a przede wszystkim przeciw zadufaniu, ślepocie i samozadowoleniu sytych i bezpiecznych.
Innym zaangażowanym społecznie działaniem Węgajt jest funkcjonujący od 2008 roku Teatr Potrzebny, w ramach którego powstają projekty we współpracy z Domem Pomocy Społecznej w Jonkowie, dużej wsi nieopodal Węgajt będącej siedzibą gminy. Z mieszkańcami DPS Węgajty zrealizowały spektakle na podstawie tekstów Gombrowicza czy Schulza. Ten kierunek związany z działaniem na granicy między tworzeniem a edukacją i animacją kultury twórcy Węgajt utożsamiają z "trzymaniem się źródła energii, żywości i pomysłowości".
Teatr Węgajty mimo przemian (nie tylko wewnętrznych, związanych z obraną estetyką, ale i organizacyjnych i ekonomicznych) pozostaje niezwykle cennym punktem na kulturalnej mapie Warmii, stanowiąc przeciwwagę dla głównonurtowego teatru dużych ośrodków miejskich. Twórcy Węgajt stworzyli przestrzeń prawdziwie alternatywną, ceniącą nie tyle silną osobowość autorską, ile wspólnotowy proces i świadomość relacyjności bycia (człowiek jako część ekosystemu). W tym przypadku fraza "więcej niż teatr" nie będzie pustą, metaforyczną etykietą, ale określeniem realnie oddającym spektrum działalności grupy.