Urodził się 27 maja 1971 roku w Warszawie. Ukończył z wyróżnieniem kompozycję w klasie Mariana Borkowskiego (1996) oraz dyrygenturę w klasie Ryszarda Dudka (1997) w Akademii Muzycznej w Warszawie. Swoje umiejętności dyrygenckie doskonalił m.in. na kursach mistrzowskich Jurija Simonova w Budapeszcie, Gianluigi Gelmettiego w Accademia Musicale Chigiana w Sienie, Zoltána Peskó i László Tihanyi podczas International Bartók Seminar w Szombathely. Uczestniczył też w kursach dla młodych kompozytorów, m.in. w Wakacyjnych Kursach w Kazimierzu Dolnym (organizowanych przez Polskie Towarzystwo Muzyki Współczesnej), Spotkaniach Młodych Kompozytorów w Apeldoorn w Holandii (organizowanych przez Fundację Gaudeamus) i Międzynarodowych Kursach Muzyki Komputerowej w Warszawie.
W swojej twórczości wykorzystuje często doświadczenia pozaeuropejskich kultur muzycznych oraz orientalne instrumentarium. Jego utwory wykonywane były na festiwalach, takich jak "Droga" w Gdańsku, "Warsztaty Perkusyjne" w Bydgoszczy, "Alkagran" w Czechowicach-Dziedzicach, "Conversatorium" w Legnicy, "Laboratorium Muzyki Współczesnej" w Białymstoku, "Musica Polonica Nova" we Wrocławiu, "Jeunesses Musicales" w Kielcach, Warszawskie Spotkania Muzyczne, "Europe-Asia" w Kazaniu w Tatarstanie, "Dwa Dni i Dwie Noce Nowej Muzyki" w Odessie, "Roaring Iloofs" w Mongolii, "Sound Ways" w St. Petersburgu, Composium w Tokio, Białoruska Jesień Muzyczna w Mińsku, Światowe Dni Muzyki w Hongkongu.
Równolegle z pracą twórczą Maciej Żółtowski prowadzi działalność dyrygencką. Był założycielem, a także – w latach 1989-95 – dyrygentem Orkiestry Kameralnej Jeunesses Musicales "Con Spirito", z którą koncertował w kraju i za granicą oraz dokonał wielu prawykonań utworów młodych kompozytorów polskich. Następnie współpracował z Polską Orkiestrą Jeunesses Musicales, z którą dokonał wielu nagrań muzyki polskiej. Niektóre z nich zarejestrowane zostały na trzech płytach wytwórni Acte Préalable.
Ponadto pracował z wieloma orkiestrami w kraju i za granicą, w Europie, Azji i Ameryce Północnej: Deutsches Kammerorchester Berlin, Vogtland Philharmonie (Niemcy), Lisbon Metropolitan Orchestra (Portugalia), Liszt-Wagner Orchestra, Matáv Symphony Orchestra (Budapeszt), North Hungarian Symphony Orchestra w Miskolc, Savaria Symphony Orchestra w Szombathely, Sofia Festival Orchestra, Shumen State Symphony (Bulgaria), Wuhan Symphony Orchestra (Chiny), Pilsen Philharmonic (Czechy), Sinfonia Finlandia Jyväskylä, Mikkeli City Orchestra (Finlandia), Las Colinas Symphony Orchestra, Symphony Arlington, Garland Symphony Orchestra (USA), Krasnoyarsk Symphony Orchestra, Voronezh Philharmonic Orchestra (Rosja), Orchestra Filarmonica Nino Rota, Orchestra da Camera del Trasimeno (Włochy), Orquesta Sinfónica del Estado de México, Orquesta de Cámara de Bellas Artes, Orquesta Sinfónica de la Universidad de Guanajuato, Orquesta Sinfónica de la Universidad Autónoma de Nuevo León, Orquesta Sinfónica de Yucatán (Meksyk), Çukurova State Symphony Orchestra (Turcja), z orkiestrami polskich filharmonii: Białostockiej, Bałtyckiej, Jeleniogórskiej, Kieleckiej, Koszalińskiej, Olsztyńskiej, Poznańskiej, a także z Polską Orkiestrą Radiową, Narodową Orkiestrą Symfoniczną Polskiego Radia w Katowicach, Płocką Orkiestrą Symfoniczną oraz z Orkiestrą Akademii Beethovenowskiej. Koncertował również z Zespołem Kameralistów Polskich "Camerata Vistula", Warszawską Grupą Perkusyjną i Wota Percussion Group.
W latach 2002-2005 Maciej Żółtowski był dyrektorem artystycznym i pierwszym dyrygentem Cyprus State Orchestra, z którą poprowadził przeszło 80 koncertów, przedstawień baletowych i operowych, a także kilka tournée zagranicznych, m.in. do Francji, Wielkiej Brytanii, Danii i Grecji. Współpraca ze Steinway Club – Cyprus zaoowocowała utrwalonymi na płytach koncertami z takimi artystami, jak Dimitris Sgouros i Thomas Duis oraz kompozycją "Koncert na dziesięć fortepianów i orkiestrę".
