W 1988 roku na zamówienie dyrektora Opery la Monnaie w Brukseli Gerarda Mortier, rozpoczął pracę nad trylogią operową "The Minds of Helena Troubleyn" do tekstu Jana Fabre. W 1990 roku w De Vlaamse Opera w Antwerpii odbyła się premiera pierwszej części cyklu, "Das Glas im Kopf wird vom Glas". W 1992 roku w ramach Documenta IX w Kassel miała miejsce premiera części drugiej – "Silent Screams, Difficult Dreams". W 1996 podczas Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Współczesnej "Warszawska Jesień" odbyło się estradowe prawykonanie części trzeciej – "La libertà chiama la libertà". We współpracy z Janem Fabre powstały również spektakle baletowe: "The Sound of One Hand Clapping" (1991), "Da un'altra faccia del tempo" (1993), "Quando la terra si rimette in movimento" (1995) oraz "Three Solos" (1995). Kolejne dzieło operowe kompozytora, "Moby Dick" do libretta Krzysztofa Koehlera na podstawie powieści Hermana Melville'a, powstało w 2014 roku na zamówienie Teatru Wielkiego – Opery Narodowej w Warszawie.
Eugeniusz Knapik od 1976 roku pracuje w Katedrze Kompozycji, Dyrygentury i Teorii Muzyki Akademii Muzycznej w Katowicach, od 1996 roku jest jej kierownikiem. Od 1992 roku kieruje również założonym przez siebie Studiem Muzyki Komputerowej i Elektroakustycznej. W 1994 roku otrzymał tytuł profesora. W latach 2002-2008 piastował godność rektora katowickiej uczelni.
Był długoletnim członkiem Zarządu Głównego Związku Kompozytorów Polskich, w latach 1999-2003 pełnił funkcję jego wiceprezesa. W latach 1979-89 był członkiem Komisji Programowej Festiwalu "Warszawska Jesień". Był również członkiem prezydium i wiceprezesem Polskiej Rady Muzycznej.
Knapik debiutował jako kompozytor wraz z Andrzejem Krzanowskim i Aleksandrem Lasoniem na festiwalach "Młodzi Muzycy Młodemu Miastu" w Stalowej Woli. W latach 1975-1980 odbyło się tam jedenaście prawykonań utworów wymienionej trójki kompozytorów, których ze względu na rok urodzenia określa się jako "Pokolenie '51" (lub "Pokolenie stalowowolskie"). Eugeniusz Knapik miał w Stalowej Woli prawykonania dwóch swoich dzieł: "Tak jak nad brzegiem morza" na zespół instrumentalny i taśmę (1977) oraz "Corale, interludio e aria" na flet, klawesyn i jedenaście instrumentów smyczkowych (1979). Kompozytor tak określa stalowolskie przesłanie:
"Nasza twórczość, kompozytorów startujących na festiwalu w Stalowej Woli, była chyba pewnego rodzaju opozycją: wobec awangardy lat pięćdziesiątych i sześćdziesiątych; wobec nowości jako wartości samej w sobie; wobec totalnej destrukcji. I ta opozycja do awangardy była reakcją spontaniczną, sprzeciwem intuicyjnym, głęboko w nas tkwiącym. Dopiero później, stopniowo uświadamialiśmy to sobie" – mówił kompozytor w magazynie "Studio" w 1995 roku.
Eugeniusz Knapik był "opozycjonistą" najbardziej zdecydowanym, sięgał do tradycji najgłębiej. Jego twórczość najlepiej odpowiada określeniu "nowy romantyzm", zastosowanemu w odniesieniu do muzyki stalowowolskich debiutantów i to również w późniejszym czasie. Wiele lat po Stalowej Woli kompozytor mówił:
"Najbliższa jest mi muzyka, która wyraża pewne wartości. Bardzo mnie interesuje, i to od wielu lat, muzyka i sztuka z przełomu wieków: ostatnie ćwierćwiecze XIX i pierwsze ćwierćwiecze XX wieku. Utwory Mahlera i Skriabina przemawiają do mnie najsilniej. Ale jestem również zafascynowany ostatnimi opusami Beethovena, twórczością Brahmsa i - idąc dalej w wiek XX - Ivesa i Messiaena. Ostatnio, przed dwoma czy trzema laty, odkryłem dla siebie Szymanowskiego. Poznaję go na nowo - w pracy ze studentami nad 'III Sonatą fortepianową', 'IV Symfonią', słuchając mazurków. Przez długie lata muzyka Szymanowskiego była dla mnie niejasna, dziwnie zagmatwana. Sądziłem, że kompozytor w sposób nie do końca 'czysty' pisał swoje utwory. Dopiero teraz zaczynam to rozumieć. A jeszcze pięć lat temu w ogóle nie wymieniłbym jego nazwiska" – kontynuował Knapik.
Romantyczna w wyrazie twórczość Knapika odznacza się znakomitym warsztatem kompozytorskim o wyrazistym, indywidualnym obliczu, a charakterystycznym jej rysem jest wzrost znaczenia elementu melodycznego. Melodyka w dużym stopniu kształtuje znowu formę dzieła muzycznego.
