W latach 1774-81 uczęszczał w Grodkowie do szkoły powszechnej, a także śpiewał w chórze kościelnym. Od 1781 uczył się w szkole prowadzonej przy klasztorze dominikanów, następnie w jezuickim Gimnazjum św. Macieja we Wrocławiu. Śpiewał w chórze klasztornym i uczęszczał na lekcje gry na skrzypcach oraz basu cyfrowanego. W 1782 w kościele św. Wojciecha we Wrocławiu został wykonany jego motet Ave Maria gratiae plena na dwa głosy solowe z towarzyszeniem instrumentów. W 1786 rozpoczął studia teologiczne na Uniwersytecie we Wrocławiu, które po krótkim czasie zamienił na lekarskie. Jesienią 1789 wyjechał do Wiednia z zamiarem dalszego studiowania medycyny. Dwuletni pobyt w Wiedniu, naznaczony ciężką chorobą, zaowocował powrotem do zawodu muzyka. Jesienią 1791 przeniósł się do Brna, gdzie pracował jako skrzypek w orkiestrze teatralnej. Wiosną 1792 udał się do Lwowa i objął stanowisko dyrygenta w teatrze cesarsko-królewskim, na którym pozostał do 1795. W tym czasie wystawił w nim dwie swoje opery do tekstów niemieckich: Die seltenen Brüder i Der verkleidete Sultan. W 1795 prowadzenie teatru objął Wojciech Bogusławski, zaś Elsner został jego współpracownikiem. Zajął się także udzielaniem prywatnych lekcji oraz zorganizował Akademię Muzyczną, która miała na celu zrzeszenie muzyków i miłośników muzyki oraz działalność koncertową. Koncerty Akademii odbywały się co tydzień, a na ich program składały się symfonie (m.in. Josepha Haydna, Wolfganga Amadeusa Mozarta, Pavela Vranicky'ego i własne Elsnera), koncerty na instrumenty solowe oraz muzyka wokalna.
Latem 1799 Elsner przeniósł się ze Lwowa do Warszawy, gdzie osiadł na stałe. Od 1799 do 1824 prowadził operę w Teatrze Narodowym, wzbogacając jej repertuar własnymi dziełami (30 oper i 2 balety). W latach 1802-06 prowadził własną sztycharnię nut i systematycznie przygotowywał zbiory utworów wydawane od 1803 do 1805 pod tytułem "Wybór pięknych dzieł muzycznych i pieśni polskich" (łącznie ukazały się 24 zeszyty). W 1805 odbył podróż artystyczną do Niemiec i Francji. Nawiązał kontakty z muzykami i firmami wydawniczymi Francji, Niemiec i Austrii, dzięki czemu kilka jego utworów ukazało się drukiem w Lipsku i Paryżu. W tym samym roku został członkiem Warszawskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. W latach 1805-06 udzielał się w Resursie Muzycznej, głównie przy organizowaniu koncertów symfonicznych. Od 1802 do 1825 pisał recenzje i artykuły do polskich czasopism, a w latach 1811-19 także do lipskiej "Allgemeine Musikalische Zeitung", poświęcając je głównie współczesnym kompozytorom polskim oraz życiu muzycznemu Warszawy. W 1814 założył Towarzystwo Muzyki Religijnej i Narodowej, które miało za zadanie organizowanie koncertów, kształcenie nowych kadr nauczycieli muzyki, organistów, śpiewaków i muzyków.
Jednocześnie sam prowadził działalność pedagogiczną - w latach 1814-17 uczył w Szkole Dramatycznej Bogusławskiego, potem wykładał teorię i kompozycję w kierowanych przez siebie szkołach: w latach 1817-21 w Szkole Elementarnej Muzyki i Sztuki Dramatycznej, w latach 1821-26 w Instytucie Muzyki i Deklamacji, w latach 1826-31 w Szkole Głównej Muzyki (tu wykształcił wielu polskich kompozytorów, wśród nich Fryderyka Chopina, o którym napisał na świadectwie szkolnym: "szczególna zdatność, geniusz muzyczny"). Uczył również - od 1835 do 1839 - w Szkole Śpiewu przy Teatrze Wielkim, a następnie w Instytucie Guwernantek.
