W latach 1963-68 studiował kompozycję pod kierunkiem Krzysztofa Pendereckiego oraz teorię muzyki w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie, którą ukończył z wyróżnieniem.
Był laureatem wielu konkursów kompozytorskich, m.in. Międzynarodowego Konkursu Fundacji "Gaudeamus" (1968), Konkursu im. Artura Malawskiego (1968, I nagroda), Międzynarodowego Konkursu "Komitetu Solidarności" w Skopje (1969), Konkursu im. Karola Szymanowskiego (1974, I nagroda). Trzykrotnie został wyróżniony na Międzynarodowej Trybunie Kompozytorów UNESCO w Paryżu: w 1974 - za utwór Neusis II na 2 zespoły wokalne, perkusję, wiolonczele i kontrabasy (1968), w 1979 - za utwór Divertimento na kameralną orkiestrę smyczkową (1978) oraz w 1990 - za 2. Kwartet smyczkowy (1972). W 1976 otrzymał Nagrodę Muzyczną Miasta Moenchengladbach, w 1979 - Nagrodę miasta Krakowa, w 1981 - Nagrodę II stopnia Ministra Kultury i Sztuki, w 1984 - Nagrodę Związku Kompozytorów Polskich, w 1989 - Nagrodę Ministra Kultury i Sztuki za twórczość dla dzieci, w 1990 - Nagrodę Fundacji im. Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku, w 1996 - Nagrodę Wojewody Krakowskiego, w 1997 - Nagrodę Fundacji Ruth i Ray Robinson "Excellence in Teaching", w 1999 - Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, w 2000 - Nagrodę Ministra Kultury i Sztuki, w 2001 - Złoty Medal Ministra Obrony Narodowej "Za zasługi dla Obronności Kraju".
Poza komponowaniem Marek Stachowski zajmował się pracą dydaktyczną. Od 1967 prowadził klasę kompozycji w Akademii Muzycznej w Krakowie, gdzie w latach 1993-99 oraz od 2002 aż do śmierci piastował również funkcję rektora. W 1981 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. W 1975 wykładał kompozycję na Yale University, w 1978 - na letnich kursach w Durham, a od 1979 w Instytucie Muzykologii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Prowadził także seminaria podczas Gaudeamus Music Week w 1979 i 1984 oraz kursy kompozytorskie w Rubin Academy of Music and Dance w Jerozolimie w 1987. W 1994 wygłosił cykl wykładów na uniwersytetach w Korei Południowej. Zasiadał w jury wielu międzynarodowych konkursów kompozytorskich i wykonawczych.
Droga twórcza Marka Stachowskiego obrazuje jak w pigułce koleje losu muzyki polskiej w II połowie XX wieku. W 1963 roku, w czasie studiów u Krzysztofa Pendereckiego, Marek Stachowski pisze 1. Kwartet smyczkowy o klasycznej niemal formie i neoklasycznej stylistyce. W "dorosłej" muzyce polskiej czas neoklasycyzmu minął wprawdzie już dość dawno i od kilku lat niepodzielnie rządzi sonorystyczna awangarda, ale i w twórczości rozwijającego się szybko studenta jej charakterystyczne cechy wkrótce się pojawią. Tak jest choćby w następnym utworze na kwartet smyczkowy, Musica per quartetto d'Archi z 1965 roku, w którym odnaleźć można echa Trenu ofiarom Hiroszimy, Polymorphii i Fluorescencji Pendereckiego. Warto jednak zwrócić uwagę, że idea sonoryzmu nie przybiera u Stachowskiego nigdy ekstremalnej postaci. Nietypowe sposoby artykulacji czy śmiałe efekty brzmieniowe w postaci klasterów, szmerów i skomplikowanych wielodźwięków łagodzone są zazwyczaj mniej lub bardziej tradycyjnymi układami harmonicznymi. Nowe środki są przez kompozytora traktowane jako środki właśnie, a nie jako cel sam w sobie.
Kulminacją sonoryzmu Marka Stachowskiego jest z pewnością Poème sonore z roku 1975, ale jest to zarazem ostatni utwór "okresu sonorystycznego" w jego twórczości. Właśnie w połowie lat siedemdziesiątych następuje w niej wyraźny odwrót od haseł awangardy. Powstałe w roku 1978 Divertimento jest niemal manifestem "nowego klasycyzmu". Ale znów trzeba zwrócić uwagę, że postawa Marka Stachowskiego nie jest ekstremalna. Wiele z wypracowanych w okresie sonorystycznym środków kompozytor zachowuje, łącząc je z elementami neotonalności i klasycznej polifonii. Muzyka Stachowskiego nie traci przy tym swoich charakterystycznych rysów: cechuje ją przejrzystość konstrukcji, elegancja brzmieniowa i wyrazisty nastrój. O preferencjach stylistycznych Stachowskiego wiele mówią trzy utwory zdradzające zainteresowania kompozytora kulturą śródziemnomorską: Choreia na orkiestrę symfoniczną (1980), Madrigali dell'Estate na głos i trio smyczkowe (1984) i Ody safickie na mezzosopran i wielką orkiestrę symfoniczną (1985). Wszystkie tworzą niezwykle subtelny nastrój.
