Przez lata język filmowy twórcy "Arii dla atlety" właściwie się nie zmienia, "młodzieńcze zachłyśnięcie" sztuką filmową nie wygasa, także w latach późniejszych. Bajon sięga chętnie po tematy historyczne, ale zawsze, używając słów Lewandowskiego z cytowanego już artykułu, "woli pozostać kreacjonistą niż historiozofem". Jego ostatnie filmy spotykają się jednak z większym oporem tak krytyki, jak i widzów; można przypuszczać, że nie dlatego, że są mniej ciekawie wyreżyserowane, ale dlatego, że dotykają tematów, co do których widz ma własne wyobrażenie, i rozdźwięk między wizją reżyserską a oczekiwaniami, np. dotyczącymi ekranizacji lektury szkolnej takiej jak "Przedwiośnie", jest zbyt duży.
Podobnie w przypadku "Poznania 56", dla większości widzów ważny był sens przedstawionych wypadków, a kino Filipa Bajona poniekąd sens i logikę opowieści stawia na planie drugim, skupiając się na poszczególnych scenach. Bywa to siłą jego autorskiego kina, ale także, jak pokazały niepowodzenia, wadą. Bez wątpienia reżyser jest tego świadom. "To co mnie najbardziej denerwuje, to jest pewien oblig w stosunku do historii, którą muszę opowiedzieć. Natomiast to, co najbardziej zawsze lubię w każdym swoim filmie, to jest to, kiedy jest taka autentyczna radość zrobienia świetnego ujęcia", mówił w wywiadzie udzielonym W. Branieckiemu.
O "Fundacji", filmie fabularnym, który Filip Bajon zrealizował stosunkowo niedawno, bo w 2006, mimo że od przełomu politycznego w 1989 upłynęło już sporo czasu, także można powiedzieć, jak o "Lepiej być piękną i bogatą", że poniekąd analizuje sytuację modelową, kiedy jedna epoka ustępuje drugiej. Kiedy jedna epoka ustępuje drugiej, czytaj: jeden system polityczny ustępuje drugiemu w ludziach, którzy tych przemian doświadczają, mogą budzić się upiory. Przemiany są nieco rozwleczone w czasie, czego niemal wszyscy doświadczamy każdego dnia. A upiorów, czyli takich wampirów, jak sprytni bohaterowie "Fundacji" Bajona, którzy cynicznie żerują na nieszczęściu innych, nie brakuje.
Kolejnym projektem reżysera była ekranizacja "Ślubów panieńskich" Aleksandra Fredry (2010) z plejadą gwiazd (m.in. Maciej Stuhr, Robert Więckiewicz, Anna Cieślak, Borys Szyc, Marta Żmuda-Trzebiatowska) w rolach głównych. Okazuje się, że nawet w tym utworze, co zaskakujące, szuka reżyser tego, czego już szukał wielokrotnie, podejmując różną tematykę w swoich filmach. W wywiadzie Jacka Szczerby przeprowadzonym dla Gazety Wyborczej Bajon mówił:
Dla mnie w sztukach Fredry jest coś innego – pożegnanie ze starym światem, ze światem szlachciurstwa. Wchodzi nowa epoka – kapitaliści. Pisząc filmowe "Śluby..." obłożyłem się pamiętnikami z epoki. Okazało się, że ówczesna współczesność nie bardzo odbiega od naszej, może tylko zwyczaje są nieco inne. Co ciekawe, w tych pamiętnikach nie ma mowy o żadnym powstaniu. Jakby Polska nie straciła niedawno niepodległości, jakby za pięć lat nie miało wybuchnąć powstanie listopadowe. Zdecydowałem się na "Śluby..." właśnie dlatego, że nie widziałem dotąd filmu o odchodzeniu Polski szlacheckiej w roku 1825. Ta adaptacja poszła w stronę fresku. Mnie kiedyś urzekł film Zeffirellego "Poskromienie złośnicy" z Liz Taylor i Burtonem, taki fresk renesansowy. Tu znalazłem podobny materiał.
Filmowa wersja sztuki Fredry utrzymana została w XIX-wiecznych realiach, które jednak wzbogacił reżyser o współczesne elementy, takie jak muzyka rockowa, ciężarówka czy telefony komórkowe, które mają wszyscy niemal bohaterowie. Film spotkał się z mieszanym przyjęciem (na przykład Łukasz Muszyński pisał w Filmwebie, że "to emocjonalny i komediowy skansen, a nie puchnąca od namiętności satyra społeczna"), doceniano jednak pomysł, a także – nominowane do Orłów – kostiumy i scenografię.
Inspirowany polską dramaturgią XIX-wieczną był także kolejny film Bajona: oparte na wątkach ze słynnej komedii "Moralność pani Dulskiej" Gabrieli Zapolskiej "Panie Dulskie" (2015). Nie jest to jednak klasyczna ekranizacja, lecz "wariacja na temat", w której wnuczka Anieli Dulskiej, reżyserka, planująca film dokumentalny o swojej rodzinie, odkrywa sekrety matki i babki. W głównych rolach wystepują trzy wielkie damy polskiego kina – Krystyna Janda, Katarzyna Figura i Maja Ostaszewska. Bajon mówił o filmie:
"Panie Dulskie" to opowieść uniwersalna i ponadczasowa, która uświadamia współczesnemu widzowi, że nie żyje on tylko tu i teraz, w jednej dacie, ale żyje również sto lat temu, bo wszystko, co wydarzyło się kiedyś, wpływa na niego, wpływa na jego historię. Człowiek jest zakorzeniony w swojej przeszłości bardziej niż myśli.