Studiował w Konserwatorium Warszawskim, uzyskując dyplomy z teorii muzyki (1934) i kompozycji (1937) w klasach Kazimierza Sikorskiego oraz z fortepianu (1937) w klasie Jerzego Lefelda. Odbył też dwuletnie studia z zakresu polonistyki i roczne - filozofii na Uniwersytecie Warszawskim (1929-31). W latach 1938-39 pogłębiał studia kompozytorskie w Paryżu. Podczas okupacji uczestniczył w tajnym życiu muzycznym. W 1945 założył pismo "Ruch Muzyczny", którego był redaktorem naczelnym do 1948. W latach 1945-49 wykładał przedmioty teoretyczne w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie.
Obok działalności kompozytorskiej uprawiał działalność publicystyczną (m.in. od 1945 pisał felietony w Tygodniku Powszechnym), a także krytykę i publicystykę muzyczną. Jest autorem wielu książek o tematyce muzycznej oraz utworów literackich publikowanych w kraju i za granicą (również pod pseudonimami Teodora Klona i Tomasza Stalińskiego). W latach 1957-65 był posłem na Sejm PRL. W latach 1973-78 odbywał podróże zagraniczne m.in. po Stanach Zjednoczonych, Kanadzie, Francji, Anglii, Włoszech, Skandynawii, gdzie wygłaszał odczyty na tematy związane z kulturą polską.
Był autorem między innymi powieści: "Sprzysiężenie", "Zbrodnia w dzielnicy północnej", "Widziane z góry"; szkiców muzycznych: "Gwiazdozbiór muzyczny"; zbiorów felietonów: "Rzeczy małe", "100 razy głową w ścianę", "Materii pomieszanie"; oraz najsłynniejszych: "Abecadła Kisiela" i "Dzienników". W 1990 r. ustanowił nagrodę swojego imienia (Nagroda Kisiela), która przyznawana jest do dziś (wśród laureatów między innymi: Władysław Bartoszewski, Jerzy Waldorff, Jerzy Giedroyc, ks. Józef Tischner, Lech Wałęsa, Stanisław Tym, Jan Nowak-Jeziorański).
Stefan Kisielewski był laureatem II nagrody na Festiwalu Muzyki Polskiej w 1955 za "Koncert na orkiestrę kameralną" (1949), I nagrody na konkursie na pieśń Mickiewiczowską w 1955 za "Bakczysaraj w nocy" na głos i fortepian (1955), Nagrody Muzycznej miasta Krakowa w 1956, Nagrody Fundacji Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku w 1973, Nagrody im. Andrzeja Struga w Warszawie w 1979, Nagrody Związku Kompozytorów Polskich w 1982, Nagrody Fundacji Schmidheinystiftung w St. Gallen w 1983 za całokształt twórczości oraz prywatnej nagrody publicystycznej im. Adolfa Bocheńskiego w 1988.