Ważniejsze kompozycje:
- Kwartet smyczkowy nr 1 (1963)
- Pięć zmysłów i róża na głos i 4 instrumenty (1964)
- Musica de camera na flet, wiolonczelę, harfę i perkusję (1965)
- Musica per quartetto d'Archi (1965)
- Najdzielniejszy z rycerzy opera dla dzieci w 3 aktach na sopran, tenor, 2 barytony, bas, chór mieszany i orkiestrę (1965)
- Musica con una battuta del tam-tam na orkiestrę (1966)
- Reicercar 66 na organy koncertujące i orkiestrę kameralną (1966)
- Sequenze concertanti na wielką orkiestrę symfoniczną (1968)
- Neusis II na 2 zespoły wokalne, perkusję, wiolonczele i kontrabasy (1968)
- Chant de L'Espoir na głos recytujący, sopran, baryton, chór chłopięcy, chór mieszany i wielką orkiestrę symfoniczną (1969)
- Irisation na wielką orkiestrę symfoniczną (1969-1970)
- Audition na flet, wiolonczelę i fortepian (1970)
- Extensions na fortepian (1971)
- Słowa... na głosy solo, chór mieszany i wielką orkiestrę symfoniczną (1971)
- Kwartet smyczkowy nr 2 (1972)
- Musique solennelle na orkiestrę symfoniczną (1973)
- Śpiewy thakuryjskie na chór mieszany i orkiestrę (1974)
- Poème Sonore na orkiestrę symfoniczną (1975)
- Ptaki na sopran i instrumenty (1976)
- Divertimento na kameralną orkiestrę smyczkową (1978)
- Odys wśród białych klawiszy dla dzieci na fortepian (1979)
- Quartetto da ingresso (1980)
- Choreia na orkiestrę symfoniczną (1980)
- Symfonia pieśni tęsknotą uświęconych na sopran, chór mieszany i orkiestrę (1981)
- Amoretti na głos, lutnię i viola da gamba (1981-82)
- Pezzo grazioso na kwintet dęty (1982)
- Madrigali dell'Estate na głos i trio smyczkowe (1984)
- Capriccio per orchestra (1984)
- Ody safickie na mezzosopran i wielką orkiestrę symfoniczną (1985)
- Musique en quatre scenes na klarnet i kwartet smyczkowy (1987)
- Concerto per violoncello ed orchestra d'Archi (1988)
- Jubilate deo na chór mieszany i organy (1988)
- Kwartet smyczkowy nr 3 (1988)
- Chamber concerto na flet, klarnet, skrzypce, wiolonczelę, perkusję i fortepian (1989)
- Magiczne kuranty muzyczna baśń dla dzieci (balet) (1989)
- Z księgi nocy I, II, III na orkiestrę symfoniczną (1990-2000)
- Sonata per Archi (1991)
- Tre intermezzi per trio d'Archi (1993-1994)
- Musica festeggiante per quartetto d'Archi (1995)
- Quodlibet per trio a fiato (1995)
- Tastar e canzona per violoncello e pianoforte (1996)
- Cinq petites valses na fortepian (1997-98)
- Jeu parti na skrzypce i fortepian (1998)
- Sinfonietta per archi (1998)
- Concerto per viola ed orchestra d'archi (1998)
- Recitativo e la preghiera [wersja I] na wiolonczelę i orkiestrę smyczkową (1999)
- Adagio ricordamente [wersja I] na wiolonczelę i fortepian (1999)
- Vivat Maj! 3 Maj! na chór mieszany a cappella (1999)
- Marsz wolności na chór mieszany a cappella (1999)
- Trio na klarnet, wiolonczelę i fortepian (1999-2000)
- Recitativo e la preghiera [wersja II] na wiolonczelę i fortepian (2000)
- Campanae Cracovienses na 25 dzwonów krakowskich kościołów (2000)
- Kwartet smyczkowy nr 4 „Quando resta l'estate" (2001)
- Trzy interludia na klarnet i fortepian (2001)
- Felicitamento na kwartet smyczkowy (2001)
- Concertino claricellato na klarnet, wiolonczelę i orkiestrę smyczkową (2001)
- Adagio ricordamente [wersja II] na wiolonczelę i orkiestrę smyczkową (2001)
- Concerto per percussioni ed orchestra (2002)
- Miroir du Temps (Hommage à Olivier Messiaen) na skrzypce, klarnet, wiolonczelę i fortepian (2002-2003)
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, styczeń 2002; aktualizacja: listopad 2008