Uczył się w gimnazjum matematyczno-przyrodniczym w Cieszynie, gdzie poznał poetę Juliana Przybosia. Od 1933 roku studiował biologię na Uniwersytecie Jagiellońskim. Współredagował miesięcznik "Nasz Wyraz". Debiutował drukowanym w "Zaraniu Śląskim" opowiadaniami "Zapalniczka" (1934) i wierszem w "Gazecie Artystów".
Atmosferę, w jakiej jego pokolenie dokonywało moralnych wyborów opisze w powieści "Ulica Gołębia" (1955). Pokaże w niej, co sprawiało, że lewicowość i awangarda w jego pokoleniu tak często szły ze sobą w parze.
Związki te narzucały się nieodparcie; wszystkie najśmielsze nadzieje artystyczne i literackie w ich przekonaniu mogły być spełnione tylko w ustroju, który obali stare konwencje społeczne i przekształci kapitalistyczne, prywatne instytucje w organa społeczne narodu, powstałe dla jego dobra i podporządkowane jego potrzebom.
Wpojone przez Przybosia zainteresowanie sztuką współczesną sprawiło, że Filipowicz obracał się w kręgach ówczesnej awangardy. Zaznajomił się z członkami Grupy Krakowskiej i teatru Cricot.
Po kampanii wrześniowej i ucieczce z niewoli pracował jako urzędnik w kamieniołomach w Zagnańsku, w krakowskim antykwariacie, w biurze budowlanym. Konspirował w grupie "Polska Ludowa" Ignacego Fika. Wydał sporządzony w dziesięciu egzemplarzach tomik wierszy "Mijani" (1943). Aresztowany przez gestapo w kwietniu 1944 roku był więźniem obozów koncentracyjnych Groß-Rosen i Sachsenhausen.
Po wojnie zamieszkał w Krakowie, ożenił się z plastyczką Marią Jaremianką (1908–1958). Debiut prozatorski "Krajobraz niewzruszony" (1947) przyniósł mu nagrodę literacką miasta Krakowa. Współpracował z "Odrodzeniem", "Dziennikiem Literackim", "Życiem Literackim", "Tygodnikiem Powszechnym", "Odrą". W 1964 roku ponownie się ożenił – z Marią Próchnicką, historykiem sztuki.
W lutym 1953 roku Filipowicz sygnował Rezolucję Związku Literatów Polskich w Krakowie, popierającą władze PRL, które w sfingowanym procesie pokazowym skazały na karę śmierci księży kurii krakowskiej. Pod koniec 1975 roku był z kolei sygnatariuszem Memoriału 59, listu otwartego intelektualistów protestujących przeciw zmianom w Konstytucji PRL (wpisaniu kierowniczej roli PZPR i wieczystego sojuszu z ZSRR). Kornel Filipowicz i Wisława Szymborska, jego kolejna życiowa partnerka, podpisali oba dokumenty, co świadczy o drodze ich moralnych wyborów.
Na początku lat 70. pisarz znalazł się w kręgu demokratycznej opozycji i Towarzystwa Kursów Naukowych. Publikował w "Zapisie" i innych pismach poza cenzurą. Był członkiem PEN Clubu i Oddziału ZLP w Krakowie, od 1980 roku jako wiceprezes. W 1981 roku został zastępcą redaktora naczelnego miesięcznika "Pismo". Po zawieszeniu ZLP w stanie wojennym i powołaniu jego reżimowej mutacji, współorganizował pomoc dla kolegów w potrzebie. Był niekwestionowanym autorytetem środowiska. W 1989 roku został pierwszym prezesem krakowskiego oddziału Stowarzyszenia Pisarzy Polskich.
W latach 80. czytał swoje utwory w miesięczniku mówionym "NaGłos". W wierszu "Przekonania" (1983), 70-letni Kornel Filipowicz wyznał:
Jestem człowiekiem prostym
Trwałości moich przekonań
Nie zawdzięczam wielkiej wiedzy ani wysokiemu morale
Raczej tylko uporowi i nadziei.
W latach 70. i 80. "chodzenie do Kornela" było znakiem przynależności do literackiego bractwa. Garnęli się do niego młodzi pisarze i zamęczali tekstami. Od 1969 roku do śmierci pisarz był związany z poetką Wisławą Szymborską, choć nie łączył ich związek małżeński.
"Umrzeć - tego nie robi się kotu" napisała noblistka w wierszu o kotce pisarza. Upamiętnionej także przez Tadeusza Różewicza w "Rozmowie z Przyjacielem":
[…] dzwonek do drzwi
to Wisława przyniosła
wędzonego śledzia
(dwa wędzone śledzie…
jeden dla Mizi
drugi dla Kornela)
czarna kocica siedzi
na biurku i patrzy mi w oczy
W latach 50. i 60. Kornel Filipowicz i bracia Różewiczowie często wspólnie pracowali nad scenariuszami. Reżyser Stanisław Różewicz wspominał:
Każde spotkanie z Kornelem sprawiało, że zwykła godzina, szary dzień nabierały barwy i wyrazistości. Kiedy dziś chcę spotkać przyjaciela, sięgam po jego opowiadania. Jest w nich – szukający prawdy, pochylony nad rzeką czasu, tajemnicą świata, naturą człowieka.
Życie w zgodzie z rytmem natury, zwłaszcza podczas ulubionych wypraw wędkarskich, pomagało mu spokojnym okiem objąć codzienną szamotaninę z losem zwykłych ludzi, którzy trafiali na karty jego książek. Jego kunsztownie zakomponowane opowiadania mają w sobie moc autentyku.
