W latach 1947-52 studiował grę na organach w klasie Bronisława Rutkowskiego, zaś od 1950 do 1956 kompozycję pod kierunkiem Stanisława Wiechowicza w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie. Jeszcze jako student w 1950 uzyskał I nagrodę na Ogólnopolskim Konkursie Bachowskim w Poznaniu. Pracę pedagogiczną rozpoczął już w 1948, ucząc do 1951 w Państwowej Średniej Szkole Muzycznej w Bytomiu, a następnie od 1954 w Państwowym Liceum Muzycznym w Krakowie, w którym zorganizował klasę organów oraz uczył harmonii, kontrapunktu i improwizacji. W 1956 rozpoczął działalność pedagogiczną w Katedrze Organów Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Krakowie. W krakowskiej uczelni pełnił kolejno funkcje: prodziekana Wydziału Wychowania Muzycznego (1966-69), dziekana Wydziału Instrumentalnego (1969-72) oraz prorektora (1972-75). W 1976 objął funkcję kierownika Katedry Organów i pełnił ją aż do śmierci. W 1981 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1987 profesora zwyczajnego. Ponadto w latach 1973-76 i 1979-82 był członkiem Rady Wyższej Ministerstwa Kultury i Sztuki, a także członkiem Archidiecezjalnej Komisji ds. Muzyki Kościelnej przy Kurii Metropolitalnej w Krakowie, działając przez szereg lat w podkomisji do spraw budowy organów.
Jan Jargoń koncertował w kraju i za granicą, m.in. w Austrii, Bułgarii, Czechosłowacji, Danii, Francji, Hiszpanii, Holandii, Niemczech i na Węgrzech. Brał też aktywny udział w różnych międzynarodowych festiwalach i konkursach muzycznych poświęconych twórczości organowej (im. Johanna Sebastiana Bacha w Lipsku oraz Norymberdze i Pradze), a także dokonywał wielu nagrań płytowych i radiowo-telewizyjnych w kraju i za granicą. W 1971 stał się inicjatorem i współorganizatorem Pracowni Konserwacji Zabytkowych Organów przy krakowskim oddziale PKZ. Jako jej stały konsultant naukowy współpracował przy renowacji kilkunastu obiektów, wśród których znajdowały się najcenniejsze polskie zabytkowe organy (Kazimierz Dolny nad Wisłą, Olkusz, Jędrzejów). Przy jego udziale i konsultacji dokonano szeregu renowacji zabytkowych instrumentów istniejących w kościołach krakowskich (m.in. św. Mikołaja, Ojców Paulinów na Skałce, Bazylice Mariackiej oraz Ojców Karmelitów na Piasku). Był także autorem wielu projektów założeń brzmieniowych nowo budowanych organów (m.in. w Filharmonii Krakowskiej, krakowskiej Akademii Muzycznej).
Za swoją działalność na rzecz polskiej kultury i pedagogiki muzycznej otrzymał m.in.: trzykrotnie Nagrodę Ministra Kultury i Sztuki I i II stopnia (1971, 1974, 1982), Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1973), Nagrodę miasta Krakowa (1974) oraz tytuł Zasłużonego Nauczyciela PRL (1985).
Ważniejsze kompozycje:
- Introdukcja. Passacaglia na organy (1953)
- Kantata "Śląsk" na głosy solowe, chór i orkiestrę (1954-55)
- Koncert barokowy na organy i orkiestrę (1955)
- Sonata na skrzypce i fortepian (1958)
- Pieśni na sopran i fortepian (1959)
- Triptychon per organo (1963)
Opracowanie: Polskie Centrum Informacji Muzycznej, Związek Kompozytorów Polskich, grudzień 2004.