Józef Elsner był członkiem honorowym wielu towarzystw muzycznych w kraju (m.in. Krakowskiego Towarzystwa Przyjaciół Muzyki) oraz lipskiego Musikverein der Universitätskirche St. Pauli. Był też członkiem masonerii - w 1814 został namiestnikiem katedry w loży Świątyni Stałości, w 1820 członkiem najwyższej kapituły, w 1821 mistrzem katedry. Za zasługi na polu muzyki został odznaczony w 1823 Orderem Św. Stanisława. Na jego cześć zostały wybite 3 medale.
Ważniejsze kompozycje:
- Graduał na 2 soprany, 2 skrzypiec, altówkę, basetlę i 2 rogi (ok. 1782)
- Koncert skrzypcowy G-dur (ok. 1783-84)
- Offertoria na 4 głosy i orkiestrę (ok. 1783-84)
- Benedictus na sopran i zespół instrumentalny (ok. 1783-84)
- Completorium na chór, 2 skrzypiec, altówkę, 2 rogi i organy (ok. 1785)
- Ad festum Corporis Christi na 4-głosowy chór, instrumenty dęte i organy (ok. 1785-86)
- Symfonia Es-dur (ok. 1788-89)
- Symfonia D-dur (ok. 1788-89)
- Nocturno Es-dur na orkiestrę (ok. 1788-89)
- Kyrie i Gloria C-dur na chór, 2 skrzypiec, altówkę, 2 oboje, róg, trąbkę, kotły i organy (ok. 1788-89)
- Der sterbende Jesus na głosy solowe i chór (ok. 1788-89)
- Walce wiedeńskie na orkiestrę (ok. 1790-91)
- Walce brneńskie na orkiestrę (ok. 1791-92)
- Koncert fletowy (1791-92)
- Marsz z echem i andantem na orkiestrę
- Karnevaltänze na orkiestrę (1792-99)
- Requiem op. 2 na 4-głosowy chór i instrumenty dęte (1793)
- Koncert skrzypcowy D-dur (ok. 1795)
- Die seltenen Brüder oder Die vier Zauberkugeln, opera w 2 aktach (1795)
- Der verkleidete Sultan, opera w 3 aktach (1795)
- Dzicy ludzie, balet w 1 akcie (ok. 1796)
- Trois quatuors na instrumenty smyczkowe (ok. 1796)
- Iskahar, król Guaxary, melodramat w 3 aktach (1796)
- Symfonia D-dur (1796)
- Symfonia C-dur (1796)
- Symfonia Es-dur (1797)
- Amazonki czyli Herminia, opera w 2 aktach (1797)
- Sonata F-dur na skrzypce i fortepian op. 10 nr 1 (ok. 1798)
- Sonata D-dur na skrzypce i fortepian op. 10 nr 2 (ok. 1798)
- Sonata Es-dur na skrzypce i fortepian op. 10 nr 3 (ok. 1798)
- Sonata fortepianowa B-dur (ok. 1798)
- Sonata fortepianowa D-dur (ok. 1798)
- Sonata fortepianowa F-dur (ok. 1798)
- Trio fortepianowe C-dur (ok. 1798)
- Kwartet na 2 skrzypiec i 2 altówki (ok. 1798)
- Trois quatuors du meilleur goÛt polonais na instrumenty smyczkowe (1798)
- Grande sonate B-dur, trio fortepianowe (1798)
- Sydney i Zuma czyli Moc kochania czarnej niewiasty, melodramat w 3 aktach (1798)
- Kwintet smyczkowy c-moll
- Msza B-dur op. 3 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1799)
- Kwartet fortepianowy F-dur (ok. 1800)
- Sułtan Wampum czyli Nieroztropne życzenia, opera w 2 aktach (1800)
- Kwintet smyczkowy
- Kwartet smyczkowy B-dur
- Symfonia D-dur (1802)
- Wariacje B-dur na temat marsza z opery "Przerwana ofiara" P. Wintera na fortepian (1802)
- Rondo À la mazurek g-moll na fortepian (1803)
- Rondo À la mazurek C-dur na fortepian (1803)
- Rondo À la krakowiak B-dur na fortepian (1803)
- Mieszkańcy wyspy Kamkatal, opera w 1 akcie (1803-04)
- Siedem razy jeden, komedioopera w 1 akcie (1804)
- Polonez na temat marsza z opery "Woziwoda" L. Cherubiniego na orkiestrę (1804)