Dla mnie to jest jeden z najczystszych, najwybitniejszych naszych prozaików, który swą bezpretensjonalność posunął wręcz do wirtuozerii – pisał nieskory do pochwał Jarosław Iwaszkiewicz. – Charakterystyczna jest dla Filipowicza skromność barw, pozorna szarość jego gamy. Ale malarze dobrze wiedzą, ile barwy odcieni można wydobyć z pozornie szarej palety.
Twórczość:
Poezja
- "Mijani" (1943),
- "Powiedz to słowo" (1985, pełne wyd. 1992).
Proza
- "Krajobraz niewzruszony" (1947), opowiadania,
- "Księżyc nad Nidą" (1950), powieść,
- "Profile moich przyjaciół" (1954), opowiadania,
- "Błękitny zeszyt" (1955),
- "Ulica Gołębia" (1955), powieść,
- "Po burzy" (1956), opowiadania,
- "Jutro znów wojna" (1958), powieść,
- "Ciemność i światło" (1959), opowiadania,
- "Romans prowincjonalny" (1960), powieść,
- "Biały ptak" (1960), opowiadania,
- "Pamiętnik antybohatera" (1961), powieść,
- "Światło każdego dnia" (1962), wybór opowiadań,
- "Mój przyjaciel i ryby" (1963), opowiadania,
- "Jeniec i dziewczyna" (1964), powieść,
- "Opowiadania wybrane" (1964),
- "Ogród pana Nietschke" (1965), powieść,
- "Mężczyzna jak dziecko" (1967), powieść,
- "Dziewczyna z lalką, czyli o potrzebie smutku i samotności" (1968), opowiadania,
- "Co jest w człowieku?" (1971), opowiadania,
- "Śmierć mojego antagonisty" (1972), opowiadania,
- "Biały ptak i inne opowiadania" (1973), wybór opowiadań,
- "Motywy: Romans prowincjonalny. Jeniec i dziewczyna. Mężczyzna jak dziecko. Pamiętnik antybohatera. Ogród pana Nietschke" (1973), zbiór mikropowieści,
- "Gdy przychodzi silniejszy" (1974), opowiadania,
- "Światło i dźwięk, czyli o niedoskonałości świata" (1975), opowiadania,
- "Kot w mokrej trawie" (1977), opowiadania,
- "Zabić jelenia!" (1978), opowiadania,
- "Dzień wielkiej ryby. Opowiadania rybackie 1946–1976" (1978), opowiadania,
- "Między snem a snem" (1980), opowiadania,
- "Koncert f-moll i inne opowiadania" (1982),
- "Miejsce i chwila" (1985), wybór opowiadań,
- "Krajobraz, który przeżył śmierć" (1986), wybór opowiadań,
- "Rozmowy na schodach" (1989), opowiadania,
- "Wszystko, co mieć można" (1991), opowiadania,
- "Rzadki motyl" (1995), wyboru opowiadań dokonała Wisława Szymborska,
- "Rozstanie i spotkanie: Opowiadania ostatnie" (1995),
- "Opowiadania cieszyńskie" (2000),
- "Modlitwa za odjeżdżających" (2004), wybór opowiadań,
- "Cienie" (2007), wyboru opowiadań dokonała Wisława Szymborska,
- "Najlepiej w życiu ma twój kot. Listy", Wisława Szymborska – Kornel Filipowicz (2016)
- "Moja kochana, dumna prowincja. Opowiadania" (2017), wyboru dokonała Justyna Sobolewska,
- "Romans prowincjonalny i inne historie" (2018), wybór opowiadań dokonał Wojciech Bonowicz.
Film
- "Trzy kobiety" (1956) – scenariusz (z Tadeuszem Różewiczem), reżyseria Stanisław Różewicz,
- "Miejsce na ziemi" (1959) – scenariusz (z Tadeuszem Różewiczem), reżyseria Stanisław Różewicz,
- "Głos z tamtego świata" (1962) – scenariusz (z Tadeuszem Różewiczem), reżyseria Stanisław Różewicz,
- "Piekło i niebo" (1966) – scenariusz (z Tadeuszem Różewiczem), reżyseria Stanisław Różewicz,
- "Co jest w człowieku w środku" (1969), scenariusz i reżyseria Zygmunt Hübner,
- "Szklana kula" (1972) – scenariusz (ze Stanisławem Różewiczem), reżyseria Stanisław Różewicz,
- "Egzekucja w ZOO" (1975) – scenariusz (z Janem Rutkiewiczem), reżyseria Jan Rutkiewicz,
- "Kornel Filipowicz" (1993) – bohater filmu, scenariusz Bronisław Maj i Paweł Woldan, reżyseria Paweł Woldan,
- "Dzień wielkiej ryby" (1996), scenariusz i reżyseria Andrzej Barański.
Teatr
- "Romans prowincjonalny" (premiera: 26 czerwca 1961), Teatr Telewizji, reżyseria Olga Lipińska,
- "Pamiętnik antybohatera" (premiera: 3 czerwca 1964), Teatr im. Juliusza Osterwy, Gorzów Wielkopolski, reżyseria Tadeusz Byrski,
- "Biała ręka" (premiera: 11 maja 1975), Teatr Telewizji, reżyseria i wykonanie Mariusz Dmochowski,
- "Pyłek w oku" (premiera: 7 września 1980), Teatr Telewizji, reżyseria Jerzy Wójcik,
- "Romans prowincjonalny" (premiera: 30 października 2000), Teatr Polskiego Radia, reżyseria Andrzej Zakrzewski,
- "Ogród pana Nietschke" (premiera: 15 listopada 2003), Teatr Polskiego Radia, reżyseria Janusz Kukuła,
- "Jeniec i dziewczyna" (premiera: 1 marca 2008), Teatr Polskiego Radia, reżyseria Andrzej Zakrzewski.
Odznaczenia
- Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski,
- Złoty Krzyż Zasługi.