Od 2007 roku pełni funkcje dyrektora naczelnego i artystycznego Radomskiej Orkiestry Kameralnej. W 2009 roku ukazała się pierwsza płyta zespołu "Grażyna Bacewicz - works for chamber orchestra, vol. I", zawierająca m.in. premierowe nagranie orkiestrowej wersji I Kwintetu fortepianowego z pianistą Bartłomiejem Kominkiem, wydana przez DUX Recording Producers. Krążek ten uzyskał nagrodę "Excepcional" hiszpańskiego magazynu "Scherzo" i "Pięć kamertonów" we francuskim magazynie "Diapason". Płyta została też nominowana do nagrody polskiej Akademii Fonograficznej Fryderyk 2009 oraz do International Classical Music Awards 2011 (d. Midem Classical Awards).
Za swoją działalność artystyczną otrzymał dwukrotnie w 1993 i 1994 stypendium Ministra Kultury i Sztuki, w 1995 – Stypendium im. Tadeusza Bairda, w 2000 – Stypendium dla Młodych Dyrygentów Japońskiej Fundacji Muzycznej JESC, zaś w 2002 – Stypendium Funduszu Popierania Twórczości w Ministerstwie Kultury. W 1995 zdobył II nagrodę na Ogólnopolskim Konkursie Młodych Kompozytorów "Musica Sacra" za "Victimae paschali laudes" na chór mieszany (1994). Jest także finalistą Międzynarodowego Konkursu Kompozytorskiego "Next Millenium" im. Toru Takemitsu w Tokio w 1999, podczas którego prezentowane były jego "Cztery utwory" na orkiestrę (1994) oraz półfinalistą X Międzynarodowego Konkursu Dyrygenckiego Telewizji Węgierskiej im. Jánosa Ferencsika w 2002. W tym samym roku został odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi. W 2011 roku otrzymał Radomską Nagrodę Kulturalną.
Maciej Żółtowski ma również bogate doświadczenie pedagogiczne. W latach 1996 - 2004 prowadził wykłady w Akademii Muzycznej w Warszawie. Od 2005 roku jest wykładowcą w Cyprus College w Nikozji. Od 2008 roku organizuje w Radomiu co roku Międzynarodową Akademię Dyrygentów, podczas której prowadzi wykłady wraz z innymi mistrzami batuty.
Ponadto w latach 1994-96 był przewodniczącym Koła Młodych Związku Kompozytorów Polskich, a w latach 1996-97 członkiem Kolegium Muzycznego Polskiego Radia. Był sekretarzem generalnym (1995-2000) i prezesem Stowarzyszenia Polskiej Młodzieży Muzycznej Jeunesses Musicales (2001-2003). Sprawował także funkcję sekretarza Oddziału Warszawskiego Związku Kompozytorów Polskich. Od 2010 roku jest prezesem Polskiego Towarzystwa Muzyki Współczesnej.
Ważniejsze kompozycje:
- Gow', poemat symfoniczny na chór i wielką orkiestrę (1990)
- Affecti na skrzypce i flet tenorowy prosty (1991)
- Quincunx na flet, klarnet, dwa puzony i kontrabas (1992)
- Quartetto per strumenti da corde na kwartet instrumentów mongolskich (1993)
- Tantra na kwintet wokalny i organy (1993)
- Anagoge per sarangi, percussione ed organo (1994)
- Beg-tse na perkusję solo (1994)
- Thang-ka na taśmę (1994)
- Victimae paschali laudes na chór mieszany a cappella (1994)
- Cztery utwory na orkiestrę (1994)
- Emet na skrzypce i media elektroniczne (1995)
- Beg-tse II na kwartet perkusyjny (1995)
- Koncert klawesynowy (1995)
- De libertate humana - Parts I per due cori misti, complesso di musica antica, complesso di musica moderna ed orchestra grande (1996)
- Frühlingswinter, pieśń na baryton, klarnet i fortepian (1997)
- Wiepers Dorf, pieśń na baryton, klarnet i fortepian (1997)
- Intermezzi I na fortepian (1997)
- Intermezzi II na fortepian (1998)
- Intermezzi III na fortepian (1999)
- Praeludium I na skrzypce (1999)
- Zwischen Zeiten, projekt audiowizualny do tekstów Plotyna z instalacją świetlną na 4 perkusje, 4 oboje, 4 klarnety i taśmę (1999)
- Passacaglia na fortepian (2000)
- Praeludium Ii na skrzypce (2000)
- Uwertura na zespół parkusyjny (2001)
- Ballad Sakegura na fortepian (2002)
- Madrigal na chór mieszany i kwartet smyczkowy (2007)
- Cadenza I i II na flet solo (2009)
- Cadenza I i II na obój solo (2009)
- Ku Muzom na chór żeński a cappella do słów J. Kochanowskiego (2015)
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, wrzesień 2002; aktualizacja: lipiec 2016, AG.