- Polonez E-dur na temat uwertury z opery "Lodoiska" R. Kreutzera na orkiestrę (1804)
- Lob der Buchdruckerkunst, kantata na głos solowy, 4-głosowy chór i fortepian (1804)
- Symfonia C-dur op. 11 (1804-05)
- Stary trzpiot i młody mędrzec, opera w 1 akcie (1804-05)
- Kwartet fortepianowy Es-dur op. 15 (ok. 1805)
- Urojenie i rzeczywistość, opera w 1 akcie (ok. 1805)
- Nurzahad czyli Nieśmiertelność i bogactwa, melodramat w 3 aktach (1805)
- Wieszczka Urzella czyli To co się damom podoba, opera w 3 aktach (1805-06)
- In te Domine speravi Es-dur op. 4, offertorium na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1806)
- Msza d-moll op. 5 na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1806)
- Sąd Salomona, melodramat w 3 aktach (1806)
- Andromeda, opera seria w 1 akcie (1806)
- Salvum fac imperatorem B-dur op. 6, motet na 4-głosowy chór i orkiestrę (1807)
- Na wdzięcznej Polaków ziemi, kantata na chór i orkiestrę (1807)
- Trybunał niewidzialny czyli Syn występny, melodramat w 3 aktach (1807)
- Pospolite ruszenie czyli Bitwa z kozakami, komedioopera w 2 aktach (1807)
- Mieczysław Ślepy, melodramat w 3 aktach (1807)
- Karol Wielki i Witykind, dramat w 2 aktach (1807)
- Sonata B-dur na fortepian na 4 ręce op. 16
- Szewc i krawcowa, duodrama w 1 akcie (1808)
- Echo w lesie, duodrama w 1 akcie (1808)
- Śniadanie trzpiotów, opera w 1 akcie (1808)
- Żona po drodze, duodrama w 1 akcie (1808)
- Marsz tryumfalny na orkiestrę dętą (1809)
- Leszek Biały czyli Czarownica z Łysej Góry, opera w 2 aktach (1809)
- Benefis, duodrama w 1 akcie (1809)
- Wariacje na temat arii z opery "Żony przemienione czyli Szewc" M. A. Portogalla na orkiestrę (1810)
- Musik zu einer Trauerloge, kantata na chór męski i orkiestrę (1811)
- Wyspa małżeńska czyli Żony przez los wybrane, melodramat w 3 aktach (1811)
- Korsarz francuski w Portugalii, melodramat w 3 aktach
- Wąwozy Sierra Morena, komedioopera w 3 aktach (1811)
- Veni Creator C-dur op. 7 na 2 chóry 4-głosowe (1812)
- Kabalista, opera w 2 aktach (1812)
- Muzyka na wprowadzenie zwłok ks. J. Poniatowskiego w r. 1814, kantata na deklamację, chór i orkiestrę (1814)
- Veni Sancte Spiritus Es-dur op. 8 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1815)
- Msza świętojańska F-dur op. 9 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (ok. 1815)
- Motet seu Offertorium de Sancto Josepho C-dur op. 10 na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1815)
- Post celebrem... D-dur op. 11 na sopran, bas, 4-głosowy chór i orkiestrę (1815)
- La ritrosia disarmata, duodrama w 1 akcie (1815)
- Polonez na temat piosenki "OÛ peut-on Étre mieux..." na orkiestrę (1816)
- Kochankowie ukryci, opera w 2 aktach
- Król Łokietek czyli Wiśliczanki, opera w 2 aktach (1817-18)
- Dwa posągi, balet (1818)
- Symfonia B-dur op. 17 (ok. 1818)
- Polonez F-dur na orkiestrę (1818)
- Polonez D-dur na orkiestrę (1818)
- Offertorium G-dur op. 12 na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1819)
- Powstańmy z orężem w ręku, kantata na deklamację, głosy solowe i chór (1819)
- Jagiełło w Tenczynie, opera w 3 aktach (1819)
- Msza G-dur op. 13 na 3-głosowy chór męski i organy (ok. 1820)
