Ostatnia wspólna prezentacja grupy Koła Klipsa miała miejsce w 1990 roku w warszawskiej Zachęcie podczas wystawy "Galerie lat 80.". Knaflewski już w następnym roku zaprezentował swoją indywidualną wystawę w Galerii Obraz w Poznaniu. Prace, które tam pokazał, były sygnowane pseudonimem-skrótem "Knaf", używanym przez artystę także później. W 1993 roku w Galerii BWA Arsenał w Poznaniu miała miejsce duża wystawa Knaflewskiego, złożona z przestrzennych, rzeźbiarskich i reliefowych struktur o wielowarstwowych i niejednoznacznych sensach. Sam artysta mówił o tej ekspozycji:
Cała wystawa oparta jest na prostych zasadach: czy ktoś za nami tęskni, czy nas kocha. Przemijanie: śmierć, narodziny. Znikanie i powrót do bezpieczeństwa. Czy jeteśmy w kręgu światła, czy poza nim. To chęć wyjścia poza krąg bezpieczeństwa i powrót do niego.
Prace Knaflewskiego z trudem poddają się interpretacji i analizie, są natomiast otwarte na skojarzenia, silnie oddziałują na wyobraźnię widza. W latach 90. powracającym motywem jego twórczości były formy korzenne, o symbolice związanej z siłami życiowymi, wzrostem, pędem ku górze. Artysta często nadawał im formę krzyża i traktował jako metaforę ciała ludzkiego. W pracy "Para" (1990) dwa długie, faliście wijące się korzenie, zwieńczone "głowami" w kształcie krzyża, spoczywają na białej pościeli rozrzuconej na pokrytej błotem posadzce. Korzenie-krzyże, sprawiające wrażenie żywych bytów, przywodzą na myśl parę kochanków w miłosnym zbliżeniu.
W innych pracach Knaflewskiego z tego okresu ("Akt", 1993, "Siedząca", 1994) korzenne formy posłużyły do reinterpretacji klasycznych tematów sztuki. Artysta posługiwał się też maleńkimi korzonkami przypominającymi plemniki. Z setek takich korzonków umieszczonych na płatkach fizeliny powstały "obrazy" składające się na cykl "Kalendarz". W innych pracach zbiory korzonków i przeplatające się z nimi nadpalone zapałki o łebkach skierowanych ku górze tworzyły gąszcz plemnikopodobnych organizmów misternie nałożonych na delikatną siatkę z włosów. Naturalne, organiczne tworzywa prac Knaflewskiego, egzystujące w symbiozie z przedmiotami zapożyczonymi z obszaru kultury materialnej, przeistaczały się w nośniki znaczeń o bardzo ekspresyjnej wymowie, ale trudnych do zwerbalizowania.
Od 1999 roku Knaflewski zaczął wprowadzać do swoich prac dźwięk. Budował obiekty-instrumenty, takie jak np. "Trumna elektryczna", na których grał i z których tworzył akustyczne instalacje przestrzenne. W początkowym okresie "trumnom elektrycznym" towarzyszyły "Partytury" z nutami wykonanymi z korzonków-plemników. Pierwsze działanie z elektryczną trumną odbyło się w Galerii AT w Poznaniu. W późniejszych audioperformensach Knaflewski rozbudowywał warstwę muzyczną. Za każdym razem były to niepowtarzalne wydarzenia z uwagi na dużą rolę partii improwizowanych. Artysta grał na dzwonku, jednej strunie i pudle rezonansowym trumny, generując dźwięki za pomocą systemu wzmacniaczy.
Motyw trumny pojawił się też w pracy Knaflewskiego "Balet biernego oporu" (2000) - instalacji zbudowanej z trzech przezroczystych trumien z pleksi, wypełnionych korzonkami. Nad trumnami wisiała na ścianie bateria prysznicowa z wężem zwieńczonym metalowym szpikulcem.
Trumna jest jednoznacznym znakiem. W swoich działaniach staram się rozszerzyć jego znaczenia – wyjaśniał artysta.
W kolejnych pracach – "Catolic-cola" (2001) i "Killing me Softly" (2005) – Knaflewski podjął dyskusję ze współczesną kulturą konsumpcyjną i klerykalizmem. "Catolic-cola" to monumentalna instalacja przypominająca ścianę za barem. Składa się z podświetlonego kasetonu przedstawiającego konia orzącego ziemię krzyżem oraz wieloelementowej struktury zbudowanej z półek, na których stoją jednakowe szklanki wypełnione błotnistą ziemią. Na szklankach i na lightboxie Knaflewski umieścił tytułowy napis stylizowany na znak graficzny Coca-Coli. Przekształcając krzyż w radło, artysta nawiązał do aktywności kościoła, która oddziałuje w podobnie powierzchowny sposób jak kultura masowa. Marek Wasilewski napisał we wstępie do katalogu Knaflewskiego, że praca ta "w monumentalny i plakatowy sposób eksploruje granice pomiędzy ludowo narodowym katolicyzmem i jego aspektem komercyjnym".