- Msza ludowa G-dur op. 15 na 2 soprany i organy (1820)
- Msza C-dur op. 26 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (1820)
- Polonez D-dur na skrzypce i fortepian (1820)
- Polonez Es-dur na skrzypce i fortepian (1820)
- Ofiara Abrahama, melodramat w 4 aktach (1821)
- Divertissement, balet
- Msza F-dur op. 20 na 4-głosowy chór (ok. 1823)
- Msza C-dur op. 22 na 4-głosowy chór męski, 4 rogi, puzon i kotły (ok. 1823)
- Graduale i Offertorium F-dur op. 23 na 4-głosowy chór męski, 4 rogi i puzon (ok. 1823)
- Msza a-moll op. 24 na 4-głosowy chór (ok. 1823)
- Graduale i Offertorium A-dur op. 25 na 4-głosowy chór (ok. 1823)
- Msza d-moll op. 16 na 4-głosowy chór (1823)
- Graduale i Offertorium op. 17 na 4-głosowy chór (1823)
- Missa in B op. 18 na 3-głosowy chór męski (1823)
- Graduale i Offertorium Es-dur op. 19 na 3-głosowy chór męski (1823)
- Offertorium C-dur op. 31 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1823)
- Offertorium C-dur op. 33 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (ok. 1824)
- Offertorium D-dur op. 32 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1824)
- Motet C-dur op. 28 na 2 chóry 4-głosowe
- Msza G-dur op. 34 na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1825)
- Msza F-dur op. 35 na 4-głosowy chór i organy (ok. 1825)
- Nieszpory C-dur op. 36 na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1825)
- Offertorium G-dur op. 38 na 4-głosowy chór, flet obbligato i orkiestrę (ok. 1825)
- Te Deum laudamus D-dur op. 39 na 4-głosowy chór, trąbkę i kotły (ok. 1825)
- Veni Creator G-dur op. 40 na 4-głosowy chór (ok. 1825)
- Mazur na orkiestrę (ok. 1825)
- Msza F-dur op. 41 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (ok. 1826)
- Requiem c-moll op. 42 na 3-głosy męskie, wiolonczelę, instrumenty dęte i kotły (1826)
- Salve Regina B-dur, Processio funebris c-moll, Psalmus: De profundis c-moll op. 43 na 3-głosy męskie, 4-głosowy chór i orkiestrę (1827)
- Graduale F-dur op. 29 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1828)
- Offertorium B-dur op. 30 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1828)
- Offertorium B-dur op. 45 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (ok. 1829)
- Offertorium A-dur op. 46 na 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1829)
- Msza solenna B-dur op. 47 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1829)
- Offertorium G-dur op. 48 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (ok. 1829)
- O sacrum convivum op. 49, hymn na 4-głosowy chór i instrumenty dęte (ok. 1829)
- Offertorium F-dur op. 50 na 3-głosowy chór męski (ok. 1829)
- Msza solenna C-dur (Koronacyjna) op. 51 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1829)
- Msza B-dur op. 44 na 2 soprany, 2 tenory, bas i organy (1829)
- Septet D-dur na flet, klarnet, skrzypce, altówkę, wiolonczelę, kontrabas i fortepian (ok. 1830)
- Powstanie narodu, scena liryczna w 1 akcie (1830)
- Marsz przedniej straży wojska polskiego na orkiestrę (1831)
- Marsz na orkiestrę (1831)
- Missa festiva C-dur op. 52 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (ok. 1832)
- Cantate zur Jubel-Feier... D-dur op. 53 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1832)
- Veni Creator G-dur op. 54 na 5-głosowy chór i organy (1834)
- Offertorium C-dur op. 56 na 4-głosowy chór i organy (ok. 1835)
- Graduale Es-dur op. 57 na sopran, 4-głosowy chór i orkiestrę (1835)
- Passio Domini nostri d-moll op. 65 na 14 głosów solowych, 3 chóry 4-głosowe i orkiestrę (1835-37)
- Offertorium op. 58 na chór (ok. 1836)
- Motet G-dur op. 59 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (1836)
- Chaconne G-dur na skrzypce i fortepian (1836)
- Alleluja B-dur op. 60 na 4-głosowy chór (1836-40)
- Polonez D-dur na skrzypce i fortepian
- Msza e-moll - E-dur op. 62 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (ok. 1838)
- Psalm 133 op. 63 na 2 chóry (ok. 1838)
- Msza d-moll i D-dur in laudem omnium sanctorum slavonorum polonorum op. 66 na 2 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (1840)
- Ave Maria B-dur op. 68 na 4-głosowy chór i organy (1840)
- Offertorium F-dur op. 70 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (1840)
- Offertorium F-dur op. 71 na 4-głosowy chór (1840)
- Canticum Simeonis e-moll op. 69 na 5-głosowy chór (1841)
- Msza g-moll op. 72 na 4 głosy solowe, 4-głosowy chór i orkiestrę (1842)
- Veni Creator B-dur op. 73 na 4-głosowy chór męski (1842)
- Te Deum laudamus op. 74 na 2 chóry męskie 4-głosowe (1842)
- Msza G-dur op. 75 na 2 soprany, skrzypce, 2 altówki, wiolonczelę i organy (1842)
- Msza pasterska a-moll op. 76 na 4-głosowy chór, wiolonczelę i organy (1842)
- Msza F-dur op. 77 na 3-głosowy chór męski i organy (1843)
- Veni Creator op. 78 na 3-głosowy chór męski i organy (1843)
- Msza F-dur op. 79 na 3-głosowy chór męski i organy (1843)
- Msza B-dur op. 80 na 4-głosowy chór i organy (1843)
- Msza a-moll op. 81 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1843)
- Graduale A-dur op. 82 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1843)
- Offertorium E-dur op. 83 na 4-głosowy chór, skrzypce solo i orkiestrę (1843)
- Missa brevis F-dur op. 85 na 3-głosowy chór męski i organy (1844)
- Offertorium B-dur op. 86 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1844)
- Msza, Graduał i Offertorium op. 87 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1844)
- Powitanie gołąbka, kantata na 4 głosy męskie, skrzypce, wiolonczelę i fortepian (1844)
- Msza e-moll op. 88 na 4-głosowy chór i organy (1846)
- Nieszpory D-dur op. 89 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1847)
- Ave maris stella A-dur op. 90 na 4-głosowy chór, orkiestrę i organy (1847)
- Dies irae f-moll op. 91 na 4-głosowy chór i organy (1847)
- O gloriosa virginum B-dur op. 92 na 4-głosowy chór i orkiestrę (1847)
- Stabat Mater op. 93 na głosy solowe, chór i orkiestrę (1848)
- Graduale D-dur op. 94 na bas, 4-głosowy chór i orkiestrę (1848)
- Pater noster op. 95 na 4-głosowy chór i organy (1848)
- Miserere mei Deus op. 96 na głosy solowe, 3 chóry, chór męski (1848)
- Veni Creator A-dur op. 97 na 4-głosowy chór i organy (1849)
Autor: Małgorzata Kosińska, Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, październik 2006.