Cykl "Kiling me Softly" (o tytule zapożyczonym z popularnej piosenki Roberty Flack) składa się z serii ośmiu wielkoformatowych, czarno-białych lightboxów, na których artysta pozuje w roli księdza-modela. Perfekcyjnie wykonana sesja zdjęciowa przypomina reklamy luksusowych produktów. Postać kapłana przedstawiona została w wieloznacznych sytuacjach o kontrowersyjnej lub niejasnej na pierwszy rzut oka wymowie, które dość trudno jest odczytywać zgodnie z tradycyjną symboliką chrześcijańską. Knaflewski przebrany w uszytą na miarę sutannę pozuje do zdjęć z twarzą zasłoniętą kominiarką – czytelnym atrybutem terrorystów, uzbrojony w karabin maszynowy, z perłami zamiast zębów, czy wreszcie sterując za pomocą joysticka gołębicą Ducha Świętego, której z główki wystaje antena. Krytyczna wymowa tej wieloelementowej pracy kwestionuje autorytet kapłana, a sam Knaflewski mierzy się z symbolicznym wymiarem tej postaci.
Film "Spirit" (2005) to kontynuacja polemiki z oficjalnym wizerunkiem duchowieństwa. Miejscem akcji jest sala gimnastyczna, gdzie dwie dziewczynki grają w koszykówkę piłką, na której widnieje tytułowy napis. Artysta wcielił się w postać księdza-giganta, zespolonego z koszem długą, czarną tuleją nałożoną na głowę. Czarna postać z zasłoniętymi oczami odgrywa tu rolę sędziego meczu, który zdaje się być nie tyle rozgrywką sportową, co bardziej może grą o władzę, przepełnioną atmosferą erotyki.
W 2008 roku Knaflewski przedstawił w poznańskiej galerii Piekary serię nowych prac pod wspólnym tytułem "Skrzyżowania przeciwko rondom". Składały się na nią instalacje i prace wideo: "White Power", "Nagłe załamanie turystyki", "Złap F", "Cement" i tytułowe "Skrzyżowania przeciwko rondom". W jednej z nich z nałożenia na siebie znaków krzyża i koła powstała forma przywodząca na myśl celownik karabinu. Na wystawie artysta kierował go nie tylko w stronę widza, ale także w swoją: poddawał refleksji społeczne postawy i konformistyczne wybory prowadzące do zniewolenia czy utraty własnej tożsamości, ale pokazywał też w krzywym zwierciadle rolę oraz miejsce artysty w tworzonym dziele i ogólnie w sztuce.
Jeden z najnowszych projektów Knaflewskiego "Oni śpią za nie" (2010) łączy w sobie takie media jak fotografia, prace wideo i obiekty, w dużej mierze pozbawione dającej się racjonalnie odczytać warstwy komunikacyjnej. Wizje Knaflewskiego wyraziste na poziomie wizualnym, ale enigmatyczne znaczeniowo manifestują niemożność porozumienia się, wyartykułowania zrozumiałych sensów. Tytułowy cykl fotografii-obiektów składa się z wielkoformatowych portretów młodych kobiet o komputerowo wymazanych twarzach, w miejscu których wystają z płaszczyzny zdjęć metalowe pręty przypominające ażurowe maski lub kagańce. Artysta nie ukrywa zatem, że zwraca się ku kwestiom niewyrażalnym słowami.
W 2013 roku założone przez artystę Honzę Zamojskiego i kolekcjonerkę Grażynę Kulczyk Wydawnictwo Mundin opublikowało album "Frofenia" z rysunkami Leszka Knaflewskiego. Znalazły się w nim nigdy wcześniej niepublikowane rysunki powstałe w okresie działalności artysty w grupie Koło Klipsa. Tytułowa "frofenia" to słowo wymyślone przez artystę, które odsyła do tej sfery języka wizualnego, w którym wszystko jest możliwe: hybrydalne stworzenia zamieszkujące wymyślone światy, odrealnione sytuacje i niczym nieskrępowana ekspresja.
Pokazane po raz pierwszy w książce rysunki Leszka Knaflewskiego z lat 1983–1990 są niezwykłym odkryciem. Ujawnieniem prywatności, odsłonięciem emocji, uczuć i obrazów, które zachowały swą siłę i moc metafory. Pozwalają nam bliżej przyjrzeć się obrazowym decyzjom Knaflewskiego, jak i złożonym procesom artystycznym, kształtującym polską sztukę tego czasu" – pisze w tekście do książki Waldemar Baraniewski.
